src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class PfamFile
  28     extends AlignFile
  29 {
  30
  31   public PfamFile()
  32   {
  33   }
  34
  35   public PfamFile(String inFile, String type)
  36       throws IOException
  37   {
  38     super(inFile, type);
  39   }
  40
  41   public void initData()
  42   {
  43     super.initData();
  44   }
  45
  46   public void parse() throws IOException
  47   {
  48     int i = 0;
  49     String line;
  50
  51     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  52     Vector headers = new Vector();
  53
  54     while ( (line = nextLine()) != null)
  55     {
  56       if (line.indexOf(" ") != 0)
  57       {
  58         if (line.indexOf("#") != 0)
  59         {
  60           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  61           String id = "";
  62
  63           if (str.hasMoreTokens())
  64           {
  65             id = str.nextToken();
  66
  67             StringBuffer tempseq;
  68
  69             if (seqhash.containsKey(id))
  70             {
  71               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  72             }
  73             else
  74             {
  75               tempseq = new StringBuffer();
  76               seqhash.put(id, tempseq);
  77             }
  78
  79             if (! (headers.contains(id)))
  80             {
  81               headers.addElement(id);
  82             }
  83
  84             tempseq.append(str.nextToken());
  85           }
  86         }
  87       }
  88     }
  89
  90     this.noSeqs = headers.size();
  91
  92     if (noSeqs < 1)
  93     {
  94       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");
  95     }
  96
  97     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
  98     {
  99       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 100       {
 101         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 102             .length())
 103         {
 104           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 105               .length();
 106         }
 107
 108
 109         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 110         newSeq.setSequence( seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString());
 111         seqs.addElement(newSeq);
 112
 113         if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))
 114         {
 115           throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS
 116                                 +" : "+ newSeq.getName()
 117                                 +" : "+invalidCharacter);
 118         }
 119       }
 120       else
 121       {
 122         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +
 123                            headers.elementAt(i));
 124       }
 125     }
 126   }
 127
 128   public String print(SequenceI[] s)
 129   {
 130     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 131
 132     int max = 0;
 133     int maxid = 0;
 134
 135     int i = 0;
 136
 137     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))
 138     {
 139       String tmp = printId(s[i]);
 140
 141       if (s[i].getSequence().length() > max)
 142       {
 143         max = s[i].getSequence().length();
 144       }
 145
 146       if (tmp.length() > maxid)
 147       {
 148         maxid = tmp.length();
 149       }
 150
 151       i++;
 152     }
 153
 154     if (maxid < 15)
 155     {
 156       maxid = 15;
 157     }
 158
 159     int j = 0;
 160
 161     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))
 162     {
 163       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form( printId(s[j])+" "));
 164
 165       out.append(s[j].getSequence() + "\n");
 166       j++;
 167     }
 168
 169     out.append("\n");
 170
 171     return out.toString();
 172   }
 173
 174   public String print()
 175   {
 176     return print(getSeqsAsArray());
 177   }
 178 }