src/jalview/io/JPredClient.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 import javax.xml.namespace.QName;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.gui.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.util.*;\r
  10 import java.awt.*;\r
  11 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  12 import ext.vamsas.*;\r
  13 \r
  14 \r
  15 public class JPredClient\r
  16 {\r
  17 \r
  18   JInternalFrame outputFrame = new JInternalFrame();\r
  19   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer(false);\r
  20   int jobsRunning = 0;\r
  21   ext.vamsas.JpredSoapBindingStub server;\r
  22 \r
  23   public JPredClient(SequenceI[] msf)\r
  24   {\r
  25     SequenceI seq = msf[0];\r
  26     output.formatForOutput();\r
  27     outputFrame.setContentPane(output);\r
  28 \r
  29     output.setText("Job details for MSA based prediction on sequence :\nName : "\r
  30                    + seq.getName() + "\nSequence : "\r
  31                    + AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()) + "\n");\r
  32     Desktop.addInternalFrame(outputFrame,\r
  33                              "JNet secondary structure prediction job", 800,\r
  34                              300);\r
  35 \r
  36     JPredWSServiceLocator loc = new JPredWSServiceLocator(); // Default\r
  37     try {\r
  38       this.server = (JpredSoapBindingStub) loc.getjpred(); // JBPNote will be set from properties\r
  39     }\r
  40     catch (Exception ex) {\r
  41       output.setText("Serious! JPred Service location failed\nfor URL :"\r
  42                      +loc.getjpredAddress()+"\n"+ex.getMessage());\r
  43     }\r
  44 \r
  45     JPredThread jthread = new JPredThread(msf);\r
  46     jthread.start();\r
  47     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();\r
  48     thread.start();\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public JPredClient(SequenceI seq)\r
  52   {\r
  53     output.formatForOutput();\r
  54     outputFrame.setContentPane(output);\r
  55 \r
  56     output.setText("Job details for prediction on sequence :\nName : "\r
  57                    + seq.getName() + "\nSequence : " + AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()) + "\n");\r
  58     Desktop.addInternalFrame(outputFrame,\r
  59                              "JNet secondary structure prediction job", 800,\r
  60                              300);\r
  61 \r
  62     JPredWSServiceLocator loc = new JPredWSServiceLocator(); // Default\r
  63     try {\r
  64       this.server = (JpredSoapBindingStub) loc.getjpred(); // JBPNote will be set from properties\r
  65     }\r
  66     catch (Exception ex) {\r
  67       output.setText("Serious! JPred Service location failed\nfor URL :"\r
  68                      +loc.getjpredAddress()+"\n"+ex.getMessage());\r
  69     }\r
  70 \r
  71     JPredThread jthread = new JPredThread(seq);\r
  72     jthread.start();\r
  73     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();\r
  74     thread.start();\r
  75   }\r
  76 \r
  77   class ImageTwirler\r
  78       extends Thread\r
  79   {\r
  80     ImageIcon[] imageIcon;\r
  81     int imageIndex = 0;\r
  82     public ImageTwirler()\r
  83     {\r
  84       imageIcon = new ImageIcon[9];\r
  85       for (int i = 0; i < 9; i++)\r
  86       {\r
  87         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/dna" + (i + 1) +\r
  88                                                   ".gif");\r
  89         if (url != null)\r
  90           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);\r
  91       }\r
  92     }\r
  93 \r
  94     public void run()\r
  95     {\r
  96       while (jobsRunning > 0)\r
  97       {\r
  98         try\r
  99         {\r
 100           Thread.sleep(100);\r
 101           imageIndex++;\r
 102           imageIndex %= 9;\r
 103           outputFrame.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);\r
 104           outputFrame.setTitle("JNet Secondary Structure Prediction : " +\r
 105                                jobsRunning + " jobs running.");\r
 106 \r
 107         }\r
 108         catch (Exception ex)\r
 109         {}\r
 110 \r
 111       }\r
 112     }\r
 113   }\r
 114 \r
 115   class JPredThread\r
 116       extends Thread\r
 117   {\r
 118     String OutputHeader;\r
 119     ext.vamsas.JpredResult result;\r
 120     ext.vamsas.Sequence sequence;\r
 121     ext.vamsas.Msfalignment msa;\r
 122     String jobId;\r
 123     boolean jobComplete = false;\r
