src/jalview/io/NewickFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 // NewickFile.java\r
  21 // Tree I/O\r
  22 // http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html\r
  23 package jalview.io;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import java.io.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class NewickFile extends FileParse\r
  37 {\r
  38     SequenceNode root;\r
  39     private boolean HasBootstrap = false;\r
  40     private boolean HasDistances = false;\r
  41     private boolean RootHasDistance = false;\r
  42 \r
  43     // File IO Flags\r
  44     boolean ReplaceUnderscores = false;\r
  45     boolean printRootInfo = false;\r
  46     private com.stevesoft.pat.Regex[] NodeSafeName = new com.stevesoft.pat.Regex[]\r
  47         {\r
  48             new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("m/[\\[,:'()]/"), // test for requiring quotes\r
  49             new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("s/'/''/"), // escaping quote characters\r
  50             new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("s/\\/w/_/") // unqoted whitespace transformation\r
  51         };\r
  52     char QuoteChar = '\'';\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new NewickFile object.\r
  56      *\r
  57      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  58      *\r
  59      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  60      */\r
  61     public NewickFile(String inStr) throws IOException\r
  62     {\r
  63         super(inStr, "Paste");\r
  64     }\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * Creates a new NewickFile object.\r
  68      *\r
  69      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  70      * @param type DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  73      */\r
  74     public NewickFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  75     {\r
  76         super(inFile, type);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Creates a new NewickFile object.\r
  81      *\r
  82      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  83      */\r
  84     public NewickFile(SequenceNode newtree)\r
  85     {\r
  86         root = newtree;\r
  87     }\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Creates a new NewickFile object.\r
  91      *\r
  92      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  93      * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap)\r
  96     {\r
  97         HasBootstrap = bootstrap;\r
  98         root = newtree;\r
  99     }\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * Creates a new NewickFile object.\r
 103      *\r
 104      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
 105      * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
 106      * @param distances DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap, boolean distances)\r
 109     {\r
 110         root = newtree;\r
 111         HasBootstrap = bootstrap;\r
 112         HasDistances = distances;\r
 113     }\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * Creates a new NewickFile object.\r
 117      *\r
 118      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
 119      * @param bootstrap DOCUMENT ME!\r
 120      * @param distances DOCUMENT ME!\r
 121      * @param rootdistance DOCUMENT ME!\r
 122      */\r
 123     public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap,\r
 124         boolean distances, boolean rootdistance)\r
 125     {\r
 126         root = newtree;\r
 127         HasBootstrap = bootstrap;\r
 128         HasDistances = distances;\r
 129         RootHasDistance = rootdistance;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     /**\r
 133      * DOCUMENT ME!\r
 134      *\r
 135      * @param Error DOCUMENT ME!\r
 136      * @param Er DOCUMENT ME!\r
 137      * @param r DOCUMENT ME!\r
 138      * @param p DOCUMENT ME!\r
 139      * @param s DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @return DOCUMENT ME!\r
 142      */\r
 143     private String ErrorStringrange(String Error, String Er, int r, int p,\r
 144         String s)\r
 145     {\r
 146         return ((Error == null) ? "" : Error) + Er + " at position " + p +\r
 147         " ( " +\r
 148         s.substring(((p - r) < 0) ? 0 : (p - r),\r
 149             ((p + r) > s.length()) ? s.length() : (p + r)) + " )\n";\r
 150     }\r
 151 \r
 152     // @tree annotations\r
 153     // These are set automatically by the reader\r
 154     public boolean HasBootstrap()\r
 155     {\r
 156         return HasBootstrap;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * DOCUMENT ME!\r
 161      *\r
 162      * @return DOCUMENT ME!\r
