src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.util.*;\r
  26 \r
  27 public class PfamFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public PfamFile()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public PfamFile(String inFile, String type)\r
  36       throws IOException\r
  37   {\r
  38     super(inFile, type);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void initData()\r
  42   {\r
  43     super.initData();\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public void parse() throws IOException\r
  47   {\r
  48     int i = 0;\r
  49     String line;\r
  50 \r
  51     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  52     Vector headers = new Vector();\r
  53 \r
  54     while ( (line = nextLine()) != null)\r
  55     {\r
  56       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  57       {\r
  58         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  59         {\r
  60           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  61           String id = "";\r
  62 \r
  63           if (str.hasMoreTokens())\r
  64           {\r
  65             id = str.nextToken();\r
  66 \r
  67             StringBuffer tempseq;\r
  68 \r
  69             if (seqhash.containsKey(id))\r
  70             {\r
  71               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  72             }\r
  73             else\r
  74             {\r
  75               tempseq = new StringBuffer();\r
  76               seqhash.put(id, tempseq);\r
  77             }\r
  78 \r
  79             if (! (headers.contains(id)))\r
  80             {\r
  81               headers.addElement(id);\r
  82             }\r
  83 \r
  84             tempseq.append(str.nextToken());\r
  85           }\r
  86         }\r
  87       }\r
  88     }\r
  89 \r
  90     this.noSeqs = headers.size();\r
  91 \r
  92     if (noSeqs < 1)\r
  93     {\r
  94       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
  95     }\r
  96 \r
  97     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
  98     {\r
  99       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 100       {\r
 101         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 102             .length())\r
 103         {\r
 104           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 105               .length();\r
 106         }\r
 107 \r
 108 \r
 109         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());\r
 110         newSeq.setSequence( seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString());\r
 111         seqs.addElement(newSeq);\r
 112 \r
 113         if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 114         {\r
 115           throw new IOException(AppletFormatAdapter.INVALID_CHARACTERS\r
 116                                 +" : "+ newSeq.getName()\r
 117                                 +" : "+invalidCharacter);\r
 118         }\r
 119       }\r
 120       else\r
 121       {\r
 122         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
 123                            headers.elementAt(i));\r
 124       }\r
 125     }\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public String print(SequenceI[] s)\r
 129   {\r
 130     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 131 \r
 132     int max = 0;\r
 133     int maxid = 0;\r
 134 \r
 135     int i = 0;\r
 136 \r
 137     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 138     {\r
 139       String tmp = printId(s[i]);\r
 140 \r
 141       if (s[i].getSequence().length > max)\r
 142       {\r
 143         max = s[i].getSequence().length;\r
 144       }\r
 145 \r
 146       if (tmp.length() > maxid)\r
 147       {\r
 148         maxid = tmp.length();\r
 149       }\r
 150 \r
 151       i++;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (maxid < 15)\r
 155     {\r
 156       maxid = 15;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     int j = 0;\r
 160 \r
 161     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 162     {\r
 163       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form( printId(s[j])+" "));\r
 164 \r
 165       out.append(s[j].getSequenceAsString() + "\n");\r
 166       j++;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     out.append("\n");\r
 170 \r
 171     return out.toString();\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public String print()\r
 175   {\r
 176     return print(getSeqsAsArray());\r
 177   }\r
 178 }\r