src/jalview/io/MSFfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class MSFfile extends AlignFile\r
  37 {\r
  38 \r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Creates a new MSFfile object.\r
  42      */\r
  43     public MSFfile()\r
  44     {\r
  45     }\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new MSFfile object.\r
  49      *\r
  50      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  51      */\r
  52     public MSFfile(String inStr)\r
  53     {\r
  54         super(inStr);\r
  55     }\r
  56 \r
  57     /**\r
  58      * Creates a new MSFfile object.\r
  59      *\r
  60      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  61      * @param type DOCUMENT ME!\r
  62      *\r
  63      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  64      */\r
  65     public MSFfile(String inFile, String type) throws IOException\r
  66     {\r
  67         super(inFile, type);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public void parse()\r
  74     {\r
  75         int i = 0;\r
  76         boolean seqFlag = false;\r
  77         String key = new String();\r
  78         Vector headers = new Vector();\r
  79         Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  80         String line;\r
  81 \r
  82         try\r
  83         {\r
  84             while ((line = nextLine()) != null)\r
  85             {\r
  86                 StringTokenizer str = new StringTokenizer(line);\r
  87 \r
  88                 while (str.hasMoreTokens())\r
  89                 {\r
  90                     String inStr = str.nextToken();\r
  91 \r
  92                     //If line has header information add to the headers vector\r
  93                     if (inStr.indexOf("Name:") != -1)\r
  94                     {\r
  95                         key = str.nextToken();\r
  96                         headers.addElement(key);\r
  97                     }\r
  98 \r
  99                     //if line has // set SeqFlag to 1 so we know sequences are coming\r
 100                     if (inStr.indexOf("//") != -1)\r
 101                     {\r
 102                         seqFlag = true;\r
 103                     }\r
 104 \r
 105                     //Process lines as sequence lines if seqFlag is set\r
 106                     if ((inStr.indexOf("//") == -1) && (seqFlag == true))\r
 107                     {\r
 108                         //seqeunce id is the first field\r
 109                         key = inStr;\r
 110 \r
 111                         StringBuffer tempseq;\r
 112 \r
 113                         //Get sequence from hash if it exists\r
 114                         if (seqhash.containsKey(key))\r
 115                         {\r
 116                             tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(key);\r
 117                         }\r
 118                         else\r
 119                         {\r
 120                             tempseq = new StringBuffer();\r
 121                             seqhash.put(key, tempseq);\r
 122                         }\r
 123 \r
 124                         //loop through the rest of the words\r
 125                         while (str.hasMoreTokens())\r
 126                         {\r
 127                             //append the word to the sequence\r
 128                             tempseq.append(str.nextToken());\r
 129                         }\r
 130                     }\r
 131                 }\r
 132             }\r
 133         }\r
 134         catch (IOException e)\r
 135         {\r
 136             System.err.println("Exception parsing MSFFile " + e);\r
 137             e.printStackTrace();\r
 138         }\r
 139 \r
 140         this.noSeqs = headers.size();\r
 141 \r
 142         //Add sequences to the hash\r
 143         for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
 144         {\r
 145             if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 146             {\r
 147                 String head = headers.elementAt(i).toString();\r
 148                 String seq = seqhash.get(head).toString();\r
 149 \r
 150                 int start = -1;\r
 151                 int end =  -1;\r
 152 \r
 153                 if (maxLength < head.length())\r
 154                 {\r
 155                     maxLength = head.length();\r
 156                 }\r
 157 \r
 158                 if (head.indexOf("/") > 0)\r
 159                 {\r
 160                     StringTokenizer st = new StringTokenizer(head, "/");\r
 161 \r
 162                     if (st.countTokens() == 2)\r
 163                     {\r
 164                         head = st.nextToken();\r