 163      */\r
 164     public boolean HasDistances()\r
 165     {\r
 166         return HasDistances;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     public boolean HasRootDistance()\r
 170     {\r
 171         return RootHasDistance;\r
 172     }\r
 173     /**\r
 174      * DOCUMENT ME!\r
 175      *\r
 176      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
 177      */\r
 178     public void parse() throws IOException\r
 179     {\r
 180         String nf;\r
 181 \r
 182         { // fill nf with complete tree file\r
 183 \r
 184             StringBuffer file = new StringBuffer();\r
 185 \r
 186             while ((nf = nextLine()) != null)\r
 187             {\r
 188                 file.append(nf);\r
 189             }\r
 190 \r
 191             nf = file.toString();\r
 192         }\r
 193 \r
 194         root = new SequenceNode();\r
 195 \r
 196         SequenceNode realroot = null;\r
 197         SequenceNode c = root;\r
 198 \r
 199         int d = -1;\r
 200         int cp = 0;\r
 201         //int flen = nf.length();\r
 202 \r
 203         String Error = null;\r
 204         String nodename = null;\r
 205 \r
 206         float DefDistance = (float) 0.001; // @param Default distance for a node - very very small\r
 207         int DefBootstrap = 0; // @param Default bootstrap for a node\r
 208 \r
 209         float distance = DefDistance;\r
 210         int bootstrap = DefBootstrap;\r
 211 \r
 212         boolean ascending = false; // flag indicating that we are leaving the current node\r
 213 \r
 214         com.stevesoft.pat.Regex majorsyms = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 215                 "[(\\['),;]");\r
 216 \r
 217         while (majorsyms.searchFrom(nf, cp) && (Error == null))\r
 218         {\r
 219             int fcp = majorsyms.matchedFrom();\r
 220 \r
 221             switch (nf.charAt(fcp))\r
 222             {\r
 223             case '[': // Comment or structured/extended NH format info\r
 224 \r
 225                 com.stevesoft.pat.Regex comment = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 226                         "]");\r
 227 \r
 228                 if (comment.searchFrom(nf, fcp))\r
 229                 {\r
 230                     // Skip the comment field\r
 231                     cp = 1 + comment.matchedFrom();\r
 232                 }\r
 233                 else\r
 234                 {\r
 235                     Error = ErrorStringrange(Error, "Unterminated comment", 3,\r
 236                             fcp, nf);\r
 237                 }\r
 238 \r
 239                 ;\r
 240 \r
 241                 break;\r
 242 \r
 243             case '(':\r
 244 \r
 245                 // ascending should not be set\r
 246                 // New Internal node\r
 247                 if (ascending)\r
 248                 {\r
 249                     Error = ErrorStringrange(Error, "Unexpected '('", 7, fcp, nf);\r
 250 \r
 251                     continue;\r
 252                 }\r
 253 \r
 254                 ;\r
 255                 d++;\r
 256 \r
 257                 if (c.right() == null)\r
 258                 {\r
 259                     c.setRight(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,\r
 260                             DefBootstrap, false));\r
 261                     c = (SequenceNode) c.right();\r
 262                 }\r
 263                 else\r
 264                 {\r
 265                     if (c.left() != null)\r
 266                     {\r
 267                         // Dummy node for polytomy - keeps c.left free for new node\r
 268                         SequenceNode tmpn = new SequenceNode(null, c, null, 0,\r
 269                                 0, true);\r
 270                         tmpn.SetChildren(c.left(), c.right());\r
 271                         c.setRight(tmpn);\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     c.setLeft(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,\r
 275                             DefBootstrap, false));\r
 276                     c = (SequenceNode) c.left();\r
 277                 }\r
 278 \r
 279                 if (realroot == null)\r
 280                 {\r
 281                     realroot = c;\r
 282                 }\r
 283 \r
 284                 nodename = null;\r
 285                 distance = DefDistance;\r
 286                 bootstrap = DefBootstrap;\r
 287                 cp = fcp + 1;\r
 288 \r
 289                 break;\r
 290 \r
 291             // Deal with quoted fields\r
 292             case '\'':\r
 293 \r
 294                 com.stevesoft.pat.Regex qnodename = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 295                         "([^']|'')+'");\r
