src/jalview/io/PDBFeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.schemes.FeatureColour;
  25 import jalview.schemes.FeatureSettingsAdapter;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 import MCview.PDBChain;
  30
  31 public class PDBFeatureSettings extends FeatureSettingsAdapter
  32 {
  33   // TODO find one central place to define feature names
  34   private static final String FEATURE_INSERTION = "INSERTION";
  35
  36   private static final String FEATURE_RES_NUM = PDBChain.RESNUM_FEATURE;
  37
  38   @Override
  39   public boolean isFeatureDisplayed(String type)
  40   {
  41     return type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION)
  42             || type.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM);
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public FeatureColourI getFeatureColour(String type)
  47   {
  48     if (type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  49     {
  50       return new FeatureColour()
  51       {
  52
  53         @Override
  54         public Color getColour()
  55         {
  56           return Color.RED;
  57         }
  58       };
  59     }
  60     return null;
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Order to render insertion after ResNum
  65    */
  66   @Override
  67   public int compare(String feature1, String feature2)
  68   {
  69     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  70     {
  71       return +1;
  72     }
  73     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  74     {
  75       return -1;
  76     }
  77     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  78     {
  79       return +1;
  80     }
  81     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  82     {
  83       return -1;
  84     }
  85     return 0;
  86   }
  87 }