src/jalview/io/JalviewFileView.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.filechooser.*;
  28
  29 public class JalviewFileView extends FileView
  30 {
  31   static Hashtable alignSuffix = new Hashtable();
  32
  33   static
  34   {
  35     // TODO: these names should come from the FormatAdapter lists for
  36     // readable/writable extensions
  37     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  38     alignSuffix.put("fasta", "Fasta file");
  39     alignSuffix.put("fa", "Fasta file");
  40     alignSuffix.put("fastq", "Fasta file");
  41     alignSuffix.put("mfa", "Fasta file");
  42     alignSuffix.put("blc", "BLC file");
  43     alignSuffix.put("msf", "MSF file");
  44     alignSuffix.put("pfam", "PFAM file");
  45     alignSuffix.put("aln", "Clustal file");
  46     alignSuffix.put("pir", "PIR file");
  47     alignSuffix.put("jar", "Jalview Project file (old)");
  48     alignSuffix.put("jvp", "Jalview Project file");
  49     alignSuffix.put("amsa", "AMSA file");
  50     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  51     alignSuffix.put("stk", "Stockholm File");
  52     alignSuffix.put("sto", "Stockholm File");
  53   }
  54
  55   public String getTypeDescription(File f)
  56   {
  57     String extension = getExtension(f);
  58     String type = null;
  59
  60     if (extension != null)
  61     {
  62       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  63       {
  64         type = alignSuffix.get(extension).toString();
  65       }
  66     }
  67
  68     return type;
  69   }
  70
  71   public Icon getIcon(File f)
  72   {
  73     String extension = getExtension(f);
  74     Icon icon = null;
  75
  76     if (extension != null)
  77     {
  78       if (alignSuffix.containsKey(extension))
  79       {
  80         icon = createImageIcon("/images/file.png");
  81       }
  82     }
  83
  84     return icon;
  85   }
  86
  87   /*
  88    * Get the extension of a file.
  89    */
  90   public static String getExtension(File f)
  91   {
  92     String ext = null;
  93     String s = f.getName();
  94     int i = s.lastIndexOf('.');
  95
  96     if ((i > 0) && (i < (s.length() - 1)))
  97     {
  98       ext = s.substring(i + 1).toLowerCase();
  99     }
 100
 101     return ext;
 102   }
 103
 104   /** Returns an ImageIcon, or null if the path was invalid. */
 105   protected static ImageIcon createImageIcon(String path)
 106   {
 107     java.net.URL imgURL = JalviewFileView.class.getResource(path);
 108
 109     if (imgURL != null)
 110     {
 111       return new ImageIcon(imgURL);
 112     }
 113     else
 114     {
 115       System.err
 116               .println("JalviewFileView.createImageIcon: Couldn't find file: "
 117                       + path);
 118
 119       return null;
 120     }
 121   }
 122 }