 296 \r
 297                 if (qnodename.searchFrom(nf, fcp))\r
 298                 {\r
 299                     int nl = qnodename.stringMatched().length();\r
 300                     nodename = new String(qnodename.stringMatched().substring(0,\r
 301                                 nl - 1));\r
 302                     cp = fcp + nl + 1;\r
 303                 }\r
 304                 else\r
 305                 {\r
 306                     Error = ErrorStringrange(Error,\r
 307                             "Unterminated quotes for nodename", 7, fcp, nf);\r
 308                 }\r
 309 \r
 310                 break;\r
 311 \r
 312             case ';':\r
 313 \r
 314                 if (d != -1)\r
 315                 {\r
 316                     Error = ErrorStringrange(Error,\r
 317                             "Wayward semicolon (depth=" + d + ")", 7, fcp, nf);\r
 318                 }\r
 319 \r
 320             // cp advanced at the end of default\r
 321             default:\r
 322 \r
 323                 // Parse simpler field strings\r
 324                 String fstring = nf.substring(cp, fcp);\r
 325                 com.stevesoft.pat.Regex uqnodename = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 326                         "\\b([^' :;\\](),]+)");\r
 327                 com.stevesoft.pat.Regex nbootstrap = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 328                         "\\S+([0-9+]+)\\S*:");\r
 329                 com.stevesoft.pat.Regex ndist = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
 330                         ":([-0-9Ee.+]+)");\r
 331 \r
 332                 if (uqnodename.search(fstring) &&\r
 333                         ((uqnodename.matchedFrom(1) == 0) ||\r
 334                         (fstring.charAt(uqnodename.matchedFrom(1) - 1) != ':'))) // JBPNote HACK!\r
 335                 {\r
 336                     if (nodename == null)\r
 337                     {\r
 338                         if (ReplaceUnderscores)\r
 339                         {\r
 340                             nodename = uqnodename.stringMatched(1).replace('_',\r
 341                                     ' ');\r
 342                         }\r
 343                         else\r
 344                         {\r
 345                             nodename = uqnodename.stringMatched(1);\r
 346                         }\r
 347                     }\r
 348                     else\r
 349                     {\r
 350                         Error = ErrorStringrange(Error,\r
 351                                 "File has broken algorithm - overwritten nodename",\r
 352                                 10, fcp, nf);\r
 353                     }\r
 354                 }\r
 355 \r
 356                 if (nbootstrap.search(fstring) &&\r
 357                         (nbootstrap.matchedFrom(1) > (uqnodename.matchedFrom(1) +\r
 358                         uqnodename.stringMatched().length())))\r
 359                 {\r
 360                     try\r
 361                     {\r
 362                         bootstrap = (new Integer(nbootstrap.stringMatched(1))).intValue();\r
 363                         HasBootstrap = true;\r
 364                     }\r
 365                     catch (Exception e)\r
 366                     {\r
 367                         Error = ErrorStringrange(Error,\r
 368                                 "Can't parse bootstrap value", 4,\r
 369                                 cp + nbootstrap.matchedFrom(), nf);\r
 370                     }\r
 371                 }\r
 372 \r
 373                 boolean nodehasdistance = false;\r
 374 \r
 375                 if (ndist.search(fstring))\r
 376                 {\r
 377                     try\r
 378                     {\r
 379                         distance = (new Float(ndist.stringMatched(1))).floatValue();\r
 380                         HasDistances = true;\r
 381                         nodehasdistance = true;\r
 382                     }\r
 383                     catch (Exception e)\r
 384                     {\r
 385                         Error = ErrorStringrange(Error,\r
 386                                 "Can't parse node distance value", 7,\r
 387                                 cp + ndist.matchedFrom(), nf);\r
 388                     }\r
 389                 }\r
 390 \r
 391                 if (ascending)\r
 392                 {\r
 393                     // Write node info here\r
 394                     c.setName(nodename);\r
 395                     // Trees without distances still need a render distance\r
 396                     c.dist = (HasDistances) ? distance : DefDistance;\r
