src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.util.*;\r
  26 \r
  27 public class PfamFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30 \r
  31   public PfamFile()\r
  32   {\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public PfamFile(String inFile, String type)\r
  36       throws IOException\r
  37   {\r
  38     super(inFile, type);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void initData()\r
  42   {\r
  43     super.initData();\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public void parse()\r
  47       throws IOException\r
  48   {\r
  49     int i = 0;\r
  50     String line;\r
  51 \r
  52     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  53     Vector headers = new Vector();\r
  54 \r
  55     while ( (line = nextLine()) != null)\r
  56     {\r
  57       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  58       {\r
  59         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  60         {\r
  61           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  62           String id = "";\r
  63 \r
  64           if (str.hasMoreTokens())\r
  65           {\r
  66             id = str.nextToken();\r
  67 \r
  68             StringBuffer tempseq;\r
  69 \r
  70             if (seqhash.containsKey(id))\r
  71             {\r
  72               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  73             }\r
  74             else\r
  75             {\r
  76               tempseq = new StringBuffer();\r
  77               seqhash.put(id, tempseq);\r
  78             }\r
  79 \r
  80             if (! (headers.contains(id)))\r
  81             {\r
  82               headers.addElement(id);\r
  83             }\r
  84 \r
  85             tempseq.append(str.nextToken());\r
  86           }\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     }\r
  90 \r
  91     this.noSeqs = headers.size();\r
  92 \r
  93     if (noSeqs < 1)\r
  94     {\r
  95       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
  96     }\r
  97 \r
  98     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
  99     {\r
 100       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 101       {\r
 102         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 103             .length())\r
 104         {\r
 105           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 106               .length();\r
 107         }\r
 108 \r
 109         Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());\r
 110         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).\r
 111                            toString());\r
 112         seqs.addElement(newSeq);\r
 113       }\r
 114       else\r
 115       {\r
 116         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
 117                            headers.elementAt(i));\r
 118       }\r
 119     }\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public String print(SequenceI[] s)\r
 123   {\r
 124     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 125 \r
 126     int max = 0;\r
 127     int maxid = 0;\r
 128 \r
 129     int i = 0;\r
 130 \r
 131     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 132     {\r
 133       String tmp = printId(s[i]);\r
 134 \r
 135       if (s[i].getSequence().length > max)\r
 136       {\r
 137         max = s[i].getSequence().length;\r
 138       }\r
 139 \r
 140       if (tmp.length() > maxid)\r
 141       {\r
 142         maxid = tmp.length();\r
 143       }\r
 144 \r
 145       i++;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     if (maxid < 15)\r
 149     {\r
 150       maxid = 15;\r
 151     }\r
 152 \r
 153     int j = 0;\r
 154 \r
 155     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 156     {\r
 157       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));\r
 158 \r
 159       out.append(s[j].getSequenceAsString() + "\n");\r
 160       j++;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     out.append("\n");\r
 164 \r
 165     return out.toString();\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public String print()\r
 169   {\r
 170     return print(getSeqsAsArray());\r
 171   }\r
 172 }\r