src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class JnetAnnotationMaker
  24 {
  25   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  26                                     int firstSeq, boolean noMsa)
  27       throws Exception
  28   {
  29     JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, firstSeq, noMsa, (int[])null);
  30   }
  31
  32   /**
  33    * adds the annotation parsed by prediction to al.
  34    * @param prediction JPredFile
  35    * @param al AlignmentI
  36    * @param firstSeq int the index of the sequence to attach the annotation to (usually zero)
  37    * @param noMsa boolean
  38    * @param delMap mapping from columns in JPredFile prediction to residue number in al.getSequence(firstSeq)
  39    */
  40   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  41                                     int firstSeq, boolean noMsa, int[] delMap)
  42       throws Exception
  43   {
  44     int i = 0;
  45     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
  46     // in the future we could search for the query
  47     // sequence in the alignment before calling this function.
  48     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(firstSeq);
  49     int width = preds[0].getSequence().length;
  50     int[] gapmap = al.getSequenceAt(firstSeq).gapMap();
  51     if ( (delMap != null && delMap.length > width) ||
  52         (delMap == null && gapmap.length != width))
  53     {
  54       throw (new Exception(
  55           "Number of residues in " + (delMap == null ? "" : " mapped ") +
  56           "supposed query sequence ('" +
  57           al.getSequenceAt(firstSeq).getName() + "'\n" +
  58           al.getSequenceAt(firstSeq).getSequenceAsString() +
  59           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +
  60           ")"));
  61     }
  62
  63     AlignmentAnnotation annot;
  64     Annotation[] annotations = null;
  65
  66     int existingAnnotations = 0;
  67     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  68     {
  69       existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
  70     }
  71
  72     while (i < preds.length)
  73     {
  74       String id = preds[i].getName().toUpperCase();
  75
  76       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||
  77           id.startsWith("JPRED"))
  78       {
  79         annotations = new Annotation[al.getWidth()];
  80         /*        if (delMap!=null) {
  81           for (int j=0; j<annotations.length; j++)
  82             annotations[j] = new Annotation("","",'',0);
  83                  }
  84          */
  85         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||
  86             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||
  87             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))
  88         {
  89           if (delMap == null)
  90           {
  91             for (int j = 0; j < width; j++)
  92             {
  93               annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",
  94                   preds[i].getCharAt(j), 0);
  95             }
  96           }
  97           else
  98           {
  99             for (int j = 0; j < width; j++)
 100             {
 101               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation("", "",
 102                   preds[i].getCharAt(j), 0);
 103             }
 104           }
 105         }
 106         else if (id.equals("JNETCONF"))
 107         {
 108           if (delMap == null)
 109           {
 110             for (int j = 0; j < width; j++)
 111             {
 112               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 113                   j) + "").floatValue();
 114               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 115                   j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 116                   value);
 117             }
 118           }
 119           else
 120           {
 121             for (int j = 0; j < width; j++)
 122             {
 123               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 124                   j) + "").floatValue();
 125               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].
 126                   getCharAt(
 127                       j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 128                   value);
 129             }
 130           }
 131         }
 132         else
 133         {
 134           if (delMap == null)
 135           {
 136             for (int j = 0; j < width; j++)
 137             {
 138               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 139                   j) + "", "", ' ', 0);
 140             }
 141           }
 142           else
 143           {
 144             for (int j = 0; j < width; j++)
 145             {
 146               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].
 147                   getCharAt(
 148                       j) + "", "", ' ', 0);
 149             }
 150           }
 151         }
 152
 153         if (id.equals("JNETCONF"))
 154         {
 155           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 156                                           "JNet Output", annotations, 0f,
 157                                           10f,
 158                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 159         }
 160         else
 161         {
 162           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 163                                           "JNet Output", annotations);
 164         }
 165
 166         if (seqRef != null)
 167         {
 168           annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 169           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 170         }
 171
 172         al.addAnnotation(annot);
 173         al.setAnnotationIndex(annot,
 174                               al.getAlignmentAnnotation().
 175                               length - existingAnnotations - 1);
 176
 177         if (noMsa)
 178         {
 179           al.deleteSequence(preds[i]);
 180         }
 181       }
 182
 183       i++;
 184     }
 185
 186     //Hashtable scores = prediction.getScores();
 187
 188     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),
 189                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);
 190
 191       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),
 192      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);
 193
 194       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),
 195                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);
 196      */
 197
 198   }
 199 }