 397                     // be consistent for internal bootstrap defaults too\r
 398                     c.setBootstrap((HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap);\r
 399                     if (c == realroot)\r
 400                     {\r
 401                         RootHasDistance = nodehasdistance; // JBPNote This is really UGLY!!! Ensure root node gets its given distance\r
 402                     }\r
 403                 }\r
 404                 else\r
 405                 {\r
 406                     // Find a place to put the leaf\r
 407                     SequenceNode newnode = new SequenceNode(null, c, nodename,\r
 408                             (HasDistances) ? distance : DefDistance,\r
 409                             (HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap, false);\r
 410 \r
 411                     if (c.right() == null)\r
 412                     {\r
 413                         c.setRight(newnode);\r
 414                     }\r
 415                     else\r
 416                     {\r
 417                         if (c.left() == null)\r
 418                         {\r
 419                             c.setLeft(newnode);\r
 420                         }\r
 421                         else\r
 422                         {\r
 423                             // Insert a dummy node for polytomy\r
 424                             // dummy nodes have distances\r
 425                             SequenceNode newdummy = new SequenceNode(null, c,\r
 426                                     null, (HasDistances ? 0 : DefDistance), 0, true);\r
 427                             newdummy.SetChildren(c.left(), newnode);\r
 428                             c.setLeft(newdummy);\r
 429                         }\r
 430                     }\r
 431                 }\r
 432 \r
 433                 if (ascending)\r
 434                 {\r
 435                     // move back up the tree from preceding closure\r
 436                     c = c.AscendTree();\r
 437 \r
 438                     if ((d > -1) && (c == null))\r
 439                     {\r
 440                         Error = ErrorStringrange(Error,\r
 441                                 "File broke algorithm: Lost place in tree (is there an extra ')' ?)",\r
 442                                 7, fcp, nf);\r
 443                     }\r
 444                 }\r
 445 \r
 446                 if (nf.charAt(fcp) == ')')\r
 447                 {\r
 448                     d--;\r
 449                     ascending = true;\r
 450                 }\r
 451                 else\r
 452                 {\r
 453                     if (nf.charAt(fcp) == ',')\r
 454                     {\r
 455                         if (ascending)\r
 456                         {\r
 457                             ascending = false;\r
 458                         }\r
 459                         else\r
 460                         {\r
 461                             // Just advance focus, if we need to\r
 462                             if ((c.left() != null) && (!c.left().isLeaf()))\r
 463                             {\r
 464                                 c = (SequenceNode) c.left();\r
 465                             }\r
 466                         }\r
 467                     }\r
 468 \r
 469                     // else : We do nothing if ';' is encountered.\r
 470                 }\r
 471 \r
 472                 // Reset new node properties to obvious fakes\r
 473                 nodename = null;\r
 474                 distance = DefDistance;\r
 475                 bootstrap = DefBootstrap;\r
 476 \r
 477                 cp = fcp + 1;\r
 478             }\r
 479         }\r
 480 \r
 481         if (Error != null)\r
 482         {\r
 483             throw (new IOException("NewickFile: " + Error + "\n"));\r
 484         }\r
 485 \r
 486         root = (SequenceNode) root.right().detach(); // remove the imaginary root.\r
 487 \r
 488         if (!RootHasDistance)\r
 489         {\r
 490             root.dist = (HasDistances) ? 0 : DefDistance;\r
 491         }\r
 492     }\r
 493 \r
 494     /**\r
 495      * DOCUMENT ME!\r
 496      *\r
 497      * @return DOCUMENT ME!\r
 498      */\r
 499     public SequenceNode getTree()\r
 500     {\r
 501         return root;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * Generate a newick format tree according to internal flags\r
 506      * for bootstraps, distances and root distances.\r
 507      *\r
 508      * @return new hampshire tree in a single line\r
 509      */\r
 510     public String print()\r
 511     {\r
 512         synchronized (this)\r
 513         {\r
 514             StringBuffer tf = new StringBuffer();\r
