src/jalview/io/SequenceFeatureFetcher.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.gui.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;\r
  30 \r
  31 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  32 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class SequenceFeatureFetcher implements Runnable\r
  43 {\r
  44 \r
  45   AlignmentI align;\r
  46   AlignmentI dataset;\r
  47   AlignmentPanel ap;\r
  48   ArrayList unknownSequences;\r
  49   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();\r
  50   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
  51   boolean uniprotFlag = false;\r
  52 \r
  53   public SequenceFeatureFetcher()\r
  54   {}\r
  55 \r
  56   public Vector getUniprotEntries(File file)\r
  57   {\r
  58 \r
  59     UniprotFile uni = new UniprotFile();\r
  60     try\r
  61     {\r
  62       // 1. Load the mapping information from the file\r
  63       Mapping map = new Mapping(uni.getClass().getClassLoader());\r
  64       java.net.URL url = getClass().getResource("/uniprot_mapping.xml");\r
  65       map.loadMapping(url);\r
  66 \r
  67       // 2. Unmarshal the data\r
  68       Unmarshaller unmar = new Unmarshaller();\r
  69       unmar.setIgnoreExtraElements(true);\r
  70       unmar.setMapping(map);\r
  71       uni = (UniprotFile) unmar.unmarshal(new FileReader(file));\r
  72 \r
  73     }\r
  74     catch (Exception e)\r
  75     {\r
  76       System.out.println("Error getUniprotEntries() "+e);\r
  77     }\r
  78     return uni.getUniprotEntries();\r
  79   }\r
  80 \r
  81   /**\r
  82    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object.\r
  83    *\r
  84    * @param align DOCUMENT ME!\r
  85    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  86    */\r
  87   public SequenceFeatureFetcher(AlignmentI align, AlignmentPanel ap)\r
  88   {\r
  89     unknownSequences = new ArrayList();\r
  90     this.align = align;\r
  91     this.dataset = align.getDataset();\r
  92     this.ap = ap;\r
  93 \r
  94     Thread thread = new Thread(this);\r
  95     thread.start();\r
  96   }\r
  97 \r
  98   /**\r
  99    * DOCUMENT ME!\r
 100    */\r
 101   public void run()\r
 102   {\r
 103     try\r
 104     {\r
 105       int seqIndex = 0;\r
 106       Vector sequences = dataset.getSequences();\r
 107 \r
 108       while (seqIndex < sequences.size())\r
 109       {\r
 110         Vector ids = new Vector();\r
 111 \r
 112         for (int i = 0; (seqIndex < sequences.size()) && (i < 50);\r
 113              seqIndex++, i++)\r
 114         {\r
 115           Sequence sequence = (Sequence) sequences.get(seqIndex);\r
 116           if(sequence.getSequenceFeatures()==null)\r
 117           {\r
 118             if (!ids.contains(sequence.getName()))\r
 119             {\r
 120               ids.add(sequence.getName());\r
 121               unknownSequences.add(sequence);\r
 122             }\r
 123           }\r
 124         }\r
 125 \r
 126         ///////////////////////////////////\r
 127         ///READ FROM EBI\r
 128         if (ids.size() > 0)\r
 129         {\r
 130           StringBuffer remainingIds = new StringBuffer("uniprot:");\r
 131           for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 132            {\r
 133              if(ids.get(i).toString().indexOf("|")>-1)\r
 134              {\r
 135                remainingIds.append(ids.get(i).toString().substring(\r
 136                    ids.get(i).toString().lastIndexOf("|") + 1));\r
 137                uniprotFlag = true;\r
 138              }\r
 139              remainingIds.append(ids.get(i) + ";");\r
 140            }\r
 141           EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 142           File file = ebi.fetchDataAsFile(remainingIds.toString(),\r
 143                                           "xml", "raw");\r
 144 \r
 145 \r
 146 \r
 147           if (file != null)\r
 148           {\r
 149             ReadUniprotFile(file, ids);\r
 150           }\r
 151         }\r
 152       }\r
 153     }\r
 154     catch (Exception ex)\r
 155     {\r
 156       ex.printStackTrace();\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (sbuffer.length() > 0)\r
 160     {\r
 161       output.setText(\r
 162           "Your sequences have been matched to Uniprot. Some of the ids have been\n" +\r
 163           "altered, most likely the start/end residue will have been updated.\n" +\r
 164           "Save your alignment to maintain the updated id.\n\n" +\r
 165           sbuffer.toString());\r
 166       Desktop.addInternalFrame(output, "Sequence names updated ", 600, 300);\r
 167       // The above is the dataset, we must now find out the index\r
 168       // of the viewed sequence\r
 169 \r
 170     }\r
 171 \r
 172     promptBeforeBlast();\r
