src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import jalview.util.*;\r
  26 \r
  27 public class PfamFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30   Vector ids;\r
  31 \r
  32   public PfamFile()\r
  33   {\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public PfamFile(String inStr)\r
  37   {\r
  38     super(inStr);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public PfamFile(String inFile, String type)\r
  42       throws IOException\r
  43   {\r
  44     super(inFile, type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void initData()\r
  48   {\r
  49     super.initData();\r
  50     ids = new Vector();\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void parse()\r
  54       throws IOException\r
  55   {\r
  56     int i = 0;\r
  57     String line;\r
  58 \r
  59     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  60     Vector headers = new Vector();\r
  61 \r
  62     while ( (line = nextLine()) != null)\r
  63     {\r
  64       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  65       {\r
  66         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  67         {\r
  68           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  69           String id = "";\r
  70 \r
  71           if (str.hasMoreTokens())\r
  72           {\r
  73             id = str.nextToken();\r
  74 \r
  75             StringBuffer tempseq;\r
  76 \r
  77             if (seqhash.containsKey(id))\r
  78             {\r
  79               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  80             }\r
  81             else\r
  82             {\r
  83               tempseq = new StringBuffer();\r
  84               seqhash.put(id, tempseq);\r
  85             }\r
  86 \r
  87             if (! (headers.contains(id)))\r
  88             {\r
  89               headers.addElement(id);\r
  90             }\r
  91 \r
  92             tempseq.append(str.nextToken());\r
  93           }\r
  94         }\r
  95       }\r
  96     }\r
  97 \r
  98     this.noSeqs = headers.size();\r
  99 \r
 100     if (noSeqs < 1)\r
 101     {\r
 102       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
 103     }\r
 104 \r
 105     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
 106     {\r
 107       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 108       {\r
 109         if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 110             .length())\r
 111         {\r
 112           maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 113               .length();\r
 114         }\r
 115 \r
 116         String head = headers.elementAt(i).toString();\r
 117         int start = 1;\r
 118         int end = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 119 \r
 120         if (head.indexOf("/") > 0)\r
 121         {\r
 122           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head, "/");\r
 123 \r
 124           if (st.countTokens() == 2)\r
 125           {\r
 126             ids.addElement(st.nextToken());\r
 127 \r
 128             String tmp = st.nextToken();\r
 129             st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 130 \r
 131             if (st.countTokens() == 2)\r
 132             {\r
 133               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 134               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 135             }\r
 136             else\r
 137             {\r
 138               start = -1;\r
 139               end = -1;\r
 140             }\r
 141           }\r
 142           else\r
 143           {\r
 144             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 145           }\r
 146         }\r
 147         else\r
 148         {\r
 149           ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 150         }\r
 151 \r
 152         Sequence newSeq = null;\r
 153 \r
 154         if ( (start != -1) && (end != -1))\r
 155         {\r
 156           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 157                                 seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 158                                 .toString(), start, end);\r
 159           seqs.addElement(newSeq);\r
 160         }\r
 161         else\r
 162         {\r
 163           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 164                                 seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 165                                 .toString(), 1,\r
 166                                 seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 167                                 .toString().length());\r
 168           seqs.addElement(newSeq);\r
 169         }\r
 170 \r
 171         if (!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 172         {\r
 173           throw new IOException(\r
 174               "Not a valid protein sequence - (PFAM input)");\r
 175         }\r
 176       }\r
 177       else\r
 178       {\r
 179         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for " +\r
 180                            headers.elementAt(i));\r
 181       }\r
 182     }\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public static String print(SequenceI[] s)\r
 186   {\r
 187     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 188 \r
 189     int max = 0;\r
 190     int maxid = 0;\r
 191 \r
 192     int i = 0;\r
 193 \r
 194     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 195     {\r
 196       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 197           s[i].getEnd();\r
 198 \r
 199       if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 200       {\r
 201         max = s[i].getSequence().length();\r
 202       }\r
 203 \r
 204       if (tmp.length() > maxid)\r
 205       {\r
 206         maxid = tmp.length();\r
 207       }\r
 208 \r
 209       i++;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     if (maxid < 15)\r
 213     {\r
 214       maxid = 15;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     int j = 0;\r
 218 \r
 219     while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 220     {\r
 221       out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() +\r
 222           "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 223 \r
 224       out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
 225       j++;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     out.append("\n");\r
 229 \r
 230     return out.toString();\r
 231   }\r
 232 \r
 233   public String print()\r
 234   {\r
 235     return print(getSeqsAsArray());\r
 236   }\r
 237 }\r