 515             print(tf, root);\r
 516 \r
 517             return (tf.append(";").toString());\r
 518         }\r
 519     }\r
 520 \r
 521     /**\r
 522      *\r
 523      *\r
 524      * Generate a newick format tree according to internal flags\r
 525      * for distances and root distances and user specificied writing of\r
 526      * bootstraps.\r
 527      * @param withbootstraps controls if bootstrap values are explicitly written.\r
 528      *\r
 529      * @return new hampshire tree in a single line\r
 530      */\r
 531     public String print(boolean withbootstraps)\r
 532     {\r
 533         synchronized (this)\r
 534         {\r
 535             boolean boots = this.HasBootstrap;\r
 536             this.HasBootstrap = withbootstraps;\r
 537 \r
 538             String rv = print();\r
 539             this.HasBootstrap = boots;\r
 540 \r
 541             return rv;\r
 542         }\r
 543     }\r
 544 \r
 545     /**\r
 546      *\r
 547      * Generate newick format tree according to internal flags\r
 548      * for writing root node distances.\r
 549      *\r
 550      * @param withbootstraps explicitly write bootstrap values\r
 551      * @param withdists explicitly write distances\r
 552      *\r
 553      * @return new hampshire tree in a single line\r
 554      */\r
 555     public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists)\r
 556     {\r
 557         synchronized (this)\r
 558         {\r
 559             boolean dists = this.HasDistances;\r
 560             this.HasDistances = withdists;\r
 561 \r
 562             String rv = print(withbootstraps);\r
 563             this.HasDistances = dists;\r
 564 \r
 565             return rv;\r
 566         }\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      * Generate newick format tree according to user specified flags\r
 571      *\r
 572      * @param withbootstraps explicitly write bootstrap values\r
 573      * @param withdists explicitly write distances\r
 574      * @param printRootInfo explicitly write root distance\r
 575      *\r
 576      * @return new hampshire tree in a single line\r
 577      */\r
 578     public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists,\r
 579         boolean printRootInfo)\r
 580     {\r
 581         synchronized (this)\r
 582         {\r
 583             boolean rootinfo = printRootInfo;\r
 584             this.printRootInfo = printRootInfo;\r
 585 \r
 586             String rv = print(withbootstraps, withdists);\r
 587             this.printRootInfo = rootinfo;\r
 588 \r
 589             return rv;\r
 590         }\r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @return DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     char getQuoteChar()\r
 599     {\r
 600         return QuoteChar;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * DOCUMENT ME!\r
 605      *\r
 606      * @param c DOCUMENT ME!\r
 607      *\r
 608      * @return DOCUMENT ME!\r
 609      */\r
 610     char setQuoteChar(char c)\r
 611     {\r
 612         char old = QuoteChar;\r
 613         QuoteChar = c;\r
 614 \r
 615         return old;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      * DOCUMENT ME!\r
 620      *\r
 621      * @param name DOCUMENT ME!\r
 622      *\r
 623      * @return DOCUMENT ME!\r
 624      */\r
 625     private String nodeName(String name)\r
 626     {\r
 627         if (NodeSafeName[0].search(name))\r
 628         {\r
 629             return QuoteChar + NodeSafeName[1].replaceAll(name) + QuoteChar;\r
 630         }\r
 631         else\r
 632         {\r
 633             return NodeSafeName[2].replaceAll(name);\r
 634         }\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * DOCUMENT ME!\r
 639      *\r
 640      * @param c DOCUMENT ME!\r
 641      *\r
 642      * @return DOCUMENT ME!\r
 643      */\r
 644     private String printNodeField(SequenceNode c)\r
 645     {\r
 646         return ((c.getName() == null) ? "" : nodeName(c.getName())) +\r
 647         ((HasBootstrap)\r
 648         ? ((c.getBootstrap() > -1) ? (" " + c.getBootstrap()) : "") : "") +\r
 649         ((HasDistances) ? (":" + c.dist) : "");\r
 650     }\r
 651 \r
 652     /**\r
 653      * DOCUMENT ME!\r
 654      *\r
 655      * @param root DOCUMENT ME!\r
 656      *\r
 657      * @return DOCUMENT ME!\r
 658      */\r
 659     private String printRootField(SequenceNode root)\r
 660     {\r
 661         return (printRootInfo)\r
 662         ? (((root.getName() == null) ? "" : nodeName(root.getName())) +\r
 663         ((HasBootstrap)\r
 664         ? ((root.getBootstrap() > -1) ? (" " + root.getBootstrap()) : "") : "") +\r
 665         ((RootHasDistance) ? (":" + root.dist) : "")) : "";\r
 666     }\r
