src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  21   private int QuerySeqPosition = -1;
  22   public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition)
  23   {
  24     this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;
  25   }
  26
  27   public int getQuerySeqPosition()
  28   {
  29     return QuerySeqPosition;
  30   }
  31   public Hashtable getScores() {
  32     return Scores;
  33   }
  34   public Hashtable getSymscores() {
  35     return Symscores;
  36   }
  37
  38   public JPredFile(String inStr)
  39   {
  40     super(inStr);
  41   }
  42
  43   public void initData()
  44   {
  45
  46     super.initData();
  47     Scores = new Hashtable();
  48     ids = null;
  49     conf = null;
  50     QuerySeqPosition = -1;
  51   }
  52
  53   public JPredFile(String inFile, String type)
  54       throws IOException
  55   {
  56
  57     super(inFile, type);
  58   }
  59
  60   /**
  61    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  62    */
  63   public void parse()
  64       throws IOException
  65   {
  66 System.out.println("all read in ");
  67     String line;
  68     QuerySeqPosition = -1;
  69     noSeqs = 0;
  70     Vector seq_entries = new Vector();
  71     Vector ids = new Vector();
  72     Hashtable Symscores = new Hashtable();
  73     while ( (line = nextLine()) != null)
  74     {
  75       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  76       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  77       String id = "";
  78       if (!str.hasMoreTokens())
  79       {
  80         continue;
  81       }
  82
  83       id = str.nextToken();
  84       String seqsym = str.nextToken();
  85       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  86       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  87       int numSymbols = symbols.countTokens();
  88
  89       if (numSymbols==0) {
  90         continue;
  91       }
  92
  93       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
  94       {
  95         // Set of scalars for some property
  96         if (Scores.containsKey(id))
  97         {
  98           int i = 1;
  99           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
 100           {
 101             i++;
 102           }
 103           id = id + "_" + i;
 104         }
 105         Vector scores = new Vector();
 106         // Typecheck from first entry
 107         int i = 0;
 108         String ascore="dead";
 109         try
 110         {
 111           // store elements as floats...
 112           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 113             ascore = symbols.nextToken();
 114             Float score = new Float(ascore);
 115             scores.addElement( (Object) score);
 116           }
 117           Scores.put(id, scores);
 118         }
 119         catch (Exception e)
 120         {
 121           // or just keep them as strings
 122           i = scores.size();
 123           for (int j = 0; j < i; j++)
 124           {
 125             scores.set(j,
 126                        (Object) ( (Float) scores.get(j)).toString());
 127           }
 128           scores.addElement((Object) ascore);
 129           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 130             {
 131               ascore = symbols.nextToken();
 132               scores.addElement( (Object) ascore);
 133             }
 134           }
 135           Scores.put(id, scores);
 136         }
 137       }
 138       else if (id.equals("jnetconf"))
 139       {
 140         System.out.println("here");
 141         id = "Prediction Confidence";
 142         this.conf = new Vector(numSymbols);
 143         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 144         {
 145           conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 146         }
 147       }
 148       else
 149         {
 150           // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 151
 152           StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 153
 154           for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {
 155             newseq.append(symbols.nextToken());
 156           }
 157
 158           if (id.indexOf(";") > -1) {
 159             seq_entries.addElement(newseq);
 160             int i=1;
 161             String name = id.substring(id.indexOf(";")+1);
 162             while (ids.lastIndexOf(name)>-1) {
 163               name = id.substring(id.indexOf(";")+1)+"_"+1;
 164             }
 165             ids.addElement(name);
 166
 167             noSeqs++;
 168           }
 169           else
 170           {
 171             if (id.equals("JNETPRED")) {
 172               id = "Predicted Secondary Structure";
 173             }
 174             seq_entries.addElement( newseq.toString() );
 175             ids.addElement(id);
 176             Symscores.put((Object) id, (Object) new Integer(ids.size()-1));
 177           }
 178       }
 179     }
 180
 181
 182     if (noSeqs < 1)
 183     {
 184       throw new IOException(
 185       "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 186     }
 187     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 188     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 189     {
 190       // Add all sequence like objects
 191
 192       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 193                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 194                                      seq_entries.elementAt(i).toString().
 195                                      length());
 196       if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i))
 197           && !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 198       {
 199         throw new IOException(
 200       "JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 201       + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 202       }
 203
 204       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 205       {
 206         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 207                               ids.elementAt(i).toString()
 208                               + ") has an unexpected number of columns");
 209       }
 210       if (newSeq.getName().startsWith("QUERY") && QuerySeqPosition==-1) {
 211         QuerySeqPosition = seqs.size();
 212       }
 213
 214       seqs.addElement(newSeq);
 215
 216     }
 217   }
 218
 219   /**
 220    * print
 221    *
 222    * @return String
 223      */
 224
 225     public String print()
 226     {
 227       return "Not Supported";
 228     }
 229
 230     public static void main(String[] args)
 231     {
 232       try
 233       {
 234         JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 235         for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 236         {
 237           System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName()
 238                              + "\n" +
 239                              ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence()
 240                              + "\n");
 241         }
 242       }
 243       catch (java.io.IOException e)
 244       {
 245         System.out.println("Exception " + e);
 246         e.printStackTrace();
 247       }
 248     }
 249   }
 250
 251   /*
 252    StringBuffer out = new StringBuffer();
 253
 254    out.append("START PRED\n");
 255    for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 256    {
 257     out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 258     out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 259     out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 260     out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 261     out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 262     out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 263
 264     out.append("\n");
 265    }
 266    out.append("END PRED\n");
 267    return out.toString();
 268    }
 269
 270       public static void main(String[] args)
 271    {
 272     try
 273     {
 274       BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 275       DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 276       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 277       {
 278         s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 279       }
 280       String out = BLCFile.print(s);
 281
 282       AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 283       af.resize(700, 500);
 284       af.show();
 285       System.out.println(out);
 286     }
 287     catch (java.io.IOException e)
 288     {
 289       System.out.println("Exception " + e);
 290     }
 291    }
 292
 293    }
 294    */