seq size cant be less than 2 for tree
[jalview.git] / src / jalview / io / PfamFile.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.io;\r
20 \r
21 import java.io.*;\r
22 import java.util.*;\r
23 \r
24 import jalview.datamodel.*;\r
25 import jalview.util.*;\r
26 \r
27 public class PfamFile\r
28     extends AlignFile\r
29 {\r
30 \r
31   public PfamFile()\r
32   {\r
33   }\r
34 \r
35   public PfamFile(String inFile, String type)\r
36       throws IOException\r
37   {\r
38     super(inFile, type);\r
39   }\r
40 \r
41   public void initData()\r
42   {\r
43     super.initData();\r
44   }\r
45 \r
46   public void parse() throws IOException\r
47   {\r
48     int i = 0;\r
49     String line;\r
50 \r
51     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
52     Vector headers = new Vector();\r
53 \r
54     while ( (line = nextLine()) != null)\r
55     {\r
56       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
57       {\r
58         if (line.indexOf("#") != 0)\r
59         {\r
60           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
61           String id = "";\r
62 \r
63           if (str.hasMoreTokens())\r
64           {\r
65             id = str.nextToken();\r
66 \r
67             StringBuffer tempseq;\r
68 \r
69             if (seqhash.containsKey(id))\r
70             {\r
71               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
72             }\r
73             else\r
74             {\r
75               tempseq = new StringBuffer();\r
76               seqhash.put(id, tempseq);\r
77             }\r
78 \r
79             if (! (headers.contains(id)))\r
80             {\r
81               headers.addElement(id);\r
82             }\r
83 \r
84             tempseq.append(str.nextToken());\r
85           }\r
86         }\r
87       }\r
88     }\r
89 \r
90     this.noSeqs = headers.size();\r
91 \r
92     if (noSeqs < 1)\r
93     {\r
94       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
95     }\r
96 \r
97     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
98     {\r
99       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
100       {\r
101         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
102             .length())\r
103         {\r
104           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
105               .length();\r
106         }\r
107 \r
108 \r
109         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());\r
110         newSeq.setSequence( seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString());\r
111         seqs.addElement(newSeq);\r
112 \r
113         if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
114         {\r
115           throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
116                                 +" : "+ newSeq.getName()\r
117                                 +" : "+invalidCharacter);\r
118         }\r
119       }\r
120       else\r
121       {\r
122         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
123                            headers.elementAt(i));\r
124       }\r
125     }\r
126   }\r
127 \r
128   public String print(SequenceI[] s)\r
129   {\r
130     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
131 \r
132     int max = 0;\r
133     int maxid = 0;\r
134 \r
135     int i = 0;\r
136 \r
137     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
138     {\r
139       String tmp = printId(s[i]);\r
140 \r
141       if (s[i].getSequence().length() > max)\r
142       {\r
143         max = s[i].getSequence().length();\r
144       }\r
145 \r
146       if (tmp.length() > maxid)\r
147       {\r
148         maxid = tmp.length();\r
149       }\r
150 \r
151       i++;\r
152     }\r
153 \r
154     if (maxid < 15)\r
155     {\r
156       maxid = 15;\r
157     }\r
158 \r
159     int j = 0;\r
160 \r
161     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
162     {\r
163       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form( printId(s[j])+" "));\r
164 \r
165       out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
166       j++;\r
167     }\r
168 \r
169     out.append("\n");\r
170 \r
171     return out.toString();\r
172   }\r
173 \r
174   public String print()\r
175   {\r
176     return print(getSeqsAsArray());\r
177   }\r
178 }\r