src/jalview/io/NewickFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // NewickFile.java
  22 // Tree I/O
  23 // http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html
  24 // TODO: Implement Basic NHX tag parsing and preservation
  25 // TODO: http://evolution.genetics.wustl.edu/eddy/forester/NHX.html
  26 // TODO: Extended SequenceNodeI to hold parsed NHX strings
  27 package jalview.io;
  28
  29 import java.io.*;
  30 import java.util.StringTokenizer;
  31
  32 import jalview.datamodel.*;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 /**
  36  * Parse a new hanpshire style tree Caveats: NHX files are NOT supported and the
  37  * tree distances and topology are unreliable when they are parsed. TODO: on
  38  * this: NHX codes are appended in comments beginning with &&NHX. The codes are
  39  * given below (from http://www.phylosoft.org/forester/NHX.html): Element Type
  40  * Description Corresponding phyloXML element (parent element in parentheses) no
  41  * tag string name of this node/clade (MUST BE FIRST, IF ASSIGNED)
  42  * <name>(<clade>) : decimal branch length to parent node (MUST BE SECOND, IF
  43  * ASSIGNED) <branch_length>(<clade>) :GN= string gene name <name>(<sequence>)
  44  * :AC= string sequence accession <accession>(<sequence>) :ND= string node
  45  * identifier - if this is being used, it has to be unique within each phylogeny
  46  * <node_id>(<clade>) :B= decimal confidence value for parent branch
  47  * <confidence>(<clade>) :D= 'T', 'F', or '?' 'T' if this node represents a
  48  * duplication event - 'F' if this node represents a speciation event, '?' if
  49  * this node represents an unknown event (D= tag should be replaced by Ev= tag)
  50  * n/a :Ev=duplications>speciations>gene losses>event type>duplication type int
  51  * int int string string event (replaces the =D tag), number of duplication,
  52  * speciation, and gene loss events, type of event (transfer, fusion, root,
  53  * unknown, other, speciation_duplication_loss, unassigned) <events>(<clade>)
  54  * :E= string EC number at this node <annotation>(<sequence>) :Fu= string
  55  * function at this node <annotation>(<sequence>)
  56  * :DS=protein-length>from>to>support>name>from>... int int int double string
  57  * int ... domain structure at this node <domain_architecture>(<sequence>) :S=
  58  * string species name of the species/phylum at this node <taxonomy>(<clade>)
  59  * :T= integer taxonomy ID of the species/phylum at this node <id>(<taxonomy>)
  60  * :W= integer width of parent branch <width>(<clade>) :C=rrr.ggg.bbb
  61  * integer.integer.integer color of parent branch <color>(<clade>) :Co= 'Y' or
  62  * 'N' collapse this node when drawing the tree (default is not to collapse) n/a
  63  * :XB= string custom data associated with a branch <property>(<clade>) :XN=
  64  * string custom data associated with a node <property>(<clade>) :O= integer
  65  * orthologous to this external node n/a :SN= integer subtree neighbors n/a :SO=
  66  * integer super orthologous (no duplications on paths) to this external node
  67  * n/a
  68  *
  69  * @author Jim Procter
  70  * @version $Revision$
  71  */
  72 public class NewickFile extends FileParse
  73 {
  74   SequenceNode root;
  75
  76   private boolean HasBootstrap = false;
  77
  78   private boolean HasDistances = false;
  79
  80   private boolean RootHasDistance = false;
  81
  82   // File IO Flags
  83   boolean ReplaceUnderscores = false;
  84
  85   boolean printRootInfo = true;
  86
  87   private com.stevesoft.pat.Regex[] NodeSafeName = new com.stevesoft.pat.Regex[]
  88   { new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("m/[\\[,:'()]/"), // test for
  89       // requiring
  90       // quotes
  91       new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("s/'/''/"), // escaping quote
  92       // characters
  93       new com.stevesoft.pat.Regex().perlCode("s/\\/w/_/") // unqoted whitespace
  94   // transformation
  95   };
  96
  97   char QuoteChar = '\'';
  98
  99   /**
 100    * Creates a new NewickFile object.
 101    *
 102    * @param inStr
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @throws IOException
 106    *           DOCUMENT ME!
