src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.*;
  28
  29 public class PfamFile extends AlignFile
  30 {
  31
  32   public PfamFile()
  33   {
  34   }
  35
  36   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException
  37   {
  38     super(inFile, type);
  39   }
  40
  41   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  42   {
  43     super(source);
  44   }
  45
  46   public void initData()
  47   {
  48     super.initData();
  49   }
  50
  51   public void parse() throws IOException
  52   {
  53     int i = 0;
  54     String line;
  55
  56     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  57     Vector headers = new Vector();
  58
  59     while ((line = nextLine()) != null)
  60     {
  61       if (line.indexOf(" ") != 0)
  62       {
  63         if (line.indexOf("#") != 0)
  64         {
  65           // TODO: verify pfam format requires spaces and not tab characters -
  66           // if not upgrade to use stevesoft regex and look for whitespace.
  67           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");
  68           String id = "";
  69
  70           if (str.hasMoreTokens())
  71           {
  72             id = str.nextToken();
  73
  74             StringBuffer tempseq;
  75
  76             if (seqhash.containsKey(id))
  77             {
  78               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  79             }
  80             else
  81             {
  82               tempseq = new StringBuffer();
  83               seqhash.put(id, tempseq);
  84             }
  85
  86             if (!(headers.contains(id)))
  87             {
  88               headers.addElement(id);
  89             }
  90             if (str.hasMoreTokens())
  91             {
  92               tempseq.append(str.nextToken());
  93             }
  94           }
  95         }
  96       }
  97     }
  98
  99     this.noSeqs = headers.size();
 100
 101     if (noSeqs < 1)
 102     {
 103       throw new IOException(MessageManager.getString("exception.pfam_no_sequences_found"));
 104     }
 105
 106     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 107     {
 108       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 109       {
 110         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 111                 .length())
 112         {
 113           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();
 114         }
 115
 116         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 117         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())
 118                 .toString());
 119         seqs.addElement(newSeq);
 120       }
 121       else
 122       {
 123         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 124                 + headers.elementAt(i));
 125       }
 126     }
 127   }
 128
 129   public String print(SequenceI[] s)
 130   {
 131     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 132
 133     int max = 0;
 134     int maxid = 0;
 135
 136     int i = 0;
 137
 138     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 139     {
 140       String tmp = printId(s[i]);
 141
 142       if (s[i].getSequence().length > max)
 143       {
 144         max = s[i].getSequence().length;
 145       }
 146
 147       if (tmp.length() > maxid)
 148       {
 149         maxid = tmp.length();
 150       }
 151
 152       i++;
 153     }
 154
 155     if (maxid < 15)
 156     {
 157       maxid = 15;
 158     }
 159
 160     int j = 0;
 161
 162     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 163     {
 164       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 165
 166       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 167       out.append(newline);
 168       j++;
 169     }
 170
 171     out.append(newline);
 172
 173     return out.toString();
 174   }
 175
 176   public String print()
 177   {
 178     return print(getSeqsAsArray());
 179   }
 180 }