src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */package jalview.io;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class JnetAnnotationMaker
  23 {
  24   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  25                                     int firstSeq, boolean noMsa) throws Exception {
  26     JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, firstSeq, noMsa, (int[]) null);
  27   }
  28   /**
  29    * adds the annotation parsed by prediction to al.
  30    * @param prediction JPredFile
  31    * @param al AlignmentI
  32    * @param firstSeq int -
  33    * @param noMsa boolean
  34    * @param delMap mapping from columns in JPredFile prediction to residue number in al.getSequence(firstSeq)
  35    */
  36   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  37                                     int firstSeq, boolean noMsa, int[] delMap)
  38       throws Exception
  39   {
  40     int i = 0;
  41     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
  42     // in the future we could search for the query
  43     // sequence in the alignment before calling this function.
  44     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(firstSeq);
  45     int width = preds[0].getSequence().length;
  46     int[] gapmap = al.getSequenceAt(firstSeq).gapMap();
  47     if ((delMap!=null && delMap.length > width) || (delMap==null && gapmap.length!=width))
  48     {
  49       throw (new Exception(
  50           "Number of residues in "+(delMap==null ? "" : " mapped ")+"supposed query sequence ('" +
  51           al.getSequenceAt(firstSeq).getName() + "'\n" +
  52           al.getSequenceAt(firstSeq).getSequenceAsString() +
  53           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +
  54           ")"));
  55     }
  56
  57     AlignmentAnnotation annot;
  58     Annotation[] annotations = null;
  59
  60     int existingAnnotations = 0;
  61     if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)
  62        existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
  63
  64
  65     while (i < preds.length)
  66     {
  67       String id = preds[i].getName().toUpperCase();
  68
  69       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||
  70           id.startsWith("JPRED"))
  71       {
  72         annotations = new Annotation[al.getWidth()];
  73         /*        if (delMap!=null) {
  74           for (int j=0; j<annotations.length; j++)
  75             annotations[j] = new Annotation("","",'',0);
  76         }
  77         */
  78         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||
  79             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||
  80             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))
  81         {
  82           if (delMap==null) {
  83             for (int j = 0; j < width; j++)
  84             {
  85               annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",
  86                   preds[i].getCharAt(j), 0);
  87             }
  88           } else {
  89             for (int j = 0; j < width; j++)
  90             {
  91               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation("", "",
  92                   preds[i].getCharAt(j), 0);
  93             }
  94           }
  95         }
  96         else if (id.equals("JNETCONF"))
  97         {
  98           if (delMap==null) {
  99             for (int j = 0; j < width; j++)
 100             {
 101               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 102                 j) + "").floatValue();
 103             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 104                 j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 105                 value);
 106             }
 107           } else {
 108             for (int j = 0; j < width; j++)
 109             {
 110               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 111                   j) + "").floatValue();
 112               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 113                   j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 114                   value);
 115               }
 116             }
 117         }
 118         else
 119         {
 120           if (delMap==null) {
 121             for (int j = 0; j < width; j++)
 122             {
 123               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 124                   j) + "", "", ' ', 0);
 125             }
 126           } else {
 127             for (int j = 0; j < width; j++)
 128             {
 129             annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 130                 j) + "", "", ' ', 0);
 131             }
 132           }
 133         }
 134
 135         if (id.equals("JNETCONF"))
 136         {
 137           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 138                                           "JNet Output", annotations, 0f,
 139                                           10f,
 140                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 141         }
 142         else
 143         {
 144           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 145                                           "JNet Output", annotations);
 146         }
 147
 148         if (seqRef != null)
 149         {
 150           annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 151           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 152         }
 153
 154         al.addAnnotation(annot);
 155         al.setAnnotationIndex(annot,
 156                               al.getAlignmentAnnotation().
 157                               length - existingAnnotations - 1);
 158
 159         if (noMsa)
 160         {
 161           al.deleteSequence(preds[i]);
 162         }
 163       }
 164
 165       i++;
 166     }
 167
 168     //Hashtable scores = prediction.getScores();
 169
 170     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),
 171                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);
 172
 173       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),
 174      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);
 175
 176       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),
 177                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);
 178      */
 179
 180   }
 181 }