src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  21   private int QuerySeqPosition;
  22   public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition)
  23   {
  24     this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;
  25   }
  26
  27   public int getQuerySeqPosition()
  28   {
  29     return QuerySeqPosition;
  30   }
  31   public Hashtable getScores() {
  32     return Scores;
  33   }
  34   public Hashtable getSymscores() {
  35     return Symscores;
  36   }
  37
  38   public JPredFile(String inStr)
  39   {
  40     super(inStr);
  41   }
  42
  43   public void initData()
  44   {
  45
  46     super.initData();
  47     Scores = new Hashtable();
  48     ids = null;
  49     conf = null;
  50   }
  51
  52   public JPredFile(String inFile, String type)
  53       throws IOException
  54   {
  55
  56     super(inFile, type);
  57   }
  58
  59   /**
  60    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  61    */
  62   public void parse()
  63       throws IOException
  64   {
  65 System.out.println("all read in ");
  66     String line;
  67     QuerySeqPosition = -1;
  68     noSeqs = 0;
  69     Vector seq_entries = new Vector();
  70     Vector ids = new Vector();
  71     Hashtable Symscores = new Hashtable();
  72     while ( (line = nextLine()) != null)
  73     {
  74       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  75       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  76       String id = "";
  77       if (!str.hasMoreTokens())
  78       {
  79         continue;
  80       }
  81
  82       id = str.nextToken();
  83       String seqsym = str.nextToken();
  84       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  85       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  86       int numSymbols = symbols.countTokens();
  87
  88       if (numSymbols==0) {
  89         continue;
  90       }
  91
  92       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
  93       {
  94         // Set of scalars for some property
  95         if (Scores.containsKey(id))
  96         {
  97           int i = 1;
  98           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
  99           {
 100             i++;
 101           }
 102           id = id + "_" + i;
 103         }
 104         Vector scores = new Vector();
 105         // Typecheck from first entry
 106         int i = 0;
 107         String ascore="dead";
 108         try
 109         {
 110           // store elements as floats...
 111           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 112             ascore = symbols.nextToken();
 113             Float score = new Float(ascore);
 114             scores.addElement( (Object) score);
 115           }
 116           Scores.put(id, scores);
 117         }
 118         catch (Exception e)
 119         {
 120           // or just keep them as strings
 121           i = scores.size();
 122           for (int j = 0; j < i; j++)
 123           {
 124             scores.set(j,
 125                        (Object) ( (Float) scores.get(j)).toString());
 126           }
 127           scores.addElement((Object) ascore);
 128           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 129             {
 130               ascore = symbols.nextToken();
 131               scores.addElement( (Object) ascore);
 132             }
 133           }
 134           Scores.put(id, scores);
 135         }
 136       }
 137       else if (id.equals("jnetconf"))
 138       {
 139         System.out.println("here");
 140         id = "Prediction Confidence";
 141         this.conf = new Vector(numSymbols);
 142         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 143         {
 144           conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 145         }
 146       }
 147       else
 148         {
 149           // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 150
 151           StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 152
 153           for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {
 154             newseq.append(symbols.nextToken());
 155           }
 156
 157           if (id.indexOf(";") > -1) {
 158             seq_entries.addElement(newseq);
 159             int i=1;
 160             String name = id.substring(id.indexOf(";")+1);
 161             while (ids.lastIndexOf(name)>-1) {
 162               name = id.substring(id.indexOf(";")+1)+"_"+1;
 163             }
 164             ids.addElement(name);
 165
 166             noSeqs++;
 167           }
 168           else
 169           {
 170             if (id.equals("JNETPRED")) {
 171               id = "Predicted Secondary Structure";
 172             }
 173             seq_entries.addElement( newseq.toString() );
 174             ids.addElement(id);
 175             Symscores.put((Object) id, (Object) new Integer(ids.size()-1));
 176           }
 177       }
 178     }
 179
 180
 181     if (noSeqs < 1)
 182     {
 183       throw new IOException(
 184       "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 185     }
 186     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 187     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 188     {
 189       // Add all sequence like objects
 190
 191       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 192                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 193                                      seq_entries.elementAt(i).toString().
 194                                      length());
 195       if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i))
 196           && !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 197       {
 198         throw new IOException(
 199       "JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 200       + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 201       }
 202
 203       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 204       {
 205         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 206                               ids.elementAt(i).toString()
 207                               + ") has an unexpected number of columns");
 208       }
 209       if (newSeq.getName().startsWith("QUERY") && QuerySeqPosition==-1) {
 210         QuerySeqPosition = seqs.size();
 211       }
 212
 213       seqs.addElement(newSeq);
 214
 215     }
 216   }
 217
 218   /**
 219    * print
 220    *
 221    * @return String
 222      */
 223
 224     public String print()
 225     {
 226       return "Not Supported";
 227     }
 228
 229     public static void main(String[] args)
 230     {
 231       try
 232       {
 233         JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 234         for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 235         {
 236           System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName()
 237                              + "\n" +
 238                              ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence()
 239                              + "\n");
 240         }
 241       }
 242       catch (java.io.IOException e)
 243       {
 244         System.out.println("Exception " + e);
 245         e.printStackTrace();
 246       }
 247     }
 248   }
 249
 250   /*
 251    StringBuffer out = new StringBuffer();
 252
 253    out.append("START PRED\n");
 254    for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 255    {
 256     out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 257     out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 258     out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 259     out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 260     out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 261     out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 262
 263     out.append("\n");
 264    }
 265    out.append("END PRED\n");
 266    return out.toString();
 267    }
 268
 269       public static void main(String[] args)
 270    {
 271     try
 272     {
 273       BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 274       DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 275       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 276       {
 277         s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 278       }
 279       String out = BLCFile.print(s);
 280
 281       AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 282       af.resize(700, 500);
 283       af.show();
 284       System.out.println(out);
 285     }
 286     catch (java.io.IOException e)
 287     {
 288       System.out.println("Exception " + e);
 289     }
 290    }
 291
 292    }
 293    */