 165 \r
 166                         String tmp = st.nextToken();\r
 167                         st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 168 \r
 169                         if (st.countTokens() == 2)\r
 170                         {\r
 171                             start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 172                             end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 173                         }\r
 174                     }\r
 175                 }\r
 176 \r
 177 \r
 178                 // Replace ~ with a sensible gap character\r
 179                 seq = seq.replace('~', '-');\r
 180 \r
 181                 Sequence newSeq = new Sequence(head, seq, start, end);\r
 182 \r
 183                 seqs.addElement(newSeq);\r
 184             }\r
 185             else\r
 186             {\r
 187                 System.err.println("MSFFile Parser: Can't find sequence for " +\r
 188                     headers.elementAt(i));\r
 189             }\r
 190         }\r
 191     }\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * DOCUMENT ME!\r
 195      *\r
 196      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 197      *\r
 198      * @return DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     public static int checkSum(String seq)\r
 201     {\r
 202         int check = 0;\r
 203         String sequence = seq.toUpperCase();\r
 204 \r
 205         for (int i = 0; i < sequence.length(); i++)\r
 206         {\r
 207             try\r
 208             {\r
 209 \r
 210                     int value = sequence.charAt(i);\r
 211                     if (value!=-1)\r
 212                     {\r
 213                         check += (i % 57 +1) * value;\r
 214                     }\r
 215             }\r
 216             catch (Exception e)\r
 217             {\r
 218                 System.err.println("Exception during MSF Checksum calculation");\r
 219                 e.printStackTrace();\r
 220             }\r
 221         }\r
 222 \r
 223         return check % 10000;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * DOCUMENT ME!\r
 228      *\r
 229      * @param s DOCUMENT ME!\r
 230      *\r
 231      * @return DOCUMENT ME!\r
 232      */\r
 233     public static String print(SequenceI[] s)\r
 234     {\r
 235         return print(s, false);\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * DOCUMENT ME!\r
 240      *\r
 241      * @param s DOCUMENT ME!\r
 242      * @param is_NA DOCUMENT ME!\r
 243      *\r
 244      * @return DOCUMENT ME!\r
 245      */\r
 246     public static String print(SequenceI[] seqs, boolean is_NA)\r
 247     {\r
 248 \r
 249       SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.length];\r
 250 \r
 251         StringBuffer out = new StringBuffer("!!" + (is_NA ? "NA" : "AA") +\r
 252                 "_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0\n\n"); // TODO: JBPNote : Jalview doesn't remember NA or AA yet.\r
 253 \r
 254         int max = 0;\r
 255         int maxid = 0;\r
 256         int i = 0;\r
 257 \r
 258         while ((i < seqs.length) && (seqs[i] != null))\r
 259         {\r
 260           // Replace all internal gaps with . and external spaces with ~\r
 261           s[i] =new Sequence(seqs[i].getName(),seqs[i].getSequence().replace('-', '.'));\r
 262 \r
 263           StringBuffer sb = new StringBuffer(s[i].getSequence());\r
 264           for (int ii = 0; ii < sb.length(); ii++)\r
 265           {\r
 266             if (sb.charAt(ii) == '.')\r
 267             {\r
 268               sb.replace(ii, ii + 1, "~");\r
 269             }\r
 270             else\r
 271               break;\r
 272           }\r
 273 \r
 274           for (int ii = sb.length() - 1; ii > 0; ii--)\r
 275           {\r
 276             if (sb.charAt(ii) == '.')\r
 277             {\r
 278               sb.replace(ii, ii + 1, "~");\r
 279             }\r
 280             else\r
 281               break;\r
 282           }\r
 283 \r
 284             s[i].setSequence(sb.toString());\r
 285 \r
 286             if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 287             {\r
 288                 max = s[i].getSequence().length();\r
 289             }\r
 290 \r
 291             i++;\r
 292         }\r
 293 \r
 294         Format maxLenpad = new Format("%" + (new String("" + max)).length() +\r
 295                 "d");\r
 296         Format maxChkpad = new Format("%" + (new String("1" + max)).length() +\r
 297                 "d");\r
 298         i = 0;\r
 299 \r
 300         int bigChecksum = 0;\r
 301         int [] checksums = new int[s.length];\r