 107    */
 108   public NewickFile(String inStr) throws IOException
 109   {
 110     super(inStr, "Paste");
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Creates a new NewickFile object.
 115    *
 116    * @param inFile
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    * @param type
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    *
 121    * @throws IOException
 122    *           DOCUMENT ME!
 123    */
 124   public NewickFile(String inFile, String type) throws IOException
 125   {
 126     super(inFile, type);
 127   }
 128
 129   public NewickFile(FileParse source) throws IOException
 130   {
 131     super(source);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * Creates a new NewickFile object.
 136    *
 137    * @param newtree
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    */
 140   public NewickFile(SequenceNode newtree)
 141   {
 142     root = newtree;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Creates a new NewickFile object.
 147    *
 148    * @param newtree
 149    *          DOCUMENT ME!
 150    * @param bootstrap
 151    *          DOCUMENT ME!
 152    */
 153   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap)
 154   {
 155     HasBootstrap = bootstrap;
 156     root = newtree;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Creates a new NewickFile object.
 161    *
 162    * @param newtree
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param bootstrap
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param distances
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    */
 169   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap,
 170           boolean distances)
 171   {
 172     root = newtree;
 173     HasBootstrap = bootstrap;
 174     HasDistances = distances;
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Creates a new NewickFile object.
 179    *
 180    * @param newtree
 181    *          DOCUMENT ME!
 182    * @param bootstrap
 183    *          DOCUMENT ME!
 184    * @param distances
 185    *          DOCUMENT ME!
 186    * @param rootdistance
 187    *          DOCUMENT ME!
 188    */
 189   public NewickFile(SequenceNode newtree, boolean bootstrap,
 190           boolean distances, boolean rootdistance)
 191   {
 192     root = newtree;
 193     HasBootstrap = bootstrap;
 194     HasDistances = distances;
 195     RootHasDistance = rootdistance;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * DOCUMENT ME!
 200    *
 201    * @param Error
 202    *          DOCUMENT ME!
 203    * @param Er
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    * @param r
 206    *          DOCUMENT ME!
 207    * @param p
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    * @param s
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    *
 212    * @return DOCUMENT ME!
 213    */
 214   private String ErrorStringrange(String Error, String Er, int r, int p,
 215           String s)
 216   {
 217     return ((Error == null) ? "" : Error)
 218             + Er
 219             + " at position "
 220             + p
 221             + " ( "
 222             + s.substring(((p - r) < 0) ? 0 : (p - r),
 223                     ((p + r) > s.length()) ? s.length() : (p + r)) + " )\n";
 224   }
 225
 226   // @tree annotations
 227   // These are set automatically by the reader
 228   public boolean HasBootstrap()
 229   {
 230     return HasBootstrap;
 231   }
 232
 233   /**
 234    * DOCUMENT ME!
 235    *
 236    * @return DOCUMENT ME!
 237    */
 238   public boolean HasDistances()
 239   {
 240     return HasDistances;
 241   }
 242
 243   public boolean HasRootDistance()
 244   {
 245     return RootHasDistance;
 246   }
 247
 248   /**
 249    * parse the filesource as a newick file (new hampshire and/or extended)
 250    *
 251    * @throws IOException
 252    *           with a line number and character position for badly formatted NH
 253    *           strings
 254    */
 255   public void parse() throws IOException
 256   {
 257     String nf;
 258
 259     { // fill nf with complete tree file
 260
 261       StringBuffer file = new StringBuffer();
 262
 263       while ((nf = nextLine()) != null)
 264       {
 265         file.append(nf);
 266       }
 267
 268       nf = file.toString();
 269     }
 270
 271     root = new SequenceNode();
 272
 273     SequenceNode realroot = null;
 274     SequenceNode c = root;
 275
 276     int d = -1;
 277     int cp = 0;
 278     // int flen = nf.length();
 279
 280     String Error = null;
 281     String nodename = null;
 282     String commentString2 = null; // comments after simple node props
 283
 284     float DefDistance = (float) 0.001; // @param Default distance for a node -
 285     // very very small
