src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.util.*;\r
  26 \r
  27 public class PfamFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public PfamFile()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public PfamFile(String inStr)\r
  36   {\r
  37     super(inStr);\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public PfamFile(String inFile, String type)\r
  41       throws IOException\r
  42   {\r
  43     super(inFile, type);\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public void initData()\r
  47   {\r
  48     super.initData();\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void parse()\r
  52       throws IOException\r
  53   {\r
  54     int i = 0;\r
  55     String line;\r
  56 \r
  57     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  58     Vector headers = new Vector();\r
  59 \r
  60     while ( (line = nextLine()) != null)\r
  61     {\r
  62       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  63       {\r
  64         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  65         {\r
  66           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  67           String id = "";\r
  68 \r
  69           if (str.hasMoreTokens())\r
  70           {\r
  71             id = str.nextToken();\r
  72 \r
  73             StringBuffer tempseq;\r
  74 \r
  75             if (seqhash.containsKey(id))\r
  76             {\r
  77               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  78             }\r
  79             else\r
  80             {\r
  81               tempseq = new StringBuffer();\r
  82               seqhash.put(id, tempseq);\r
  83             }\r
  84 \r
  85             if (! (headers.contains(id)))\r
  86             {\r
  87               headers.addElement(id);\r
  88             }\r
  89 \r
  90             tempseq.append(str.nextToken());\r
  91           }\r
  92         }\r
  93       }\r
  94     }\r
  95 \r
  96     this.noSeqs = headers.size();\r
  97 \r
  98     if (noSeqs < 1)\r
  99     {\r
 100       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
 101     }\r
 102 \r
 103     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
 104     {\r
 105       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 106       {\r
 107         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 108             .length())\r
 109         {\r
 110           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 111               .length();\r
 112         }\r
 113 \r
 114 \r
 115         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());\r
 116         newSeq.setSequence( seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString());\r
 117         seqs.addElement(newSeq);\r
 118 \r
 119         if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 120         {\r
 121           throw new IOException(\r
 122               "Not a valid protein sequence - (PFAM input)");\r
 123         }\r
 124       }\r
 125       else\r
 126       {\r
 127         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
 128                            headers.elementAt(i));\r
 129       }\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public String print(SequenceI[] s)\r
 134   {\r
 135     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 136 \r
 137     int max = 0;\r
 138     int maxid = 0;\r
 139 \r
 140     int i = 0;\r
 141 \r
 142     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 143     {\r
 144       String tmp = printId(s[i]);\r
 145 \r
 146       if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 147       {\r
 148         max = s[i].getSequence().length();\r
 149       }\r
 150 \r
 151       if (tmp.length() > maxid)\r
 152       {\r
 153         maxid = tmp.length();\r
 154       }\r
 155 \r
 156       i++;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (maxid < 15)\r
 160     {\r
 161       maxid = 15;\r
 162     }\r
 163 \r
 164     int j = 0;\r
 165 \r
 166     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 167     {\r
 168       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form( printId(s[j])+" "));\r
 169 \r
 170       out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
 171       j++;\r
 172     }\r
 173 \r
 174     out.append("\n");\r
 175 \r
 176     return out.toString();\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public String print()\r
 180   {\r
 181     return print(getSeqsAsArray());\r
 182   }\r
 183 }\r