src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 /**
  21  * PredFile.java
  22  * JalviewX / Vamsas Project
  23  * JPred.seq.concise reader
  24  */
  25 package jalview.io;
  26
  27 import java.io.*;
  28 import java.util.*;
  29
  30 import jalview.datamodel.*;
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class JPredFile
  39     extends AlignFile
  40 {
  41   Vector ids;
  42   Vector conf;
  43   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  44   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  45   private int QuerySeqPosition;
  46
  47   /**
  48    * Creates a new JPredFile object.
  49    *
  50    * @param inFile DOCUMENT ME!
  51    * @param type DOCUMENT ME!
  52    *
  53    * @throws IOException DOCUMENT ME!
  54    */
  55   public JPredFile(String inFile, String type)
  56       throws IOException
  57   {
  58     super(inFile, type);
  59   }
  60
  61   /**
  62    * DOCUMENT ME!
  63    *
  64    * @param QuerySeqPosition DOCUMENT ME!
  65    */
  66   public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition)
  67   {
  68     this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;
  69   }
  70
  71   /**
  72    * DOCUMENT ME!
  73    *
  74    * @return DOCUMENT ME!
  75    */
  76   public int getQuerySeqPosition()
  77   {
  78     return QuerySeqPosition;
  79   }
  80
  81   /**
  82    * DOCUMENT ME!
  83    *
  84    * @return DOCUMENT ME!
  85    */
  86   public Hashtable getScores()
  87   {
  88     return Scores;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * DOCUMENT ME!
  93    *
  94    * @return DOCUMENT ME!
  95    */
  96   public Hashtable getSymscores()
  97   {
  98     return Symscores;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public void initData()
 105   {
 106     super.initData();
 107     Scores = new Hashtable();
 108     ids = null;
 109     conf = null;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
 114    */
 115   public void parse()
 116       throws IOException
 117   {
 118     // JBPNote log.System.out.println("all read in ");
 119     String line;
 120     QuerySeqPosition = -1;
 121     noSeqs = 0;
 122
 123     Vector seq_entries = new Vector();
 124     Vector ids = new Vector();
 125     Hashtable Symscores = new Hashtable();
 126
 127     while ( (line = nextLine()) != null)
 128     {
 129       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
 130       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
 131       String id = "";
 132
 133       if (!str.hasMoreTokens())
 134       {
 135         continue;
 136       }
 137
 138       id = str.nextToken();
 139
 140       String seqsym = str.nextToken();
 141       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
 142
 143       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
 144       int numSymbols = symbols.countTokens();
 145
 146       if (numSymbols == 0)
 147       {
 148         continue;
 149       }
 150
 151       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
 152       {
 153         // Set of scalars for some property
 154         if (Scores.containsKey(id))
 155         {
 156           int i = 1;
 157
 158           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
 159           {
 160             i++;
 161           }
 162
 163           id = id + "_" + i;
 164         }
 165
 166         Vector scores = new Vector();
 167
 168         // Typecheck from first entry
 169         int i = 0;
 170         String ascore = "dead";
 171
 172         try
 173         {
 174           // store elements as floats...
 175           while (symbols.hasMoreTokens())
 176           {
 177             ascore = symbols.nextToken();
 178
 179             Float score = new Float(ascore);
 180             scores.addElement( (Object) score);
 181           }
 182
 183           Scores.put(id, scores);
 184         }
 185         catch (Exception e)
 186         {
 187           // or just keep them as strings
 188           i = scores.size();
 189
 190           for (int j = 0; j < i; j++)
 191           {
 192             scores.setElementAt(
 193                 (Object) ( (Float) scores.elementAt(j)).toString(), j);
 194           }
 195
 196           scores.addElement( (Object) ascore);
 197
 198           while (symbols.hasMoreTokens())
 199           {
 200             ascore = symbols.nextToken();
 201             scores.addElement( (Object) ascore);
 202           }
 203
 204           Scores.put(id, scores);
 205         }
 206       }
 207       else if (id.equals("jnetconf"))
 208       {
 209         // log.debug System.out.println("here");
 210         id = "Prediction Confidence";
 211         this.conf = new Vector(numSymbols);
 212
 213         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 214         {
 215           conf.setElementAt(symbols.nextToken(), i);
 216         }
 217       }
 218       else
 219       {
 220         // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 221         StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 222
 223         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 224         {
 225           newseq.append(symbols.nextToken());
 226         }
 227
 228         if (id.indexOf(";") > -1)
 229         {
 230           seq_entries.addElement(newseq);
 231
 232           int i = 1;
 233           String name = id.substring(id.indexOf(";") + 1);
 234
 235           while (ids.lastIndexOf(name) > -1)
 236           {
 237             name = id.substring(id.indexOf(";") + 1) + "_" + ++i;
 238           }
 239
 240           if (QuerySeqPosition==-1)
 241             QuerySeqPosition = ids.size();
 242           ids.addElement(name);
 243           noSeqs++;
 244         }
 245         else
 246         {
 247           if (id.equals("JNETPRED"))
 248           {
 249             id = "Predicted Secondary Structure";
 250           }
 251
 252           seq_entries.addElement(newseq.toString());
 253           ids.addElement(id);
 254           Symscores.put( (Object) id,
 255                         (Object)new Integer(ids.size() - 1));
 256         }
 257       }
 258     }
 259     /* leave it to the parser user to actually check this.