 286     int DefBootstrap = -1; // @param Default bootstrap for a node
 287
 288     float distance = DefDistance;
 289     int bootstrap = DefBootstrap;
 290
 291     boolean ascending = false; // flag indicating that we are leaving the
 292     // current node
 293
 294     com.stevesoft.pat.Regex majorsyms = new com.stevesoft.pat.Regex(
 295             "[(\\['),;]");
 296
 297     int nextcp = 0;
 298     int ncp = cp;
 299     boolean parsednodename = false;
 300     while (majorsyms.searchFrom(nf, cp) && (Error == null))
 301     {
 302       int fcp = majorsyms.matchedFrom();
 303       char schar;
 304       switch (schar = nf.charAt(fcp))
 305       {
 306       case '(':
 307
 308         // ascending should not be set
 309         // New Internal node
 310         if (ascending)
 311         {
 312           Error = ErrorStringrange(Error, "Unexpected '('", 7, fcp, nf);
 313
 314           continue;
 315         }
 316
 317         ;
 318         d++;
 319
 320         if (c.right() == null)
 321         {
 322           c.setRight(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,
 323                   DefBootstrap, false));
 324           c = (SequenceNode) c.right();
 325         }
 326         else
 327         {
 328           if (c.left() != null)
 329           {
 330             // Dummy node for polytomy - keeps c.left free for new node
 331             SequenceNode tmpn = new SequenceNode(null, c, null, 0, 0, true);
 332             tmpn.SetChildren(c.left(), c.right());
 333             c.setRight(tmpn);
 334           }
 335
 336           c.setLeft(new SequenceNode(null, c, null, DefDistance,
 337                   DefBootstrap, false));
 338           c = (SequenceNode) c.left();
 339         }
 340
 341         if (realroot == null)
 342         {
 343           realroot = c;
 344         }
 345
 346         nodename = null;
 347         distance = DefDistance;
 348         bootstrap = DefBootstrap;
 349         cp = fcp + 1;
 350
 351         break;
 352
 353       // Deal with quoted fields
 354       case '\'':
 355
 356         com.stevesoft.pat.Regex qnodename = new com.stevesoft.pat.Regex(
 357                 "'([^']|'')+'");
 358
 359         if (qnodename.searchFrom(nf, fcp))
 360         {
 361           int nl = qnodename.stringMatched().length();
 362           nodename = new String(qnodename.stringMatched().substring(1,
 363                   nl - 1));
 364           // unpack any escaped colons
 365           com.stevesoft.pat.Regex xpandquotes = com.stevesoft.pat.Regex
 366                   .perlCode("s/''/'/");
 367           String widernodename = xpandquotes.replaceAll(nodename);
 368           nodename = widernodename;
 369           // jump to after end of quoted nodename
 370           nextcp = fcp + nl + 1;
 371           parsednodename = true;
 372         }
 373         else
 374         {
 375           Error = ErrorStringrange(Error,
 376                   "Unterminated quotes for nodename", 7, fcp, nf);
 377         }
 378
 379         break;
 380
 381       default:
 382         if (schar == ';')
 383         {
 384           if (d != -1)
 385           {
 386             Error = ErrorStringrange(Error, "Wayward semicolon (depth=" + d
 387                     + ")", 7, fcp, nf);
 388           }
 389           // cp advanced at the end of default
 390         }
 391         if (schar == '[')
 392         {
 393           // node string contains Comment or structured/extended NH format info
 394           /*
 395            * if ((fcp-cp>1 && nf.substring(cp,fcp).trim().length()>1)) { // will
 396            * process in remains System.err.println("skipped text:
 397            * '"+nf.substring(cp,fcp)+"'"); }
 398            */
 399           // verify termination.
 400           com.stevesoft.pat.Regex comment = new com.stevesoft.pat.Regex("]");
 401           if (comment.searchFrom(nf, fcp))
 402           {
 403             // Skip the comment field
 404             nextcp = comment.matchedFrom() + 1;
 405             warningMessage = "Tree file contained comments which may confuse input algorithm.";
 406             break;
 407
 408             // cp advanced at the end of default to nextcp, ncp is unchanged so
 409             // any node info can be read.
 410           }
 411           else
 412           {
 413             Error = ErrorStringrange(Error, "Unterminated comment", 3, fcp,
 414                     nf);
 415           }
 416
 417           ;
 418         }
 419         // Parse simpler field strings
 420         String fstring = nf.substring(ncp, fcp);
 421         // remove any comments before we parse the node info
 422         // TODO: test newick file with quoted square brackets in node name (is
 423         // this allowed?)
