src/jalview/io/PileUpfile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 /**\r
  22  * <p>Title: </p>\r
  23  *  PileUpfile\r
  24  * <p>Description: </p>\r
  25  *\r
  26  *  Read and write PileUp style MSF Files.\r
  27  *  This used to be the MSFFile class, and was written according to the EBI's idea\r
  28  *  of a subset of the MSF alignment format. But, that was updated to reflect current\r
  29  *  GCG style IO fashion, as found in Emboss (thanks David Martin!)\r
  30  *\r
  31  **/\r
  32 import java.io.*;\r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import jalview.datamodel.*;\r
  36 import jalview.util.*;\r
  37 \r
  38 public class PileUpfile\r
  39     extends AlignFile\r
  40 {\r
  41   public PileUpfile()\r
  42   {\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public PileUpfile(String inStr)\r
  46   {\r
  47     super(inStr);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public PileUpfile(String inFile, String type)\r
  51       throws IOException\r
  52   {\r
  53     super(inFile, type);\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void parse()\r
  57   {\r
  58     int i = 0;\r
  59     boolean seqFlag = false;\r
  60     String key = new String();\r
  61     Vector headers = new Vector();\r
  62     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  63     String line;\r
  64 \r
  65     try\r
  66     {\r
  67       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  68       {\r
  69         StringTokenizer str = new StringTokenizer(line);\r
  70 \r
  71         while (str.hasMoreTokens())\r
  72         {\r
  73           String inStr = str.nextToken();\r
  74 \r
  75           //If line has header information add to the headers vector\r
  76           if (inStr.indexOf("Name:") != -1)\r
  77           {\r
  78             key = str.nextToken();\r
  79             headers.addElement(key);\r
  80           }\r
  81 \r
  82           //if line has // set SeqFlag to 1 so we know sequences are coming\r
  83           if (inStr.indexOf("//") != -1)\r
  84           {\r
  85             seqFlag = true;\r
  86           }\r
  87 \r
  88           //Process lines as sequence lines if seqFlag is set\r
  89           if ( (inStr.indexOf("//") == -1) && (seqFlag == true))\r
  90           {\r
  91             //seqeunce id is the first field\r
  92             key = inStr;\r
  93 \r
  94             StringBuffer tempseq;\r
  95 \r
  96             //Get sequence from hash if it exists\r
  97             if (seqhash.containsKey(key))\r
  98             {\r
  99               tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(key);\r
 100             }\r
 101             else\r
 102             {\r
 103               tempseq = new StringBuffer();\r
 104               seqhash.put(key, tempseq);\r
 105             }\r
 106 \r
 107             //loop through the rest of the words\r
 108             while (str.hasMoreTokens())\r
 109             {\r
 110               //append the word to the sequence\r
 111               tempseq.append(str.nextToken());\r
 112             }\r
 113           }\r
 114         }\r
 115       }\r
 116     }\r
 117     catch (IOException e)\r
 118     {\r
 119       System.err.println("Exception parsing PileUpfile " + e);\r
 120       e.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     this.noSeqs = headers.size();\r
 124 \r
 125     //Add sequences to the hash\r
 126     for (i = 0; i < headers.size(); i++)\r
 127     {\r
 128       if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)\r
 129       {\r
 130         String head = headers.elementAt(i).toString();\r
 131         String seq = seqhash.get(head).toString();\r
 132 \r
 133         int start = 1;\r
 134         int end = -1;\r
 135 \r
 136         if (maxLength < head.length())\r
 137         {\r
 138           maxLength = head.length();\r
 139         }\r
 140 \r
 141         if (head.indexOf("/") > 0)\r
 142         {\r
 143           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head, "/");\r
 144 \r
 145           if (st.countTokens() == 2)\r
 146           {\r
 147             head = st.nextToken();\r
 148 \r
 149             String tmp = st.nextToken();\r
 150             st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 151 \r
 152             if (st.countTokens() == 2)\r
 153             {\r
 154               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 155               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 156             }\r
