src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.net.URL;\r
   5 import java.io.BufferedReader;\r
   6 import java.io.InputStreamReader;\r
   7 import java.io.FileReader;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class JnetAnnotationMaker\r
  11 {\r
  12   /**\r
  13    * adds the annotation parsed by prediction to al.\r
  14    * @param prediction JPredFile\r
  15    * @param al AlignmentI\r
  16    * @param FirstSeq int -\r
  17    * @param noMsa boolean\r
  18    */\r
  19   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,\r
  20                                     int FirstSeq, boolean noMsa)\r
  21       throws Exception\r
  22   {\r
  23     int i = 0;\r
  24     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
  25     // in the future we could search for the query\r
  26     // sequence in the alignment before calling this function.\r
  27     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
  28     int width = preds[0].getSequence().length();\r
  29     int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
  30     if (gapmap.length != width)\r
  31     {\r
  32       throw (new Exception(\r
  33           "Number of residues in supposed query sequence ('" +\r
  34           al.getSequenceAt(FirstSeq).getName() + "'\n" +\r
  35           al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence() +\r
  36           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +\r
  37           ")"));\r
  38     }\r
  39 \r
  40     AlignmentAnnotation annot;\r
  41     Annotation[] annotations = null;\r
  42 \r
  43     while (i < preds.length)\r
  44     {\r
  45       String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
  46 \r
  47       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||\r
  48           id.startsWith("JPRED"))\r
  49       {\r
  50         annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
  51 \r
  52         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||\r
  53             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||\r
  54             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))\r
  55         {\r
  56           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  57           {\r
  58             annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",\r
  59                 preds[i].getCharAt(j), 0);\r
  60           }\r
  61         }\r
  62         else if (id.equals("JNETCONF"))\r
  63         {\r
  64           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  65           {\r
  66             float value = new Float(preds[i].getCharAt(\r
  67                 j) + "").floatValue();\r
  68             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  69                 j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),\r
  70                 value);\r
  71           }\r
  72         }\r
  73         else\r
  74         {\r
  75           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  76           {\r
  77             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  78                 j) + "", "", ' ', 0);\r
  79           }\r
  80         }\r
  81 \r
  82         if (id.equals("JNETCONF"))\r
  83         {\r
  84           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
  85                                           "JNet Output", annotations, 0f,\r
  86                                           10f,\r
  87                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
  88         }\r
  89         else\r
  90         {\r
  91           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
  92                                           "JNet Output", annotations);\r
  93         }\r
  94 \r
  95         if (seqRef != null)\r
  96         {\r
  97           annot.createSequenceMapping(seqRef, 0);\r
  98           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);\r
  99         }\r
 100 \r
 101         al.addAnnotation(annot);\r
 102 \r
 103         if (noMsa)\r
 104         {\r
 105           al.deleteSequence(preds[i]);\r
 106         }\r
 107       }\r
 108 \r
 109       i++;\r
 110     }\r
 111 \r
 112     //Hashtable scores = prediction.getScores();\r
 113 \r
 114     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 115                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 116 \r
 117       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 118      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);\r
 119 \r
 120       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 121                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 122      */\r
 123 \r
 124   }\r
 125 }\r