 424         while (fstring.indexOf(']') > -1)
 425         {
 426           int cstart = fstring.indexOf('[');
 427           int cend = fstring.indexOf(']');
 428           commentString2 = fstring.substring(cstart + 1, cend);
 429           fstring = fstring.substring(0, cstart)
 430                   + fstring.substring(cend + 1);
 431
 432         }
 433         com.stevesoft.pat.Regex uqnodename = new com.stevesoft.pat.Regex(
 434                 "\\b([^' :;\\](),]+)");
 435         com.stevesoft.pat.Regex nbootstrap = new com.stevesoft.pat.Regex(
 436                 "\\s*([0-9+]+)\\s*:");
 437         com.stevesoft.pat.Regex ndist = new com.stevesoft.pat.Regex(
 438                 ":([-0-9Ee.+]+)");
 439
 440         if (!parsednodename
 441                 && uqnodename.search(fstring)
 442                 && ((uqnodename.matchedFrom(1) == 0) || (fstring
 443                         .charAt(uqnodename.matchedFrom(1) - 1) != ':'))) // JBPNote
 444         // HACK!
 445         {
 446           if (nodename == null)
 447           {
 448             if (ReplaceUnderscores)
 449             {
 450               nodename = uqnodename.stringMatched(1).replace('_', ' ');
 451             }
 452             else
 453             {
 454               nodename = uqnodename.stringMatched(1);
 455             }
 456           }
 457           else
 458           {
 459             Error = ErrorStringrange(Error,
 460                     "File has broken algorithm - overwritten nodename", 10,
 461                     fcp, nf);
 462           }
 463         }
 464         // get comment bootstraps
 465
 466         if (nbootstrap.search(fstring))
 467         {
 468           if (nbootstrap.stringMatched(1).equals(
 469                   uqnodename.stringMatched(1)))
 470           {
 471             nodename = null; // no nodename here.
 472           }
 473           if (nodename == null
 474                   || nodename.length() == 0
 475                   || nbootstrap.matchedFrom(1) > (uqnodename.matchedFrom(1) + uqnodename
 476                           .stringMatched().length()))
 477           {
 478             try
 479             {
 480               bootstrap = (new Integer(nbootstrap.stringMatched(1)))
 481                       .intValue();
 482               HasBootstrap = true;
 483             } catch (Exception e)
 484             {
 485               Error = ErrorStringrange(Error,
 486                       "Can't parse bootstrap value", 4,
 487                       ncp + nbootstrap.matchedFrom(), nf);
 488             }
 489           }
 490         }
 491
 492         boolean nodehasdistance = false;
 493
 494         if (ndist.search(fstring))
 495         {
 496           try
 497           {
 498             distance = (new Float(ndist.stringMatched(1))).floatValue();
 499             HasDistances = true;
 500             nodehasdistance = true;
 501           } catch (Exception e)
 502           {
 503             Error = ErrorStringrange(Error,
 504                     "Can't parse node distance value", 7,
 505                     ncp + ndist.matchedFrom(), nf);
 506           }
 507         }
 508
 509         if (ascending)
 510         {
 511           // Write node info here
 512           c.setName(nodename);
 513           // Trees without distances still need a render distance
 514           c.dist = (HasDistances) ? distance : DefDistance;
 515           // be consistent for internal bootstrap defaults too
 516           c.setBootstrap((HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap);
 517           if (c == realroot)
 518           {
 519             RootHasDistance = nodehasdistance; // JBPNote This is really
 520             // UGLY!!! Ensure root node gets
 521             // its given distance
 522           }
 523           parseNHXNodeProps(c, commentString2);
 524           commentString2 = null;
 525         }
 526         else
 527         {
 528           // Find a place to put the leaf
 529           SequenceNode newnode = new SequenceNode(null, c, nodename,
 530                   (HasDistances) ? distance : DefDistance,
 531                   (HasBootstrap) ? bootstrap : DefBootstrap, false);
 532           parseNHXNodeProps(c, commentString2);
 533           commentString2 = null;
 534
 535           if (c.right() == null)
 536           {
 537             c.setRight(newnode);
 538           }
 539           else
 540           {
 541             if (c.left() == null)
 542             {
