src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PIRFile extends AlignFile
  29 {
  30   public static boolean useModellerOutput = false;
  31
  32   Vector words = new Vector(); // Stores the words in a line after splitting
  33
  34   public PIRFile()
  35   {
  36   }
  37
  38   public PIRFile(String inFile, String type) throws IOException
  39   {
  40     super(inFile, type);
  41   }
  42
  43   public PIRFile(FileParse source) throws IOException
  44   {
  45     super(source);
  46   }
  47
  48   public void parse() throws IOException
  49   {
  50     StringBuffer sequence;
  51     String line = null;
  52     ModellerDescription md;
  53
  54     while ((line = nextLine()) != null)
  55     {
  56       if (line.length() == 0)
  57       {
  58         // System.out.println("blank line");
  59         continue;
  60       }
  61       if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)
  62       {
  63         continue;
  64       }
  65       Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));
  66
  67       sequence = new StringBuffer();
  68
  69       newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line
  70
  71       boolean starFound = false;
  72
  73       while (!starFound)
  74       {
  75         line = nextLine();
  76         sequence.append(line);
  77
  78         if (line == null)
  79         {
  80           break;
  81         }
  82
  83         if (line.indexOf("*") > -1)
  84         {
  85           starFound = true;
  86         }
  87       }
  88
  89       if (sequence.length() > 0)
  90       {
  91         sequence.setLength(sequence.length() - 1);
  92         newSeq.setSequence(sequence.toString());
  93
  94         seqs.addElement(newSeq);
  95
  96         md = new ModellerDescription(newSeq.getDescription());
  97         md.updateSequenceI(newSeq);
  98       }
  99     }
 100   }
 101
 102   public String print()
 103   {
 104     return print(getSeqsAsArray());
 105   }
 106
 107   public String print(SequenceI[] s)
 108   {
 109     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);
 110     int len = 72;
 111     StringBuffer out = new StringBuffer();
 112     int i = 0;
 113     ModellerDescription md;
 114
 115     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 116     {
 117       String seq = s[i].getSequenceAsString();
 118       seq = seq + "*";
 119
 120       if (is_NA)
 121       {
 122         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy
 123         // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL
 124         // Protein (complete) P1
 125         // Protein (fragment) F1
 126         // DNA (linear) Dl
 127         // DNA (circular) DC
 128         // RNA (linear) RL
 129         // RNA (circular) RC
 130         // tRNA N3
 131         // other functional RNA N1
 132
 133         out.append(">N1;" + s[i].getName());
 134         out.append(newline);
 135         if (s[i].getDescription() == null)
 136         {
 137           out.append(s[i].getName() + " "
 138                   + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));
 139           out.append(is_NA ? " bases" : " residues");
 140           out.append(newline);
 141         }
 142         else
 143         {
 144           out.append(s[i].getDescription());
 145           out.append(newline);
 146         }
 147       }
 148       else
 149       {
 150
 151         if (useModellerOutput)
 152         {
 153           out.append(">P1;" + s[i].getName());
 154           out.append(newline);
 155           md = new ModellerDescription(s[i]);
 156           out.append(md.getDescriptionLine());
 157           out.append(newline);
 158         }
 159         else
 160         {
 161           out.append(">P1;" + printId(s[i]));
 162           out.append(newline);
 163           if (s[i].getDescription() != null)
 164           {
 165             out.append(s[i].getDescription());
 166             out.append(newline);
 167           }
 168           else
 169           {
 170             out.append(s[i].getName() + " "
 171                     + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1) + " residues");
 172             out.append(newline);
 173           }
 174         }
 175       }
 176       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;
 177
 178       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 179       {
 180         int start = j * len;
 181         int end = start + len;
 182
 183         if (end < seq.length())
 184         {
 185           out.append(seq.substring(start, end));
 186           out.append(newline);
 187         }
 188         else if (start < seq.length())
 189         {
 190           out.append(seq.substring(start));
 191           out.append(newline);
 192         }
 193       }
 194
 195       i++;
 196     }
 197
 198     return out.toString();
 199   }
 200
 201 }