 260              if (noSeqs < 1)
 261              {
 262         throw new IOException(
 263             "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 264              }*/
 265
 266     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 267
 268     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 269     {
 270       // Add all sequence like objects
 271       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 272                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 273                                      seq_entries.elementAt(i).toString().length());
 274
 275       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 276       {
 277         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 278                               ids.elementAt(i).toString() +
 279                               ") has an unexpected number of columns");
 280       }
 281
 282       if ((newSeq.getName().startsWith("QUERY") || newSeq.getName().startsWith("align;"))&&
 283           (QuerySeqPosition == -1))
 284       {
 285         QuerySeqPosition = seqs.size();
 286       }
 287
 288       seqs.addElement(newSeq);
 289     }
 290   }
 291
 292   /**
 293    * print
 294    *
 295    * @return String
 296    */
 297   public String print()
 298   {
 299     return "Not Supported";
 300   }
 301
 302   /**
 303    * DOCUMENT ME!
 304    *
 305    * @param args DOCUMENT ME!
 306    */
 307   public static void main(String[] args)
 308   {
 309     try
 310     {
 311       JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 312
 313       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 314       {
 315         System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName() +
 316                            "\n" +
 317                            ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequenceAsString() +
 318                            "\n");
 319       }
 320     }
 321     catch (java.io.IOException e)
 322     {
 323       System.err.println("Exception " + e);
 324       e.printStackTrace();
 325     }
 326   }
 327
 328   Vector annotSeqs = null;
 329   /**
 330    * removeNonSequences
 331    */
 332   public void removeNonSequences()
 333   {
 334     if (annotSeqs != null)
 335     {
 336       return;
 337     }
 338     annotSeqs = new Vector();
 339     Vector newseqs = new Vector();
 340     int i = 0;
 341     int j = seqs.size();
 342     for (; i < QuerySeqPosition; i++)
 343     {
 344       annotSeqs.addElement(seqs.elementAt(i));
 345     }
 346     // check that no stray annotations have been added at the end.
 347     {
 348       SequenceI sq = (SequenceI) seqs.elementAt(j - 1);
 349       if (sq.getName().toUpperCase().startsWith("JPRED"))
 350       {
 351         annotSeqs.addElement(sq);
 352         seqs.removeElementAt(--j);
 353       }
 354     }
 355     for (; i < j; i++)
 356     {
 357       newseqs.addElement(seqs.elementAt(i));
 358     }
 359
 360     seqs.removeAllElements();
 361     seqs = newseqs;
 362   }
 363 }
 364
 365 /*
 366  StringBuffer out = new StringBuffer();
 367
 368  out.append("START PRED\n");
 369  for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 370  {
 371   out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 372   out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 373   out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 374   out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 375   out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 376   out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 377
 378   out.append("\n");
 379  }
 380  out.append("END PRED\n");
 381  return out.toString();
 382  }
 383
 384     public static void main(String[] args)
 385  {
 386   try
 387   {
 388     BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 389     DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 390     for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 391     {
 392       s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 393     }
 394     String out = BLCFile.print(s);
 395
 396     AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 397     af.resize(700, 500);
 398     af.show();
 399     System.out.println(out);
 400   }
 401   catch (java.io.IOException e)
 402   {
 403     System.out.println("Exception " + e);
 404   }
 405  }
 406
 407  }
 408  */