 543               c.setLeft(newnode);
 544             }
 545             else
 546             {
 547               // Insert a dummy node for polytomy
 548               // dummy nodes have distances
 549               SequenceNode newdummy = new SequenceNode(null, c, null,
 550                       (HasDistances ? 0 : DefDistance), 0, true);
 551               newdummy.SetChildren(c.left(), newnode);
 552               c.setLeft(newdummy);
 553             }
 554           }
 555         }
 556
 557         if (ascending)
 558         {
 559           // move back up the tree from preceding closure
 560           c = c.AscendTree();
 561
 562           if ((d > -1) && (c == null))
 563           {
 564             Error = ErrorStringrange(
 565                     Error,
 566                     "File broke algorithm: Lost place in tree (is there an extra ')' ?)",
 567                     7, fcp, nf);
 568           }
 569         }
 570
 571         if (nf.charAt(fcp) == ')')
 572         {
 573           d--;
 574           ascending = true;
 575         }
 576         else
 577         {
 578           if (nf.charAt(fcp) == ',')
 579           {
 580             if (ascending)
 581             {
 582               ascending = false;
 583             }
 584             else
 585             {
 586               // Just advance focus, if we need to
 587               if ((c.left() != null) && (!c.left().isLeaf()))
 588               {
 589                 c = (SequenceNode) c.left();
 590               }
 591             }
 592           }
 593         }
 594
 595         // Reset new node properties to obvious fakes
 596         nodename = null;
 597         distance = DefDistance;
 598         bootstrap = DefBootstrap;
 599         commentString2 = null;
 600         parsednodename = false;
 601       }
 602       if (nextcp == 0)
 603       {
 604         ncp = cp = fcp + 1;
 605       }
 606       else
 607       {
 608         cp = nextcp;
 609         nextcp = 0;
 610       }
 611     }
 612
 613     if (Error != null)
 614     {
 615       throw (new IOException(MessageManager.formatMessage("exception.newfile", new String[]{Error.toString()})));
 616     }
 617     if (root == null)
 618     {
 619         throw (new IOException(MessageManager.formatMessage("exception.newfile", new String[]{MessageManager.getString("label.no_tree_read_in")})));
 620     }
 621     // THe next line is failing for topali trees - not sure why yet. if
 622     // (root.right()!=null && root.isDummy())
 623     root = (SequenceNode) root.right().detach(); // remove the imaginary root.
 624
 625     if (!RootHasDistance)
 626     {
 627       root.dist = (HasDistances) ? 0 : DefDistance;
 628     }
 629   }
 630
 631   /**
 632    * parse NHX codes in comment strings and update NewickFile state flags for
 633    * distances and bootstraps, and add any additional properties onto the node.
 634    *
 635    * @param c
 636    * @param commentString
 637    * @param commentString2
 638    */
 639   private void parseNHXNodeProps(SequenceNode c, String commentString)
 640   {
 641     // TODO: store raw comment on the sequenceNode so it can be recovered when
 642     // tree is output
 643     if (commentString != null && commentString.startsWith("&&NHX"))
 644     {
 645       StringTokenizer st = new StringTokenizer(commentString.substring(5),
 646               ":");
 647       while (st.hasMoreTokens())
 648       {
 649         String tok = st.nextToken();
 650         int colpos = tok.indexOf("=");
 651
 652         if (colpos > -1)
 653         {
 654           String code = tok.substring(0, colpos);
 655           String value = tok.substring(colpos + 1);
 656           try
 657           {
 658             // parse out code/value pairs
 659             if (code.toLowerCase().equals("b"))
 660             {
 661               int v = -1;
 662               Float iv = new Float(value);
 663               v = iv.intValue(); // jalview only does integer bootstraps
 664               // currently
 665               c.setBootstrap(v);
 666               HasBootstrap = true;
 667             }
 668             // more codes here.
 669           } catch (Exception e)
 670           {
 671             System.err.println("Couldn't parse code '" + code + "' = '"
 672                     + value + "'");
 673             e.printStackTrace(System.err);
 674           }
 675         }
 676       }
 677     }
 678
 679   }
 680
 681   /**
 682    * DOCUMENT ME!
 683    *
 684    * @return DOCUMENT ME!
