src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.net.URL;\r
   5 import java.io.BufferedReader;\r
   6 import java.io.InputStreamReader;\r
   7 import java.io.FileReader;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class JnetAnnotationMaker\r
  11 {\r
  12   /**\r
  13    * adds the annotation parsed by prediction to al.\r
  14    * @param prediction JPredFile\r
  15    * @param al AlignmentI\r
  16    * @param FirstSeq int -\r
  17    * @param noMsa boolean\r
  18    */\r
  19   public static void add_annotation(JPredFile prediction, AlignmentI al,\r
  20                                     int FirstSeq, boolean noMsa)\r
  21       throws Exception\r
  22   {\r
  23     int i = 0;\r
  24     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
  25     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
  26     int width = preds[0].getSequence().length();\r
  27     int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
  28     if (gapmap.length != width)\r
  29     {\r
  30       throw (new Exception(\r
  31           "Number of residues in supposed query sequence ('" +\r
  32           al.getSequenceAt(FirstSeq).getName() + "'\n" +\r
  33           al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence() +\r
  34           ")\ndiffer from number of prediction sites in prediction (" + width +\r
  35           ")"));\r
  36     }\r
  37 \r
  38     AlignmentAnnotation annot;\r
  39     Annotation[] annotations = null;\r
  40 \r
  41     while (i < preds.length)\r
  42     {\r
  43       String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
  44 \r
  45       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") ||\r
  46           id.startsWith("JPRED"))\r
  47       {\r
  48         annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
  49 \r
  50         if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM") ||\r
  51             id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM") ||\r
  52             id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))\r
  53         {\r
  54           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  55           {\r
  56             annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",\r
  57                 preds[i].getCharAt(j), 0);\r
  58           }\r
  59         }\r
  60         else if (id.equals("JNETCONF"))\r
  61         {\r
  62           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  63           {\r
  64             float value = Float.parseFloat(preds[i].getCharAt(\r
  65                 j) + "");\r
  66             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  67                 j) + "", "", preds[i].getCharAt(j),\r
  68                 value);\r
  69           }\r
  70         }\r
  71         else\r
  72         {\r
  73           for (int j = 0; j < width; j++)\r
  74           {\r
  75             annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(\r
  76                 j) + "", "", ' ', 0);\r
  77           }\r
  78         }\r
  79 \r
  80         if (id.equals("JNETCONF"))\r
  81         {\r
  82           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
  83                                           "JNet Output", annotations, 0f,\r
  84                                           10f,\r
  85                                           AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89           annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
  90                                           "JNet Output", annotations);\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (seqRef != null)\r
  94         {\r
  95           annot.createSequenceMapping(seqRef, 0);\r
  96           seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);\r
  97         }\r
  98 \r
  99         al.addAnnotation(annot);\r
 100 \r
 101         if (noMsa)\r
 102         {\r
 103           al.deleteSequence(preds[i]);\r
 104         }\r
 105       }\r
 106 \r
 107       i++;\r
 108     }\r
 109 \r
 110     //Hashtable scores = prediction.getScores();\r
 111 \r
 112     /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 113                           "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 114 \r
 115       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 116      "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);\r
 117 \r
 118       addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 119                           "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 120      */\r
 121 \r
 122   }\r
 123 }\r