JAL-3060 entry points for createFeatures, amendFeatures
[jalview.git] / src / jalview / io / PDBFeatureSettings.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.api.FeatureColourI;
24 import jalview.schemes.FeatureColour;
25 import jalview.schemes.FeatureSettingsAdapter;
26
27 import java.awt.Color;
28
29 import MCview.PDBChain;
30
31 public class PDBFeatureSettings extends FeatureSettingsAdapter
32 {
33   // TODO find one central place to define feature names
34   private static final String FEATURE_INSERTION = "INSERTION";
35
36   private static final String FEATURE_RES_NUM = PDBChain.RESNUM_FEATURE;
37
38   @Override
39   public boolean isFeatureDisplayed(String type)
40   {
41     return type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION)
42             || type.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM);
43   }
44
45   @Override
46   public FeatureColourI getFeatureColour(String type)
47   {
48     if (type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
49     {
50       return new FeatureColour()
51       {
52
53         @Override
54         public Color getColour()
55         {
56           return Color.RED;
57         }
58       };
59     }
60     return null;
61   }
62
63   /**
64    * Order to render insertion after ResNum
65    */
66   @Override
67   public int compare(String feature1, String feature2)
68   {
69     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
70     {
71       return +1;
72     }
73     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
74     {
75       return -1;
76     }
77     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
78     {
79       return +1;
80     }
81     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
82     {
83       return -1;
84     }
85     return 0;
86   }
87 }