 685    */
 686   public SequenceNode getTree()
 687   {
 688     return root;
 689   }
 690
 691   /**
 692    * Generate a newick format tree according to internal flags for bootstraps,
 693    * distances and root distances.
 694    *
 695    * @return new hampshire tree in a single line
 696    */
 697   public String print()
 698   {
 699     synchronized (this)
 700     {
 701       StringBuffer tf = new StringBuffer();
 702       print(tf, root);
 703
 704       return (tf.append(";").toString());
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    *
 710    *
 711    * Generate a newick format tree according to internal flags for distances and
 712    * root distances and user specificied writing of bootstraps.
 713    *
 714    * @param withbootstraps
 715    *          controls if bootstrap values are explicitly written.
 716    *
 717    * @return new hampshire tree in a single line
 718    */
 719   public String print(boolean withbootstraps)
 720   {
 721     synchronized (this)
 722     {
 723       boolean boots = this.HasBootstrap;
 724       this.HasBootstrap = withbootstraps;
 725
 726       String rv = print();
 727       this.HasBootstrap = boots;
 728
 729       return rv;
 730     }
 731   }
 732
 733   /**
 734    *
 735    * Generate newick format tree according to internal flags for writing root
 736    * node distances.
 737    *
 738    * @param withbootstraps
 739    *          explicitly write bootstrap values
 740    * @param withdists
 741    *          explicitly write distances
 742    *
 743    * @return new hampshire tree in a single line
 744    */
 745   public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists)
 746   {
 747     synchronized (this)
 748     {
 749       boolean dists = this.HasDistances;
 750       this.HasDistances = withdists;
 751
 752       String rv = print(withbootstraps);
 753       this.HasDistances = dists;
 754
 755       return rv;
 756     }
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Generate newick format tree according to user specified flags
 761    *
 762    * @param withbootstraps
 763    *          explicitly write bootstrap values
 764    * @param withdists
 765    *          explicitly write distances
 766    * @param printRootInfo
 767    *          explicitly write root distance
 768    *
 769    * @return new hampshire tree in a single line
 770    */
 771   public String print(boolean withbootstraps, boolean withdists,
 772           boolean printRootInfo)
 773   {
 774     synchronized (this)
 775     {
 776       boolean rootinfo = printRootInfo;
 777       this.printRootInfo = printRootInfo;
 778
 779       String rv = print(withbootstraps, withdists);
 780       this.printRootInfo = rootinfo;
 781
 782       return rv;
 783     }
 784   }
 785
 786   /**
 787    * DOCUMENT ME!
 788    *
 789    * @return DOCUMENT ME!
 790    */
 791   char getQuoteChar()
 792   {
 793     return QuoteChar;
 794   }
 795
 796   /**
 797    * DOCUMENT ME!
 798    *
 799    * @param c
 800    *          DOCUMENT ME!
 801    *
 802    * @return DOCUMENT ME!
 803    */
 804   char setQuoteChar(char c)
 805   {
 806     char old = QuoteChar;
 807     QuoteChar = c;
 808
 809     return old;
 810   }
 811
 812   /**
 813    * DOCUMENT ME!
 814    *
 815    * @param name
 816    *          DOCUMENT ME!
 817    *
 818    * @return DOCUMENT ME!
 819    */
 820   private String nodeName(String name)
 821   {
 822     if (NodeSafeName[0].search(name))
 823     {
 824       return QuoteChar + NodeSafeName[1].replaceAll(name) + QuoteChar;
 825     }
 826     else
 827     {
 828       return NodeSafeName[2].replaceAll(name);
 829     }
 830   }
 831
 832   /**
 833    * DOCUMENT ME!
 834    *
 835    * @param c
 836    *          DOCUMENT ME!
 837    *
 838    * @return DOCUMENT ME!
 839    */
 840   private String printNodeField(SequenceNode c)
 841   {
 842     return ((c.getName() == null) ? "" : nodeName(c.getName()))
 843             + ((HasBootstrap) ? ((c.getBootstrap() > -1) ? ((c.getName() != null ? " "
 844                     : "") + c.getBootstrap())
 845                     : "")
 846                     : "") + ((HasDistances) ? (":" + c.dist) : "");
 847   }
 848
 849   /**
 850    * DOCUMENT ME!
