src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class PIRFile\r
  27     extends AlignFile\r
  28 {\r
  29   public static boolean useModellerOutput = false;\r
  30 \r
  31   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  32 \r
  33   public PIRFile()\r
  34   {\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  38       throws IOException\r
  39   {\r
  40     super(inFile, type);\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void parse() throws IOException\r
  44   {\r
  45       StringBuffer sequence;\r
  46       String line = null;\r
  47       ModellerDescription md;\r
  48 \r
  49       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  50       {\r
  51         if (line.length() == 0)\r
  52         {\r
  53           //System.out.println("blank line");\r
  54           continue;\r
  55         }\r
  56         if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)\r
  57         {\r
  58           continue;\r
  59         }\r
  60         Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));\r
  61 \r
  62         sequence = new StringBuffer();\r
  63 \r
  64         newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line\r
  65 \r
  66         boolean starFound = false;\r
  67 \r
  68         while(!starFound)\r
  69         {\r
  70           line = nextLine();\r
  71           sequence.append(line);\r
  72 \r
  73           if (line == null)\r
  74             break;\r
  75 \r
  76           if (line.indexOf("*") > -1)\r
  77           {\r
  78             starFound = true;\r
  79           }\r
  80         }\r
  81 \r
  82         if (sequence.length() > 0)\r
  83         {\r
  84           sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  85           newSeq.setSequence(sequence.toString());\r
  86 \r
  87           seqs.addElement(newSeq);\r
  88 \r
  89           md = new ModellerDescription(newSeq.\r
  90                 getDescription());\r
  91           md.updateSequenceI(newSeq);\r
  92         }\r
  93       }\r
  94   }\r
  95 \r
  96   public String print()\r
  97   {\r
  98     return print(getSeqsAsArray());\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public String print(SequenceI[] s)\r
 102   {\r
 103     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);\r
 104     int len = 72;\r
 105     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 106     int i = 0;\r
 107     ModellerDescription md;\r
 108 \r
 109     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 110     {\r
 111       String seq = s[i].getSequenceAsString();\r
 112       seq = seq + "*";\r
 113 \r
 114 \r
 115       if (is_NA)\r
 116       {\r
 117           // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy\r
 118           // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL\r
 119           // Protein (complete) P1\r
 120           // Protein (fragment) F1\r
 121           // DNA (linear) Dl\r
 122           // DNA (circular) DC\r
 123           // RNA (linear) RL\r
 124           // RNA (circular) RC\r
 125           // tRNA N3\r
 126           // other functional RNA N1\r
 127 \r
 128         out.append(">N1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 129         if (s[i].getDescription() == null)\r
 130         {\r
 131           out.append(s[i].getName() + " " +\r
 132                      (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));\r
 133           out.append(is_NA ? " bases\n" : " residues\n");\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           out.append(s[i].getDescription()+"\n");\r
 138         }\r
 139       }\r
 140       else\r
 141       {\r
 142 \r
 143        if(useModellerOutput)\r
 144        {\r
 145          out.append(">P1;" + s[i].getName() + "\n");\r
 146          md = new ModellerDescription(s[i]);\r
 147          out.append(md.getDescriptionLine() + "\n");\r
 148        }\r
 149        else\r
 150        {\r
 151          out.append(">P1;" + printId(s[i]) + "\n");\r
 152          if (s[i].getDescription() != null)\r
 153            out.append(s[i].getDescription() + "\n");\r
 154          else\r
 155            out.append(s[i].getName() + " "\r
 156                       + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1)\r
 157                       + " residues\n");\r
 158        }\r
 159       }\r
 160       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 161 \r
 162       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 163       {\r
 164         int start = j * len;\r
 165         int end = start + len;\r
 166 \r
 167         if (end < seq.length())\r
 168         {\r
 169           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 170         }\r
 171         else if (start < seq.length())\r
 172         {\r
 173           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 174         }\r
 175       }\r
 176 \r
 177       i++;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     return out.toString();\r
 181   }\r
 182 \r
 183 }\r