src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class PIRFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  31 \r
  32   public PIRFile()\r
  33   {\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public PIRFile(String inStr)\r
  37   {\r
  38     super(inStr);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  42       throws IOException\r
  43   {\r
  44     super(inFile, type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void parse()\r
  48   {\r
  49     try\r
  50     {\r
  51       String id;\r
  52       String start;\r
  53       String end;\r
  54       StringBuffer sequence;\r
  55       String line = null;\r
  56 \r
  57       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  58       {\r
  59         try\r
  60         {\r
  61           id = line.substring(line.indexOf(";") + 1, line.indexOf("/"));\r
  62           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  63           start = line.substring(0, line.indexOf("-"));\r
  64           end = line.substring(line.indexOf("-") + 1);\r
  65         }\r
  66         catch (Exception ex)\r
  67         {\r
  68           id = "No id";\r
  69           start = "0";\r
  70           end = "0";\r
  71         }\r
  72 \r
  73         sequence = new StringBuffer();\r
  74 \r
  75         line = nextLine(); // this is the title line\r
  76 \r
  77         boolean starFound = false;\r
  78 \r
  79         do\r
  80         {\r
  81           line = nextLine();\r
  82           sequence.append(line);\r
  83 \r
  84           if (line.indexOf("*") > -1)\r
  85           {\r
  86             starFound = true;\r
  87           }\r
  88         }\r
  89         while (!starFound);\r
  90 \r
  91         sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  92 \r
  93         Sequence newSeq = new Sequence(id, sequence.toString(),\r
  94                                        Integer.parseInt(start),\r
  95                                        Integer.parseInt(end));\r
  96         seqs.addElement(newSeq);\r
  97       }\r
  98     }\r
  99     catch (Exception ex)\r
 100     {\r
 101       ex.printStackTrace();\r
 102     }\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public String print()\r
 106   {\r
 107     return print(getSeqsAsArray());\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public static String print(SequenceI[] s)\r
 111   {\r
 112     return print(s, 72, true);\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public static String print(SequenceI[] s, int len)\r
 116   {\r
 117     return print(s, len, true);\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps)\r
 121   {\r
 122     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 123     int i = 0;\r
 124 \r
 125     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 126     {\r
 127       String seq = "";\r
 128 \r
 129       if (gaps)\r
 130       {\r
 131         seq = s[i].getSequence() + "*";\r
 132       }\r
 133       else\r
 134       {\r
 135         seq = AlignSeq.extractGaps(s[i].getSequence(), "-");\r
 136         seq = AlignSeq.extractGaps(seq, ".");\r
 137         seq = AlignSeq.extractGaps(seq, " ");\r
 138         seq = seq + "*";\r
 139       }\r
 140 \r
 141       out.append(">P1;" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 142                  s[i].getEnd() + "\n");\r
 143       out.append(" Dummy title\n");\r
 144 \r
 145       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 146 \r
 147       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 148       {\r
 149         int start = j * len;\r
 150         int end = start + len;\r
 151 \r
 152         if (end < seq.length())\r
 153         {\r
 154           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 155         }\r
 156         else if (start < seq.length())\r
 157         {\r
 158           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 159         }\r
 160       }\r
 161 \r
 162       i++;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     return out.toString();\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public static void main(String[] args)\r
 169   {\r
 170     String inStr = ">P1;LCAT_MOUSE_90.35\nMGLPGSPWQRVLLLLGLLLPPATPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNRLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDFNLFLPLGVDCWIDNTRIVYNHSSGRVSNAPGVQIRVPGFGKTESVEYVDDNKLAGY\n\n>LCAT_PAPAN_95.78\nMGPPGSPWQWVPLLLGLLLPPAAPFWLLNVLFPPHTTPKAELSNHTRPVILVPGCLGNQLEAKLDKPDVVNW\nMCYRKTEDFFTIWLDLNMFLPLGVDCWIDNTRVVYNRSSGLVSNAPGVQIRVPGFGKTYSVEYLDSSKLAGY\nLHTLVQNLVNNGYVRDETVRAAPYDWRLEPGQQEEYYHKLAGLVEEMHAAYGKPVFLIGHSLGCLHLLYFLL\n";\r
 171     PIRFile fa = new PIRFile(inStr);\r
 172   }\r
 173 }\r