src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */package jalview.io;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class JnetAnnotationMaker
  23 {
  24   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  25                                     int firstSeq, boolean noMsa)
  26       throws Exception
  27   {
  28     JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al, firstSeq, noMsa, (int[])null);
  29   }
  30
  31   /**
  32    * adds the annotation parsed by prediction to al.
  33    * @param prediction JPredFile
  34    * @param al AlignmentI
  35    * @param firstSeq int -
  36    * @param noMsa boolean
  37    * @param delMap mapping from columns in JPredFile prediction to residue number in al.getSequence(firstSeq)
  38    */
  39   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,
  40                                     int firstSeq, boolean noMsa, int[] delMap)
  41       throws Exception
  42   {
  43     int i = 0;
  44     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
  45     // in the future we could search for the query
  46     // sequence in the alignment before calling this function.
  47     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(firstSeq);
  48     int width = preds[0].getSequence().length;
  49     int[] gapmap = al.getSequenceAt(firstSeq).gapMap();
  50     if ( (delMap != null && delMap.length > width) ||
  51         (delMap == null && gapmap.length != width))
  52     {
  53       throw (new Exception(
  54           "Number of residues in " + (delMap == null ? "" : " mapped ") +
  55           "supposed query sequence ('" +
  56           al.getSequenceAt(firstSeq).getName() + "'\n" +
  57           al.getSequenceAt(firstSeq).getSequenceAsString() +
  58           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +
  59           ")"));
  60     }
  61
  62     AlignmentAnnotation annot;
  63     Annotation[] annotations = null;
  64
  65     int existingAnnotations = 0;
  66     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  67     {
  68       existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
  69     }
  70
  71     while (i < preds.length)
  72     {
  73       String id = preds[i].getName().toUpperCase();
  74
  75       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||
  76           id.startsWith("JPRED"))
  77       {
  78         annotations = new Annotation[al.getWidth()];
  79         /*        if (delMap!=null) {
  80           for (int j=0; j<annotations.length; j++)
  81             annotations[j] = new Annotation("","",'',0);
  82                  }
  83          */
  84         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||
  85             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||
  86             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))
  87         {
  88           if (delMap == null)
  89           {
  90             for (int j = 0; j < width; j++)
  91             {
  92               annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",
  93                   preds[i].getCharAt(j), 0);
  94             }
  95           }
  96           else
  97           {
  98             for (int j = 0; j < width; j++)
  99             {
 100               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation("", "",
 101                   preds[i].getCharAt(j), 0);
 102             }
 103           }
 104         }
 105         else if (id.equals("JNETCONF"))
 106         {
 107           if (delMap == null)
 108           {
 109             for (int j = 0; j < width; j++)
 110             {
 111               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 112                   j) + "").floatValue();
 113               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 114                   j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 115                   value);
 116             }
 117           }
 118           else
 119           {
 120             for (int j = 0; j < width; j++)
 121             {
 122               float value = new Float(preds[i].getCharAt(
 123                   j) + "").floatValue();
 124               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].
 125                   getCharAt(
 126                       j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),
 127                   value);
 128             }
 129           }
 130         }
 131         else
 132         {
 133           if (delMap == null)
 134           {
 135             for (int j = 0; j < width; j++)
 136             {
 137               annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(
 138                   j) + "", "", ' ', 0);
 139             }
 140           }
 141           else
 142           {
 143             for (int j = 0; j < width; j++)
 144             {
 145               annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(preds[i].
 146                   getCharAt(
 147                       j) + "", "", ' ', 0);
 148             }
 149           }
 150         }
 151
 152         if (id.equals("JNETCONF"))
 153         {
 154           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 155                                           "JNet Output", annotations, 0f,
 156                                           10f,
 157                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 158         }
 159         else
 160         {
 161           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 162                                           "JNet Output", annotations);
 163         }
 164
 165         if (seqRef != null)
 166         {
 167           annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 168           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 169         }
 170
 171         al.addAnnotation(annot);
 172         al.setAnnotationIndex(annot,
 173                               al.getAlignmentAnnotation().
 174                               length - existingAnnotations - 1);
 175
 176         if (noMsa)
 177         {
 178           al.deleteSequence(preds[i]);
 179         }
 180       }
 181
 182       i++;
 183     }
 184
 185     //Hashtable scores = prediction.getScores();
 186
 187     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),
 188                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);
 189
 190       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),
 191      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);
 192
 193       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),
 194                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);
 195      */
 196
 197   }
 198 }