 667 \r
 668     // Non recursive call deals with root node properties\r
 669     public void print(StringBuffer tf, SequenceNode root)\r
 670     {\r
 671         if (root != null)\r
 672         {\r
 673             if (root.isLeaf() && printRootInfo)\r
 674             {\r
 675                 tf.append(printRootField(root));\r
 676             }\r
 677             else\r
 678             {\r
 679                 if (root.isDummy())\r
 680                 {\r
 681                     _print(tf, (SequenceNode) root.right());\r
 682                     _print(tf, (SequenceNode) root.left());\r
 683                 }\r
 684                 else\r
 685                 {\r
 686                     tf.append("(");\r
 687                     _print(tf, (SequenceNode) root.right());\r
 688 \r
 689                     if (root.left() != null)\r
 690                     {\r
 691                         tf.append(",");\r
 692                     }\r
 693 \r
 694                     _print(tf, (SequenceNode) root.left());\r
 695                     tf.append(")" + printRootField(root));\r
 696                 }\r
 697             }\r
 698         }\r
 699     }\r
 700 \r
 701     // Recursive call for non-root nodes\r
 702     public void _print(StringBuffer tf, SequenceNode c)\r
 703     {\r
 704         if (c != null)\r
 705         {\r
 706             if (c.isLeaf())\r
 707             {\r
 708                 tf.append(printNodeField(c));\r
 709             }\r
 710             else\r
 711             {\r
 712                 if (c.isDummy())\r
 713                 {\r
 714                     _print(tf, (SequenceNode) c.left());\r
 715                     if (c.left() != null)\r
 716                     {\r
 717                       tf.append(",");\r
 718                     }\r
 719                     _print(tf, (SequenceNode) c.right());\r
 720                 }\r
 721                 else\r
 722                 {\r
 723                     tf.append("(");\r
 724                     _print(tf, (SequenceNode) c.right());\r
 725 \r
 726                     if (c.left() != null)\r
 727                     {\r
 728                         tf.append(",");\r
 729                     }\r
 730 \r
 731                     _print(tf, (SequenceNode) c.left());\r
 732                     tf.append(")" + printNodeField(c));\r
 733                 }\r
 734             }\r
 735         }\r
 736     }\r
 737 \r
 738     // Test\r
 739     public static void main(String[] args)\r
 740     {\r
 741         try\r
 742         {\r
 743             if (args==null || args.length!=1) {\r
 744               System.err.println("Takes one argument - file name of a newick tree file.");\r
 745               System.exit(0);\r
 746             }\r
 747 \r
 748             File fn = new File(args[0]);\r
 749 \r
 750             StringBuffer newickfile = new StringBuffer();\r
 751             BufferedReader treefile = new BufferedReader(new FileReader(fn));\r
 752             String l;\r
 753 \r
 754             while ((l = treefile.readLine()) != null)\r
 755             {\r
 756                 newickfile.append(l);\r
 757             }\r
 758 \r
 759             treefile.close();\r
 760             System.out.println("Read file :\n");\r
 761 \r
 762             NewickFile trf = new NewickFile(args[0], "File");\r
 763             trf.parse();\r
 764             System.out.println("Original file :\n");\r
 765 \r
 766             com.stevesoft.pat.Regex nonl = new com.stevesoft.pat.Regex("\n+", "");\r
 767             System.out.println(nonl.replaceAll(newickfile.toString()) + "\n");\r
 768 \r
 769             System.out.println("Parsed file.\n");\r
 770             System.out.println("Default output type for original input.\n");\r
 771             System.out.println(trf.print());\r
 772             System.out.println("Without bootstraps.\n");\r
 773             System.out.println(trf.print(false));\r
 774             System.out.println("Without distances.\n");\r
 775             System.out.println(trf.print(true, false));\r
 776             System.out.println("Without bootstraps but with distanecs.\n");\r
 777             System.out.println(trf.print(false, true));\r
 778             System.out.println("Without bootstraps or distanecs.\n");\r
 779             System.out.println(trf.print(false, false));\r
 780             System.out.println("With bootstraps and with distances.\n");\r
 781             System.out.println(trf.print(true, true));\r
 782         }\r
 783         catch (java.io.IOException e)\r
 784         {\r
 785             System.err.println("Exception\n" + e);\r
 786             e.printStackTrace();\r
 787         }\r
 788     }\r
 789 }\r