src/jalview/io/MatrixFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.IOException;\r
  22 \r
  23 /**\r
  24  * IO for asymmetric matrix with arbitrary dimension\r
  25  * with labels, as displayed by PCA viewer.\r
  26  * Form is: tab separated entity defs\r
  27  * header line\r
  28  * TITLE\ttitle\r
  29  * DESC\tdesc\r
  30  * PROPERTY\t<id or empty for whole matrix>\tname\ttype\tvalue\r
  31  * ROW\tRow i label (ID)/tPrinciple text/tprinciple description/t...\r
  32  * COLUMN\t(similar, optional)..\r
  33  * ..\r
  34  * <float>\t<float>...(column-wise data for row i)\r
  35  */\r
  36  \r
  37 public class MatrixFile extends FileParse\r
  38 { \r
  39   \r
  40 }\r