 851    *
 852    * @param root
 853    *          DOCUMENT ME!
 854    *
 855    * @return DOCUMENT ME!
 856    */
 857   private String printRootField(SequenceNode root)
 858   {
 859     return (printRootInfo) ? (((root.getName() == null) ? ""
 860             : nodeName(root.getName()))
 861             + ((HasBootstrap) ? ((root.getBootstrap() > -1) ? ((root
 862                     .getName() != null ? " " : "") + +root.getBootstrap())
 863                     : "") : "") + ((RootHasDistance) ? (":" + root.dist)
 864             : "")) : "";
 865   }
 866
 867   // Non recursive call deals with root node properties
 868   public void print(StringBuffer tf, SequenceNode root)
 869   {
 870     if (root != null)
 871     {
 872       if (root.isLeaf() && printRootInfo)
 873       {
 874         tf.append(printRootField(root));
 875       }
 876       else
 877       {
 878         if (root.isDummy())
 879         {
 880           _print(tf, (SequenceNode) root.right());
 881           _print(tf, (SequenceNode) root.left());
 882         }
 883         else
 884         {
 885           tf.append("(");
 886           _print(tf, (SequenceNode) root.right());
 887
 888           if (root.left() != null)
 889           {
 890             tf.append(",");
 891           }
 892
 893           _print(tf, (SequenceNode) root.left());
 894           tf.append(")" + printRootField(root));
 895         }
 896       }
 897     }
 898   }
 899
 900   // Recursive call for non-root nodes
 901   public void _print(StringBuffer tf, SequenceNode c)
 902   {
 903     if (c != null)
 904     {
 905       if (c.isLeaf())
 906       {
 907         tf.append(printNodeField(c));
 908       }
 909       else
 910       {
 911         if (c.isDummy())
 912         {
 913           _print(tf, (SequenceNode) c.left());
 914           if (c.left() != null)
 915           {
 916             tf.append(",");
 917           }
 918           _print(tf, (SequenceNode) c.right());
 919         }
 920         else
 921         {
 922           tf.append("(");
 923           _print(tf, (SequenceNode) c.right());
 924
 925           if (c.left() != null)
 926           {
 927             tf.append(",");
 928           }
 929
 930           _print(tf, (SequenceNode) c.left());
 931           tf.append(")" + printNodeField(c));
 932         }
 933       }
 934     }
 935   }
 936
 937   // Test
 938   public static void main(String[] args)
 939   {
 940     try
 941     {
 942       if (args == null || args.length != 1)
 943       {
 944         System.err
 945                 .println("Takes one argument - file name of a newick tree file.");
 946         System.exit(0);
 947       }
 948
 949       File fn = new File(args[0]);
 950
 951       StringBuffer newickfile = new StringBuffer();
 952       BufferedReader treefile = new BufferedReader(new FileReader(fn));
 953       String l;
 954
 955       while ((l = treefile.readLine()) != null)
 956       {
 957         newickfile.append(l);
 958       }
 959
 960       treefile.close();
 961       System.out.println("Read file :\n");
 962
 963       NewickFile trf = new NewickFile(args[0], "File");
 964       trf.parse();
 965       System.out.println("Original file :\n");
 966
 967       com.stevesoft.pat.Regex nonl = new com.stevesoft.pat.Regex("\n+", "");
 968       System.out.println(nonl.replaceAll(newickfile.toString()) + "\n");
 969
 970       System.out.println("Parsed file.\n");
 971       System.out.println("Default output type for original input.\n");
 972       System.out.println(trf.print());
 973       System.out.println("Without bootstraps.\n");
 974       System.out.println(trf.print(false));
 975       System.out.println("Without distances.\n");
 976       System.out.println(trf.print(true, false));
 977       System.out.println("Without bootstraps but with distanecs.\n");
 978       System.out.println(trf.print(false, true));
 979       System.out.println("Without bootstraps or distanecs.\n");
 980       System.out.println(trf.print(false, false));
 981       System.out.println("With bootstraps and with distances.\n");
 982       System.out.println(trf.print(true, true));
 983     } catch (java.io.IOException e)
 984     {
 985       System.err.println("Exception\n" + e);
 986       e.printStackTrace();
 987     }
 988   }
 989 }