 157           }\r
 158         }\r
 159 \r
 160         Sequence newSeq = new Sequence(head, seq, start, end);\r
 161 \r
 162         seqs.addElement(newSeq);\r
 163       }\r
 164       else\r
 165       {\r
 166         System.err.println(\r
 167             "PileUpfile Parser: Can't find sequence for " +\r
 168             headers.elementAt(i));\r
 169       }\r
 170     }\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public static int checkSum(String seq)\r
 174   {\r
 175 \r
 176     int check = 0;\r
 177 \r
 178     String sequence = seq.toUpperCase();\r
 179 \r
 180     for (int i = 0; i < sequence.length(); i++)\r
 181     {\r
 182         if (i < sequence.length())\r
 183         {\r
 184           int value = sequence.charAt(i);\r
 185           if (value != -1)\r
 186           {\r
 187             check += (i % 57 + 1) * value;\r
 188           }\r
 189         }\r
 190 \r
 191     }\r
 192 \r
 193     return check % 10000;\r
 194   }\r
 195 \r
 196   public static String print(SequenceI[] s)\r
 197   {\r
 198     StringBuffer out = new StringBuffer("PileUp\n\n");\r
 199 \r
 200     int max = 0;\r
 201     int maxid = 0;\r
 202 \r
 203     int i = 0;\r
 204     int bigChecksum = 0;\r
 205     int[] checksums = new int[s.length];\r
 206     while (i < s.length)\r
 207     {\r
 208       checksums[i] = checkSum(s[i].getSequence());\r
 209       bigChecksum += checksums[i];\r
 210       i++;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length() +\r
 214                "   Type: P    Check:  " + bigChecksum%10000 + "   ..\n\n\n");\r
 215 \r
 216     i=0;\r
 217     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 218     {\r
 219       String seq = s[i].getSequence();\r
 220       out.append(" Name: " + s[i].getName() +\r
 221                    "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 222                  " oo  Len:  " +\r
 223                  s[i].getSequence().length() + "  Check:  " + checksums[i] +\r
 224                  "  Weight:  1.00\n");\r
 225 \r
 226       if (seq.length() > max)\r
 227       {\r
 228         max = seq.length();\r
 229       }\r
 230 \r
 231       if (s[i].getName().length() > maxid)\r
 232       {\r
 233         maxid = s[i].getName().length();\r
 234       }\r
 235 \r
 236       i++;\r
 237     }\r
 238 \r
 239     if (maxid < 10)\r
 240     {\r
 241       maxid = 10;\r
 242     }\r
 243 \r
 244     maxid++;\r
 245     out.append("\n\n//\n\n");\r
 246 \r
 247     int len = 50;\r
 248 \r
 249     int nochunks = (max / len) + 1;\r
 250 \r
 251     if ( (max % len) == 0)\r
 252     {\r
 253       nochunks--;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     for (i = 0; i < nochunks; i++)\r
 257     {\r
 258       int j = 0;\r
 259 \r
 260       while ( (j < s.length) && (s[j] != null))\r
 261       {\r
 262         String name = s[j].getName();\r
 263        // out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(name) + " ");\r
 264 \r
 265          out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(name\r
 266           + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 267 \r
 268         for (int k = 0; k < 5; k++)\r
 269         {\r
 270           int start = (i * 50) + (k * 10);\r
 271           int end = start + 10;\r
 272 \r
 273           if ( (end < s[j].getSequence().length()) &&\r
 274               (start < s[j].getSequence().length()))\r
 275           {\r
 276             out.append(s[j].getSequence().substring(start, end));\r
 277 \r
 278             if (k < 4)\r
 279             {\r
 280               out.append(" ");\r
 281             }\r
 282             else\r
 283             {\r
 284               out.append("\n");\r
 285             }\r
 286           }\r
 287           else\r
 288           {\r
 289             if (start < s[j].getSequence().length())\r
 290             {\r
 291               out.append(s[j].getSequence().substring(start));\r
 292               out.append("\n");\r
 293             }\r
 294             else\r
 295             {\r
 296               if (k == 0)\r
 297               {\r
 298                 out.append("\n");\r
 299               }\r
 300             }\r
 301           }\r
 302         }\r
 303 \r
 304         j++;\r
 305       }\r
 306 \r
 307       out.append("\n");\r
 308     }\r
 309 \r
 310     return out.toString();\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public String print()\r
 314   {\r
 315     return print(getSeqsAsArray());\r
 316   }\r
 317 }\r