 124     int allowedServerExceptions = 3; // thread dies if too many exceptions.\r
 125     JPredThread(SequenceI seq)\r
 126     {\r
 127       OutputHeader = output.getText();\r
 128       this.sequence = new ext.vamsas.Sequence();\r
 129       this.sequence.setId(seq.getName());\r
 130       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()));\r
 131     }\r
 132 \r
 133     JPredThread(SequenceI[] msf)\r
 134     {\r
 135       OutputHeader = output.getText();\r
 136       this.sequence = new ext.vamsas.Sequence();\r
 137       this.sequence.setId(msf[0].getName());\r
 138       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",msf[0].getSequence()));\r
 139       jalview.io.MSFfile mwrite = new jalview.io.MSFfile();\r
 140       this.msa = new ext.vamsas.Msfalignment();\r
 141       msa.setMsf(mwrite.print(msf));\r
 142     }\r
 143 \r
 144 \r
 145     public void run()\r
 146     {\r
 147 \r
 148       StartJob();\r
 149 \r
 150       while (!jobComplete\r
 151              && (allowedServerExceptions > 0))\r
 152       {\r
 153         try\r
 154         {\r
 155           result = server.getresult(jobId);\r
 156 \r
 157           if (result.isFinished())\r
 158           {\r
 159             parseResult();\r
 160             jobComplete = true;\r
 161             jobsRunning--;\r
 162           }\r
 163           else\r
 164           {\r
 165             output.setText(OutputHeader + "\n" + result.getStatus());\r
 166             if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 167             {\r
 168               Thread.sleep(5000);\r
 169               //      System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 170             }\r
 171           }\r
 172         }\r
 173         catch (Exception ex)\r
 174         {\r
 175           allowedServerExceptions--;\r
 176           String msg = output.getText();\r
 177           output.setText(msg + "\nJPredWS Server exception!\n" + ex.getMessage());\r
 178         }\r
 179       }\r
 180     }\r
 181 \r
 182     void StartJob()\r
 183     {\r
 184       try\r
 185       {\r
 186         if (msa!=null)  {\r
 187           jobId = server.predictOnMsa(msa);\r
 188         } else {\r
 189           jobId = server.predict(sequence);\r
 190         }\r
 191         System.out.println(jobId);\r
 192       }\r
 193       catch (Exception e)\r
 194       {\r
 195         System.out.println("JPredWS Client: Failed to submit the prediction\n" +\r
 196                            e.toString() + "\n");\r
 197         e.printStackTrace();\r
 198       }\r
 199     }\r
 200 \r
 201     private void addFloatAnnotations(Alignment al, int[] gapmap, Vector values, String Symname, String Visname, float min, float max, int winLength) {\r
 202 \r
 203       Annotation[] annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 204       for (int j = 0; j < values.size(); j++)\r
 205       {\r
 206         float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 207         annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", value+"",' ',value);\r
 208       }\r
 209       al.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(Symname, Visname, annotations, min, max, winLength));\r
 210     }\r
 211 \r
 212     void parseResult()\r
 213     {\r
 214       // OutputHeader = output.getText();\r
 215       if (result.getStatus()!=null) {\r
 216         OutputHeader += "\n"+result.getStatus();\r
 217       }\r
 218       if (result.getPredfile()!=null) {\r
 219         OutputHeader += "\n"+result.getPredfile();\r
 220       // JBPNote The returned files from a webservice could be hidden behind icons in the monitor window that, when clicked, pop up their corresponding data\r
 221       }\r
 222       if (result.getAligfile()!=null) {\r
 223         OutputHeader += "\n"+result.getAligfile();\r
 224       }\r
 225       output.setText(OutputHeader);\r
 226       try {\r
 227         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 228         jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.getPredfile(), "Paste");\r
 229         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 230         Alignment al;\r
 231         int FirstSeq; // the position of the query sequence in Alignment al\r
 232         boolean noMsa = true; // set if no MSA has been returned by JPred\r
 233 \r
 234         if (this.msa!=null && result.getAligfile()!=null) {\r
 235           // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
 236           String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(result.getAligfile(), "Paste");\r
