src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 public class PIRFile extends AlignFile
  31 {
  32   public static boolean useModellerOutput = false;
  33
  34   Vector words = new Vector(); // Stores the words in a line after splitting
  35
  36   public PIRFile()
  37   {
  38   }
  39
  40   public PIRFile(String inFile, DataSourceType sourceType)
  41           throws IOException
  42   {
  43     super(inFile, sourceType);
  44   }
  45
  46   public PIRFile(FileParse source) throws IOException
  47   {
  48     super(source);
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public void parse() throws IOException
  53   {
  54     StringBuffer sequence;
  55     String line = null;
  56     ModellerDescription md;
  57
  58     while ((line = nextLine()) != null)
  59     {
  60       if (line.length() == 0)
  61       {
  62         // System.out.println("blank line");
  63         continue;
  64       }
  65       if (line.indexOf("C;") == 0 || line.indexOf("#") == 0)
  66       {
  67         continue;
  68       }
  69       Sequence newSeq = parseId(line.substring(line.indexOf(";") + 1));
  70
  71       sequence = new StringBuffer();
  72
  73       newSeq.setDescription(nextLine()); // this is the title line
  74
  75       boolean starFound = false;
  76
  77       while (!starFound)
  78       {
  79         line = nextLine();
  80         sequence.append(line);
  81
  82         if (line == null)
  83         {
  84           break;
  85         }
  86
  87         if (line.indexOf("*") > -1)
  88         {
  89           starFound = true;
  90         }
  91       }
  92
  93       if (sequence.length() > 0)
  94       {
  95         sequence.setLength(sequence.length() - 1);
  96         newSeq.setSequence(sequence.toString());
  97
  98         seqs.addElement(newSeq);
  99
 100         md = new ModellerDescription(newSeq.getDescription());
 101         md.updateSequenceI(newSeq);
 102       }
 103     }
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public String print(SequenceI[] s, boolean jvsuffix)
 108   {
 109     boolean is_NA = Comparison.isNucleotide(s);
 110     int len = 72;
 111     StringBuffer out = new StringBuffer();
 112     int i = 0;
 113     ModellerDescription md;
 114
 115     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 116     {
 117       String seq = s[i].getSequenceAsString();
 118       seq = seq + "*";
 119
 120       if (is_NA)
 121       {
 122         // modeller doesn't really do nucleotides, so we don't do anything fancy
 123         // Official tags area as follows, for now we'll use P1 and DL
 124         // Protein (complete) P1
 125         // Protein (fragment) F1
 126         // DNA (linear) Dl
 127         // DNA (circular) DC
 128         // RNA (linear) RL
 129         // RNA (circular) RC
 130         // tRNA N3
 131         // other functional RNA N1
 132
 133         out.append(">N1;" + s[i].getName());
 134         out.append(newline);
 135         if (s[i].getDescription() == null)
 136         {
 137           out.append(s[i].getName() + " "
 138                   + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1));
 139           out.append(is_NA ? " bases" : " residues");
 140           out.append(newline);
 141         }
 142         else
 143         {
 144           out.append(s[i].getDescription());
 145           out.append(newline);
 146         }
 147       }
 148       else
 149       {
 150
 151         if (useModellerOutput)
 152         {
 153           out.append(">P1;" + s[i].getName());
 154           out.append(newline);
 155           md = new ModellerDescription(s[i]);
 156           out.append(md.getDescriptionLine());
 157           out.append(newline);
 158         }
 159         else
 160         {
 161           out.append(">P1;" + printId(s[i], jvsuffix));
 162           out.append(newline);
 163           if (s[i].getDescription() != null)
 164           {
 165             out.append(s[i].getDescription());
 166             out.append(newline);
 167           }
 168           else
 169           {
 170             out.append(s[i].getName() + " "
 171                     + (s[i].getEnd() - s[i].getStart() + 1) + " residues");
 172             out.append(newline);
 173           }
 174         }
 175       }
 176       int nochunks = (seq.length() / len)
 177               + (seq.length() % len > 0 ? 1 : 0);
 178
 179       for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 180       {
 181         int start = j * len;
 182         int end = start + len;
 183
 184         if (end < seq.length())
 185         {
 186           out.append(seq.substring(start, end));
 187           out.append(newline);
 188         }
 189         else if (start < seq.length())
 190         {
 191           out.append(seq.substring(start));
 192           out.append(newline);
 193         }
 194       }
 195
 196       i++;
 197     }
 198
 199     return out.toString();
 200   }
 201
 202 }