src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class PIRFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  31 \r
  32   public PIRFile()\r
  33   {\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public PIRFile(String inStr)\r
  37   {\r
  38     super(inStr);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  42       throws IOException\r
  43   {\r
  44     super(inFile, type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void parse()\r
  48   {\r
  49     try\r
  50     {\r
  51       StringBuffer sequence;\r
  52       String line = null;\r
  53 \r
  54       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  55       {\r
  56         if(line.length()==0)\r
  57         {\r
  58           //System.out.println("blank line");\r
  59           continue;\r
  60         }\r
  61 \r
  62         Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));\r
  63 \r
  64         sequence = new StringBuffer();\r
  65 \r
  66         newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line\r
  67 \r
  68         boolean starFound = false;\r
  69 \r
  70         while(!starFound)\r
  71         {\r
  72           line = nextLine();\r
  73           sequence.append(line);\r
  74 \r
  75           if (line == null)\r
  76             break;\r
  77 \r
  78           if (line.indexOf("*") > -1)\r
  79           {\r
  80             starFound = true;\r
  81           }\r
  82         }\r
  83 \r
  84         if(sequence.length()>0)\r
  85         {\r
  86           sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
  87 \r
  88           newSeq.setSequence(sequence.toString());\r
  89           seqs.addElement(newSeq);\r
  90         }\r
  91       }\r
  92     }\r
  93     catch (Exception ex)\r
  94     {\r
  95       ex.printStackTrace();\r
  96     }\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public String print()\r
 100   {\r
 101     return print(getSeqsAsArray());\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public String print(SequenceI[] s)\r
 105   {\r
 106     boolean is_NA = jalview.util.Comparison.isNucleotide(s);\r
 107     int len = 72;\r
 108     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 109     int i = 0;\r
 110 \r
 111     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 112     {\r
 113       String seq = s[i].getSequence();\r
 114       seq = seq + "*";\r
 115 \r
 116       out.append(">P1;" + printId(s[i]) + "\n");\r
 117 \r
 118       if(s[i].getDescription()!=null)\r
 119         out.append(s[i].getDescription()+"\n");\r
 120       else\r
 121       {\r
 122         out.append(s[i].getName()+" "+ (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));\r
 123         out.append( is_NA ? " bases\n" : " residues\n");\r
 124       }\r
 125       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 126 \r
 127       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 128       {\r
 129         int start = j * len;\r
 130         int end = start + len;\r
 131 \r
 132         if (end < seq.length())\r
 133         {\r
 134           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 135         }\r
 136         else if (start < seq.length())\r
 137         {\r
 138           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 139         }\r
 140       }\r
 141 \r
 142       i++;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     return out.toString();\r
 146   }\r
 147 \r
 148 }\r