src/jalview/io/PileUpfile.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 /**
   4  * <p>Title: </p>
   5  *  PileUpfile
   6  * <p>Description: </p>
   7  *
   8  *  Read and write PileUp style MSF Files.
   9  *  This used to be the MSFFile class, and was written according to the EBI's idea
  10  *  of a subset of the MSF alignment format. But, that was updated to reflect current
  11  *  GCG style IO fashion, as found in Emboss (thanks David Martin!)
  12  *
  13  **/
  14
  15
  16 import jalview.datamodel.*;
  17 import jalview.util.*;
  18
  19 import java.io.*;
  20 import java.util.*;
  21
  22
  23 public class PileUpfile
  24     extends AlignFile
  25 {
  26
  27 public PileUpfile()
  28 {}
  29
  30 public PileUpfile(String inStr) {
  31   super(inStr);
  32 }
  33
  34 public PileUpfile(String inFile, String type) throws IOException {
  35   super(inFile,type);
  36 }
  37
  38 public void parse() {
  39
  40   int       i       = 0;
  41   boolean   seqFlag = false;
  42   String    key     = new String();
  43   Vector    headers = new Vector();
  44   Hashtable seqhash = new Hashtable();
  45   String    line;
  46
  47   try {
  48   while ((line = nextLine()) != null) {
  49
  50     StringTokenizer str = new StringTokenizer(line);
  51
  52     while (str.hasMoreTokens()) {
  53
  54       String inStr = str.nextToken();
  55
  56       //If line has header information add to the headers vector
  57       if (inStr.indexOf("Name:") != -1) {
  58         key = str.nextToken();
  59         headers.addElement(key);
  60       }
  61
  62       //if line has // set SeqFlag to 1 so we know sequences are coming
  63       if (inStr.indexOf("//") != -1) {
  64         seqFlag = true;
  65       }
  66
  67       //Process lines as sequence lines if seqFlag is set
  68       if (( inStr.indexOf("//") == -1) && (seqFlag == true)) {
  69         //seqeunce id is the first field
  70         key = inStr;
  71         StringBuffer tempseq;
  72
  73         //Get sequence from hash if it exists
  74         if (seqhash.containsKey(key)) {
  75           tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(key);
  76         } else {
  77           tempseq = new StringBuffer();
  78           seqhash.put(key,tempseq);
  79         }
  80
  81         //loop through the rest of the words
  82         while (str.hasMoreTokens()) {
  83           //append the word to the sequence
  84           tempseq.append(str.nextToken());
  85         }
  86       }
  87     }
  88   }
  89   } catch (IOException e) {
  90     System.err.println("Exception parsing PileUpfile " + e);
  91     e.printStackTrace();
  92   }
  93
  94   this.noSeqs = headers.size();
  95
  96   //Add sequences to the hash
  97   for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {
  98
  99     if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {
 100       String head =  headers.elementAt(i).toString();
 101       String seq  =  seqhash.get(head).toString();
 102
 103       int start = 1;
 104       int end = seq.length();
 105
 106       if (maxLength <  head.length() ) {
 107         maxLength =  head.length();
 108       }
 109
 110       if (head.indexOf("/") > 0 ) {
 111
 112         StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");
 113
 114         if (st.countTokens() == 2) {
 115
 116           head = st.nextToken();
 117           String tmp = st.nextToken();
 118           st = new StringTokenizer(tmp,"-");
 119           if (st.countTokens() == 2) {
 120             start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();
 121             end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();
 122           }
 123         }
 124       }
 125
 126       Sequence newSeq = new Sequence(head,seq,start,end);
 127
 128       seqs.addElement(newSeq);
 129
 130     } else {
 131       System.err.println("PileUpfile Parser: Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));
 132     }
 133   }
 134
 135 }
 136
 137 public static int checkSum(String seq) {
 138   //String chars =  "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz.*~&@";
 139   int check = 0;
 140
 141   String index =  "--------------------------------------&---*---.-----------------@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ------ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ----@";
 142   index += "--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------";
 143
 144   for(int i = 0; i < seq.length(); i++) {
 145     try {
 146       if (i <seq.length()) {
 147         int pos = index.indexOf(seq.substring(i,i+1));
 148         if (!index.substring(pos,pos+1).equals("_")) {
 149           check += ((i % 57) + 1) * pos;
 150         }
 151       }
 152     } catch (Exception e) {
 153       System.err.println("Exception during MSF Checksum calculation");
 154       e.printStackTrace();
 155     }
 156   }
 157   return check % 10000;
 158 }
 159
 160 public static String print(SequenceI[] s) {
 161   StringBuffer out = new StringBuffer("PileUp\n\n");
 162
 163   int max = 0;
 164   int maxid = 0;
 165
 166   int i = 0;
 167   String big = "";
 168   while (i < s.length && s[i] != null) {
 169     big += s[i].getSequence();
 170     i++;
 171   }
 172   i = 0;
 173   int bigcheck = checkSum(big);
 174
 175   out.append("   MSF: " + s[0].getSequence().length() + "   Type: P    Check:  " + bigcheck + "   ..\n\n\n");
 176
 177   while (i < s.length && s[i] != null) {
 178     String seq = s[i].getSequence();
 179     String name =  s[i].getName()+ "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd();
 180     int check = checkSum(s[i].getSequence());
 181     out.append(" Name: " + name + " oo  Len:  " + s[i].getSequence().length() + "  Check:  " + check + "  Weight:  1.00\n");
 182     if (seq.length() > max) {
 183       max = seq.length();
 184     }
 185     if (name.length() > maxid) {
 186       maxid = name.length();
 187     }
 188     i++;
 189   }
 190
 191   if (maxid < 10) {
 192     maxid = 10;
 193   }
 194   maxid++;
 195   out.append( "\n\n//\n\n");
 196
 197   int len = 50;
 198
 199   int nochunks =  max / len + 1;
 200   if (max%len == 0) {
 201     nochunks--;
 202   }
 203   for (i = 0; i < nochunks; i++) {
 204     int j = 0;
 205     while (j < s.length && s[j] != null) {
 206       String name =  s[j].getName();
 207       out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(name + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");
 208       for (int k = 0; k < 5; k++) {
 209
 210         int start = i*50 + k*10;
 211         int end = start + 10;
 212
 213         if (end < s[j].getSequence().length() && start < s[j].getSequence().length() ) {
 214           out.append(s[j].getSequence().substring(start,end));
 215           if (k < 4) {
 216             out.append(" ");
 217           } else {
 218             out.append("\n");
 219           }
 220         } else {
 221           if (start < s[j].getSequence().length()) {
 222             out.append(s[j].getSequence().substring(start));
 223             out.append("\n");
 224           } else {
 225             if (k == 0) {
 226               out.append("\n");
 227             }
 228           }
 229         }
 230       }
 231       j++;
 232     }
 233     out.append("\n");
 234
 235   }
 236   return out.toString();
 237 }
 238 public String print() {
 239   return print(getSeqsAsArray());
 240 }
 241 }
 242
 243
 244
 245
 246
 247
 248