src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /**
   2  * PredFile.java
   3  * JalviewX / Vamsas Project
   4  * JPred.seq.concise reader
   5  */
   6 package jalview.io;
   7
   8 import jalview.datamodel.*;
   9 import jalview.util.*;
  10
  11 import java.io.*;
  12 import java.util.*;
  13
  14 public class JPredFile
  15     extends AlignFile
  16 {
  17   Vector ids;
  18   Vector conf;
  19   Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors
  20   Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector
  21   public JPredFile(String inStr)
  22   {
  23     super(inStr);
  24   }
  25
  26   public void initData()
  27   {
  28
  29     super.initData();
  30     Scores = new Hashtable();
  31     ids = null;
  32     conf = null;
  33     QuerySeqPosition = -1;
  34   }
  35
  36   public JPredFile(String inFile, String type)
  37       throws IOException
  38   {
  39
  40     super(inFile, type);
  41   }
  42
  43   /**
  44    * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  45    */
  46   int QuerySeqPosition;
  47   public void parse()
  48       throws IOException
  49   {
  50 System.out.println("all read in ");
  51     String line;
  52     QuerySeqPosition = -1;
  53     noSeqs = 0;
  54     Vector seq_entries = new Vector();
  55     Vector ids = new Vector();
  56     Hashtable Symscores = new Hashtable();
  57     while ( (line = nextLine()) != null)
  58     {
  59       // Concise format allows no comments or non comma-formatted data
  60       StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");
  61       String id = "";
  62       if (!str.hasMoreTokens())
  63       {
  64         continue;
  65       }
  66
  67       id = str.nextToken();
  68       String seqsym = str.nextToken();
  69       StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");
  70       // decide if we have more than just alphanumeric symbols
  71       int numSymbols = symbols.countTokens();
  72
  73       if (numSymbols==0) {
  74         continue;
  75       }
  76
  77       if (seqsym.length() != (2 * numSymbols))
  78       {
  79         // Set of scalars for some property
  80         if (Scores.containsKey(id))
  81         {
  82           int i = 1;
  83           while (Scores.containsKey(id + "_" + i))
  84           {
  85             i++;
  86           }
  87           id = id + "_" + i;
  88         }
  89         Vector scores = new Vector();
  90         // Typecheck from first entry
  91         int i = 0;
  92         String ascore="dead";
  93         try
  94         {
  95           // store elements as floats...
  96           while (symbols.hasMoreTokens()) {
  97             ascore = symbols.nextToken();
  98             Float score = new Float(ascore);
  99             scores.addElement( (Object) score);
 100           }
 101           Scores.put(id, scores);
 102         }
 103         catch (Exception e)
 104         {
 105           // or just keep them as strings
 106           i = scores.size();
 107           for (int j = 0; j < i; j++)
 108           {
 109             scores.set(j,
 110                        (Object) ( (Float) scores.get(j)).toString());
 111           }
 112           scores.addElement((Object) ascore);
 113           while (symbols.hasMoreTokens()) {
 114             {
 115               ascore = symbols.nextToken();
 116               scores.addElement( (Object) ascore);
 117             }
 118           }
 119           Scores.put(id, scores);
 120         }
 121       }
 122       else if (id.equals("jnetconf"))
 123       {
 124         System.out.println("here");
 125         id = "Prediction Confidence";
 126         this.conf = new Vector(numSymbols);
 127         for (int i = 0; i < numSymbols; i++)
 128         {
 129           conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());
 130         }
 131       }
 132       else
 133         {
 134           // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)
 135
 136           StringBuffer newseq = new StringBuffer();
 137
 138           for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {
 139             newseq.append(symbols.nextToken());
 140           }
 141
 142           if (id.indexOf(";") > -1) {
 143             seq_entries.addElement(newseq);
 144             int i=1;
 145             String name = id.substring(id.indexOf(";")+1);
 146             while (ids.lastIndexOf(name)>-1) {
 147               name = id.substring(id.indexOf(";")+1)+"_"+1;
 148             }
 149             ids.addElement(name);
 150
 151             noSeqs++;
 152           }
 153           else
 154           {
 155             if (id.equals("JNETPRED")) {
 156               id = "Predicted Secondary Structure";
 157             }
 158             seq_entries.addElement( newseq.toString() );
 159             ids.addElement(id);
 160             Symscores.put((Object) id, (Object) new Integer(ids.size()-1));
 161           }
 162       }
 163     }
 164
 165
 166     if (noSeqs < 1)
 167     {
 168       throw new IOException(
 169       "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");
 170     }
 171     maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();
 172     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
 173     {
 174       // Add all sequence like objects
 175
 176       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),
 177                                      seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,
 178                                      seq_entries.elementAt(i).toString().
 179                                      length());
 180       if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i))
 181           && !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 182       {
 183         throw new IOException(
 184       "JPredConcise: Not a valid protein sequence - ("
 185       + ids.elementAt(i).toString() + ")");
 186       }
 187
 188       if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length())
 189       {
 190         throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +
 191                               ids.elementAt(i).toString()
 192                               + ") has an unexpected number of columns");
 193       }
 194       if (newSeq.getName().startsWith("QUERY") && QuerySeqPosition==-1) {
 195         QuerySeqPosition = seqs.size();
 196       }
 197
 198       seqs.addElement(newSeq);
 199
 200     }
 201   }
 202
 203   /**
 204    * print
 205    *
 206    * @return String
 207      */
 208
 209     public String print()
 210     {
 211       return "Not Supported";
 212     }
 213
 214     public static void main(String[] args)
 215     {
 216       try
 217       {
 218         JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");
 219         for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 220         {
 221           System.out.println( ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName()
 222                              + "\n" +
 223                              ( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence()
 224                              + "\n");
 225         }
 226       }
 227       catch (java.io.IOException e)
 228       {
 229         System.out.println("Exception " + e);
 230         e.printStackTrace();
 231       }
 232     }
 233   }
 234
 235   /*
 236    StringBuffer out = new StringBuffer();
 237
 238    out.append("START PRED\n");
 239    for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 240    {
 241     out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 242     out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 243     out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 244     out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 245     out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 246     out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 247
 248     out.append("\n");
 249    }
 250    out.append("END PRED\n");
 251    return out.toString();
 252    }
 253
 254       public static void main(String[] args)
 255    {
 256     try
 257     {
 258       BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 259       DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 260       for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 261       {
 262         s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 263       }
 264       String out = BLCFile.print(s);
 265
 266       AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 267       af.resize(700, 500);
 268       af.show();
 269       System.out.println(out);
 270     }
 271     catch (java.io.IOException e)
 272     {
 273       System.out.println("Exception " + e);
 274     }
 275    }
 276
 277    }
 278    */