 302         while ( i < s.length )\r
 303         {\r
 304           checksums[i] = checkSum(s[i].getSequence());\r
 305           bigChecksum += checksums[i];\r
 306           i++;\r
 307         }\r
 308 \r
 309         long maxNB = 0;\r
 310         out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length() + "   Type: " +\r
 311             (is_NA ? "N" : "P") + "    Check:  " + (bigChecksum%10000) + "   ..\n\n\n");\r
 312 \r
 313         String[] nameBlock = new String[s.length];\r
 314         String[] idBlock = new String[s.length];\r
 315 \r
 316         i=0;\r
 317         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 318         {\r
 319 \r
 320             nameBlock[i] = new String("  Name: " + s[i].getName()\r
 321                                       + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd()\r
 322                                       +" ");\r
 323 \r
 324             idBlock[i] = new String("Len: " +\r
 325                     maxLenpad.form(s[i].getSequence().length()) + "  Check: " +\r
 326                     maxChkpad.form(checksums[i]) + "  Weight: 1.00\n");\r
 327 \r
 328             if (s[i].getName().length() > maxid)\r
 329             {\r
 330                 maxid = s[i].getName().length();\r
 331             }\r
 332 \r
 333             if (nameBlock[i].length() > maxNB)\r
 334             {\r
 335                 maxNB = nameBlock[i].length();\r
 336             }\r
 337 \r
 338             i++;\r
 339         }\r
 340 \r
 341         if (maxid < 10)\r
 342         {\r
 343             maxid = 10;\r
 344         }\r
 345 \r
 346         if (maxNB < 15)\r
 347         {\r
 348             maxNB = 15;\r
 349         }\r
 350 \r
 351         Format nbFormat = new Format("%-" + maxNB + "s");\r
 352 \r
 353         for (i = 0; (i < s.length) && (s[i] != null); i++)\r
 354         {\r
 355             out.append(nbFormat.form(nameBlock[i]) + idBlock[i]);\r
 356         }\r
 357 \r
 358         maxid++;\r
 359         out.append("\n\n//\n\n");\r
 360 \r
 361         int len = 50;\r
 362 \r
 363         int nochunks = (max / len) + 1;\r
 364 \r
 365         if ((max % len) == 0)\r
 366         {\r
 367             nochunks--;\r
 368         }\r
 369 \r
 370         for (i = 0; i < nochunks; i++)\r
 371         {\r
 372             int j = 0;\r
 373 \r
 374             while ((j < s.length) && (s[j] != null))\r
 375             {\r
 376                 String name = s[j].getName();\r
 377               //  out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(name)+ " ");\r
 378 \r
 379                 out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(name\r
 380                    + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 381 \r
 382 \r
 383                 for (int k = 0; k < 5; k++)\r
 384                 {\r
 385                     int start = (i * 50) + (k * 10);\r
 386                     int end = start + 10;\r
 387 \r
 388                     if ((end < s[j].getSequence().length()) &&\r
 389                             (start < s[j].getSequence().length()))\r
 390                     {\r
 391                         out.append(s[j].getSequence().substring(start, end));\r
 392 \r
 393                         if (k < 4)\r
 394                         {\r
 395                              out.append(" ");\r
 396                         }\r
 397                         else\r
 398                         {\r
 399                             out.append("\n");\r
 400                         }\r
 401                     }\r
 402                     else\r
 403                     {\r
 404                         if (start < s[j].getSequence().length())\r
 405                         {\r
 406                             out.append(s[j].getSequence().substring(start));\r
 407                             out.append("\n");\r
 408                         }\r
 409                         else\r
 410                         {\r
 411                             if (k == 0)\r
 412                             {\r
 413                                 out.append("\n");\r
 414                             }\r
 415                         }\r
 416                     }\r
 417                 }\r
 418 \r
 419                 j++;\r
 420             }\r
 421 \r
 422             out.append("\n");\r
 423         }\r
 424 \r
 425         return out.toString();\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * DOCUMENT ME!\r
 430      *\r
 431      * @return DOCUMENT ME!\r
 432      */\r
 433     public String print()\r
 434     {\r
 435         return print(getSeqsAsArray());\r
 436     }\r
 437 }\r