 237           if (jalview.io.FormatProperties.contains(format))\r
 238           {\r
 239             al = new Alignment(jalview.io.FormatAdapter.read(result.getAligfile(),"Paste",format));\r
 240             noMsa = false;\r
 241             FirstSeq = 0;\r
 242           }\r
 243           else\r
 244           {\r
 245             throw (new Exception("Unknown format 'format' for file : \n" +\r
 246                              result.getAligfile()));\r
 247           }\r
 248 \r
 249         } else {\r
 250           al = new Alignment(preds);\r
 251           FirstSeq = prediction.QuerySeqPosition;\r
 252         }\r
 253 \r
 254         AlignmentAnnotation annot;\r
 255         Annotation [] annotations = null;\r
 256         int i = 0;\r
 257         int width = preds[0].getSequence().length();\r
 258 \r
 259 \r
 260         int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
 261         if (gapmap.length!=width) {\r
 262           throw (new Exception("Jpred Client Error\nNumber of residues in supposed query sequence :\n"\r
 263                                +al.getSequenceAt(FirstSeq).getName()+"\n"\r
 264                                +al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence()\r
 265                                +"\nDiffer from number of prediction sites in \n"+result.getPredfile()+"\n"));\r
 266         }\r
 267         // JBPNote Should also rename the query sequence sometime...\r
 268         i=0;\r
 269         while (i < preds.length)\r
 270         {\r
 271           String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
 272           if(id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") || id.startsWith("JPRED"))\r
 273           {\r
 274             annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 275 \r
 276             if(id.equals("JNETPRED")\r
 277                || id.equals("JNETPSSM")\r
 278                || id.equals("JNETFREQ")\r
 279                || id.equals("JNETHMM")\r
 280                || id.equals("JNETALIGN")\r
 281                || id.equals("JPRED"))\r
 282             {\r
 283               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 284                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "", preds[i].getCharAt(j), 0);\r
 285             }\r
 286             else if(id.equals("JNETCONF"))\r
 287             {\r
 288               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 289               {\r
 290                 float value = Float.parseFloat(preds[i].getCharAt(j)+"");\r
 291                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "",preds[i].getCharAt(j),value);\r
 292               }\r
 293             }\r
 294             else\r
 295             {\r
 296               for (int j = 0; j < width; j++) {\r
 297                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "", ' ', 0);\r
 298               }\r
 299             }\r
 300 \r
 301             if(id.equals("JNETCONF"))\r
 302               annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 303                                            "JNet Output",\r
 304                                            annotations,0f,10f,1);\r
 305 \r
 306             else   annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 307                                             "JNet Output",\r
 308                                             annotations);\r
 309             al.addAnnotation(annot);\r
 310             if (noMsa)\r
 311               al.deleteSequence(preds[i]);\r
 312           }\r
 313           i++;\r
 314         }\r
 315 \r
 316         Hashtable scores = prediction.Scores;\r
 317         addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 318                             "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 319 \r
 320         addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 321                             "JnetpropB", "Jnet Beta Sheed Propensity", 0f,1f,1);\r
 322 \r
 323         addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 324                             "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 325 \r
 326         AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
 327 \r
 328 \r
 329         Desktop.addInternalFrame(af,\r
 330                                  "JNet Prediction for sequence ",\r
 331                                  700, 500);\r
 332       }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 333 \r
 334     }\r
 335 \r
 336   }\r
 337 }\r
 338 \r