src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 public class PfamFile extends AlignFile {\r
  29 \r
  30   Vector ids;\r
  31 \r
  32   public PfamFile()\r
  33   {}\r
  34 \r
  35   public PfamFile(String inStr) {\r
  36     super(inStr);\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void initData() {\r
  40     super.initData();\r
  41     ids = new Vector();\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  45     super(inFile,type);\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void parse() throws IOException{\r
  49     int i = 0;\r
  50     String line;\r
  51 \r
  52 \r
  53     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  54     Vector    headers = new Vector();\r
  55 \r
  56 \r
  57       while ((line = nextLine()) != null)\r
  58       {\r
  59 \r
  60       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  61       {\r
  62         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  63         {\r
  64 \r
  65           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  66           String id = "";\r
  67 \r
  68           if (str.hasMoreTokens())\r
  69           {\r
  70             id = str.nextToken();\r
  71 \r
  72             StringBuffer tempseq;\r
  73 \r
  74             if (seqhash.containsKey(id))\r
  75               tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(id);\r
  76            else\r
  77            {\r
  78               tempseq = new StringBuffer();\r
  79               seqhash.put(id,tempseq);\r
  80             }\r
  81 \r
  82             if (!(headers.contains(id)))\r
  83               headers.addElement(id);\r
  84 \r
  85 \r
  86             tempseq.append(str.nextToken());\r
  87           }\r
  88         }\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     this.noSeqs = headers.size();\r
  93     if(noSeqs<1)\r
  94       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
  95 \r
  96     for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  97 \r
  98       if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  99         if (maxLength <  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length() )\r
 100           maxLength =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 101 \r
 102         String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
 103         int start = 1;\r
 104         int end =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 105 \r
 106         if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
 107           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
 108           if (st.countTokens() == 2) {\r
 109             ids.addElement(st.nextToken());\r
 110             String tmp = st.nextToken();\r
 111             st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
 112             if (st.countTokens() == 2) {\r
 113               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 114               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 115             } else\r
 116             {\r
 117               start = -1;\r
 118               end = -1;\r
 119             }\r
 120           } else\r
 121             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 122 \r
 123         }\r
 124         else\r
 125           ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 126 \r
 127 \r
 128         Sequence newSeq = null;\r
 129         if (start != -1 && end != -1)\r
 130         {\r
 131           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 132                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),start,end);\r
 133           seqs.addElement(newSeq);\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 138                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),1,\r
 139                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString().length());\r
 140           seqs.addElement(newSeq);\r
 141         }\r
 142 \r
 143         if(!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 144           throw new IOException("Not a valid protein sequence - (PFAM input)");\r
 145       }\r
 146       else\r
 147         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 148 \r
 149     }\r
 150 \r
 151   }\r
 152 \r
 153   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 154     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 155 \r
 156     int max = 0;\r
 157     int maxid = 0;\r
 158 \r
 159     int i = 0;\r
 160 \r
 161     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 162       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart()+ "-" + s[i].getEnd();\r
 163 \r
 164       if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 165         max = s[i].getSequence().length();\r
 166       }\r
 167       if (tmp.length() > maxid) {\r
 168         maxid = tmp.length();\r
 169       }\r
 170       i++;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     if (maxid < 15) {\r
 174       maxid = 15;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int j = 0;\r
 178     while ( j < s.length && s[j] != null) {\r
 179       out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd() ) + " ");\r
 180 \r
 181       out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
 182       j++;\r
 183     }\r
 184     out.append("\n");\r
 185 \r
 186     return out.toString();\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public String print() {\r
 190     return print(getSeqsAsArray());\r
 191   }\r
 192 }\r