src/jalview/io/RnamlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.Rna;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.BufferedReader;
  31 import java.io.FileNotFoundException;
  32 import java.io.FileReader;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import com.stevesoft.pat.Regex;
  38
  39 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  40 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  41 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  42 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  43 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  44
  45 public class RnamlFile extends AlignFile
  46 {
  47   public String id;
  48
  49   protected ArrayList<RNA> result;
  50
  51   public RnamlFile()
  52   {
  53     super();
  54
  55   }
  56
  57   public RnamlFile(String inFile, String type) throws IOException
  58   {
  59     super(inFile, type);
  60
  61   }
  62
  63   public RnamlFile(FileParse source) throws IOException
  64   {
  65     super(source);
  66
  67   }
  68
  69   public BufferedReader CreateReader() throws FileNotFoundException
  70   {
  71     FileReader fr = null;
  72     fr = new FileReader(inFile);
  73
  74     BufferedReader r = new BufferedReader(fr);
  75     return r;
  76   }
  77
  78   /*
  79    * (non-Javadoc)
  80    *
  81    * @see jalview.io.AlignFile#parse()
  82    */
  83   @Override
  84   public void parse() throws IOException
  85   {
  86     if (System.getProperty("java.version").indexOf("1.6") > -1
  87             || System.getProperty("java.version").indexOf("1.5") > -1)
  88     {
  89       // patch for 'This parser does not support specification "null" version
  90       // "null"' error
  91       // this hack ensures we get a properly updated SAXParserFactory on older
  92       // JVMs
  93       // thanks to Stefan Birkner over at https://coderwall.com/p/kqsrrw
  94       System.setProperty("javax.xml.parsers.SAXParserFactory",
  95               "com.sun.org.apache.xerces.internal.jaxp.SAXParserFactoryImpl");
  96     }
  97     // rather than lose exception semantics whilst parsing RNAML with VARNA we
  98     // wrap the routine and catch all exceptions before passing them up the
  99     // chain as an IOException
 100     try
 101     {
 102       _parse();
 103     } catch (ExceptionPermissionDenied pdx)
 104     {
 105       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 106               "exception.rnaml_couldnt_access_datasource",
 107               new String[] { pdx.getMessage() });
 108       throw new IOException(pdx);
 109     } catch (ExceptionLoadingFailed lf)
 110     {
 111       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 112               "exception.ranml_couldnt_process_data",
 113               new String[] { lf.getMessage() });
 114       throw new IOException(lf);
 115     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax iff)
 116     {
 117       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 118               "exception.ranml_invalid_file",
 119               new String[] { iff.getMessage() });
 120       throw new IOException(iff);
 121     } catch (Exception x)
 122     {
 123       error = true;
 124       errormessage = MessageManager.formatMessage(
 125               "exception.ranml_problem_parsing_data",
 126               new String[] { x.getMessage() });
 127       throw new IOException(errormessage, x);
 128     }
 129   }
 130
 131   @SuppressWarnings("unchecked")
 132   public void _parse() throws FileNotFoundException,
 133           ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed,
 134           ExceptionFileFormatOrSyntax
 135   {
 136
 137     result = RNAFactory.loadSecStrRNAML(getReader());
 138
 139     // ArrayList<ArrayList> allarray = new ArrayList();
 140     // ArrayList<ArrayList<SimpleBP>> BP = new ArrayList();
 141     // ArrayList strucinarray = new ArrayList();
 142     SequenceI[] sqs = new SequenceI[result.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < result.size(); i++)
 145     {
 146
 147       RNA current = result.get(i);
 148       String rna = current.getStructDBN(true);
 149       String seq = current.getSeq();
 150       int begin = 1;
 151       int end = seq.length();
 152
 153       id = current.getName();
 154       if (id == null || id.trim().length() == 0)
 155       {
 156         id = safeName(getDataName());
 157         if (result.size() > 1)
 158         {
 159           id += "." + i;
 160         }
 161       }
 162       sqs[i] = new Sequence(id, seq, begin, end);
 163
 164       sqs[i].setEnd(sqs[i].findPosition(sqs[i].getLength()));
 165       String[] annot = new String[rna.length()];
 166       Annotation[] ann = new Annotation[rna.length()];
 167
 168       for (int j = 0; j < rna.length(); j++)
 169       {
 170         annot[j] = "" + rna.charAt(j);
 171
 172       }
 173       for (int k = 0; k < rna.length(); k++)
 174       {
 175         ann[k] = new Annotation(annot[k], "", Rna.getRNASecStrucState(
 176                 annot[k]).charAt(0), 0f);
 177       }
 178
 179       AlignmentAnnotation align = new AlignmentAnnotation(
 180               "Secondary Structure",
 181               current.getID().trim().length() > 0 ? "Secondary Structure for "
 182                       + current.getID()
 183                       : "", ann);
 184
 185       sqs[i].addAlignmentAnnotation(align);
 186       sqs[i].setRNA(result.get(i));
 187
 188       // allarray.add(strucinarray);
 189
 190       annotations.addElement(align);
 191       // BP.add(align.bps);
 192
 193     }
 194
 195     setSeqs(sqs);
 196   }
 197
 198   public static String print(SequenceI[] s)
 199   {
 200     return "not yet implemented";
 201   }
 202
 203   @Override
 204   public String print()
 205   {
 206     System.out.print("print :");
 207     return print(getSeqsAsArray());
 208   }
 209
 210   public List<RNA> getRNA()
 211   {
 212     return result;
 213   }
 214
 215   // public static void main(String[] args) {
 216   // Pattern p= Pattern.compile("(.+)[.][^.]+");
 217   // Matcher m = p.matcher("toto.xml.zip");
 218   // System.out.println(m.matches());
 219   // System.out.println(m.group(1));
 220   // }
 221   /**
 222    * make a friendly ID string.
 223    *
 224    * @param dataName
 225    * @return truncated dataName to after last '/'
 226    */
 227   private String safeName(String dataName)
 228   {
 229     int b = 0;
 230     if ((b = dataName.lastIndexOf(".")) > 0)
 231     {
 232       dataName = dataName.substring(0, b - 1);
 233     }
 234     b = 0;
 235     Regex m = new Regex("[\\/]?([-A-Za-z0-9]+)\\.?");
 236     String mm = dataName;
 237     while (m.searchFrom(dataName, b))
 238     {
 239       mm = m.stringMatched();
 240       b = m.matchedTo();
 241     }
 242     return mm;
 243   }
 244 }