src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.*;\r
  21 \r
  22 public class JnetAnnotationMaker\r
  23 {\r
  24   /**\r
  25    * adds the annotation parsed by prediction to al.\r
  26    * @param prediction JPredFile\r
  27    * @param al AlignmentI\r
  28    * @param FirstSeq int -\r
  29    * @param noMsa boolean\r
  30    */\r
  31   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,\r
  32                                     int FirstSeq, boolean noMsa)\r
  33       throws Exception\r
  34   {\r
  35     int i = 0;\r
  36     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
  37     // in the future we could search for the query\r
  38     // sequence in the alignment before calling this function.\r
  39     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
  40     int width = preds[0].getSequence().length();\r
  41     int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
  42     if (gapmap.length != width)\r
  43     {\r
  44       throw (new Exception(\r
  45           "Number of residues in supposed query sequence ('" +\r
  46           al.getSequenceAt(FirstSeq).getName() + "'\n" +\r
  47           al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence() +\r
  48           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +\r
  49           ")"));\r
  50     }\r
  51 \r
  52     AlignmentAnnotation annot;\r
  53     Annotation[] annotations = null;\r
  54 \r
  55     int existingAnnotations = 0;\r
  56     if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
  57        existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
  58 \r
  59 \r
  60     while (i < preds.length)\r
  61     {\r
  62       String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
  63 \r
  64       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||\r
  65           id.startsWith("JPRED"))\r
  66       {\r
  67         annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
  68 \r
  69         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||\r
  70             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||\r
  71             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))\r
  72         {\r
  73           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  74           {\r
  75             annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",\r
  76                 preds[i].getCharAt(j), 0);\r
  77           }\r
  78         }\r
  79         else if (id.equals("JNETCONF"))\r
  80         {\r
  81           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  82           {\r
  83             float value = new Float(preds[i].getCharAt(\r
  84                 j) + "").floatValue();\r
  85             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  86                 j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),\r
  87                 value);\r
  88           }\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  93           {\r
  94             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  95                 j) + "", "", ' ', 0);\r
  96           }\r
  97         }\r
  98 \r
  99         if (id.equals("JNETCONF"))\r
 100         {\r
 101           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 102                                           "JNet Output", annotations, 0f,\r
 103                                           10f,\r
 104                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 105         }\r
 106         else\r
 107         {\r
 108           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 109                                           "JNet Output", annotations);\r
 110         }\r
 111 \r
 112         if (seqRef != null)\r
 113         {\r
 114           annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);\r
 115           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);\r
 116         }\r
 117 \r
 118         al.addAnnotation(annot);\r
 119         al.setAnnotationIndex(annot,\r
 120                               al.getAlignmentAnnotation().\r
 121                               length - existingAnnotations - 1);\r
 122 \r
 123         if (noMsa)\r
 124         {\r
 125           al.deleteSequence(preds[i]);\r
 126         }\r
 127       }\r
 128 \r
 129       i++;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     //Hashtable scores = prediction.getScores();\r
 133 \r
 134     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 135                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 136 \r
 137       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 138      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);\r
 139 \r
 140       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 141                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 142      */\r
 143 \r
 144   }\r
 145 }\r