 173 \r
 174   }\r
 175 \r
 176 \r
 177   void promptBeforeBlast()\r
 178    {\r
 179      // This must be outside the run() body as java 1.5\r
 180      // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.\r
 181       if (unknownSequences.size() > 0)\r
 182       {\r
 183        // int reply = javax.swing.JOptionPane.showConfirmDialog(\r
 184        //     Desktop.desktop, "Couldn't find a match for "+unknownSequences.size()+" sequences."\r
 185         //        +"\nPerform blast for unknown sequences?",\r
 186         //            "Blast for Unidentified Sequences",\r
 187         //             javax.swing.JOptionPane.YES_NO_OPTION, javax.swing.JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 188      javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(\r
 189     Desktop.desktop, "Couldn't find a match for "+unknownSequences.size()+" sequences.",\r
 190             "Unidentified Sequences",\r
 191              javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 192 \r
 193 \r
 194       //  if(reply == javax.swing.JOptionPane.YES_OPTION)\r
 195      //    new WSWUBlastClient(ap, align, unknownSequences);\r
 196       }\r
 197 \r
 198 \r
 199     ap.repaint();\r
 200   }\r
 201 \r
 202   /**\r
 203    * DOCUMENT ME!\r
 204    *\r
 205    * @param result DOCUMENT ME!\r
 206    * @param out DOCUMENT ME!\r
 207    * @param align DOCUMENT ME!\r
 208    */\r
 209   void ReadUniprotFile(File file, Vector ids)\r
 210   {\r
 211     if(!file.exists())\r
 212       return;\r
 213 \r
 214     SequenceI sequence = null;\r
 215 \r
 216     Vector entries = getUniprotEntries(file);\r
 217 \r
 218     int i, iSize = entries==null?0:entries.size();\r
 219     UniprotEntry entry;\r
 220     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 221     {\r
 222       entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);\r
 223       String idmatch = entry.getAccession().elementAt(0).toString();\r
 224       sequence = dataset.findName(idmatch);\r
 225 \r
 226       if (sequence == null)\r
 227       {\r
 228         //Sequence maybe Name, not Accession\r
 229         idmatch = entry.getName().elementAt(0).toString();\r
 230         sequence = dataset.findName(idmatch);\r
 231       }\r
 232 \r
 233       if(sequence!=null)\r
 234         ids.remove(sequence.getName());\r
 235 \r
 236       else  if (sequence == null && uniprotFlag)\r
 237       {\r
 238           sequence = dataset.findName("UniProt/Swiss-Prot|"+entry.getAccession().elementAt(0)+"|"+idmatch);\r
 239           ids.remove(idmatch);\r
 240       }\r
 241 \r
 242       if(sequence ==null)\r
 243       {\r
 244         System.out.println(idmatch+" not found");\r
 245         continue;\r
 246       }\r
 247 \r
 248 \r
 249       String nonGapped = AlignSeq.extractGaps("-. ", sequence.getSequence());\r
 250 \r
 251       int absStart = entry.getUniprotSequence().getContent().indexOf(\r
 252           nonGapped.toString());\r
 253 \r
 254       if (absStart == -1)\r
 255       {\r
 256         // Is UniprotSequence contained in dataset sequence?\r
 257         absStart = nonGapped.toString().indexOf(entry.getUniprotSequence().getContent());\r
 258         if(absStart == -1)\r
 259         {\r
 260           sbuffer.append(sequence.getName() +\r
 261                          " SEQUENCE NOT %100 MATCH \n");\r
 262 \r
 263           continue;\r
 264         }\r
 265         else\r
 266         {\r
 267 \r
 268           if(entry.getFeature()!=null)\r
 269           {\r
 270             Enumeration e = entry.getFeature().elements();\r
 271             while (e.hasMoreElements())\r
 272             {\r
 273               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 274               sf.setBegin(sf.getBegin() + absStart + 1);\r
 275               sf.setEnd(sf.getEnd() + absStart + 1);\r
 276             }\r
 277           }\r
 278 \r
 279           sbuffer.append(sequence.getName() +\r
 280                          " HAS "+absStart+" PREFIXED RESIDUES COMPARED TO UNIPROT - ANY SEQUENCE FEATURES"\r
 281                         +" HAVE BEEN ADJUSTED ACCORDINGLY \n");\r
 282           absStart = 0;\r
 283         }\r
 284 \r
 285       }\r
 286 \r
 287       unknownSequences.remove(sequence);\r
 288 \r
 289       int absEnd = absStart + nonGapped.toString().length();\r
 290       absStart += 1;\r
 291 \r
 292       Enumeration e = entry.getDbReference().elements();\r
 293       Vector onlyPdbEntries = new Vector();\r
 294       while(e.hasMoreElements())\r
 295       {\r
 296         PDBEntry pdb = (PDBEntry)e.nextElement();\r
 297         if(!pdb.getType().equals("PDB"))\r
 298           continue;\r
 299 \r
 300         onlyPdbEntries.addElement(pdb);\r
 301       }\r
 302 \r
 303       sequence.setPDBId(onlyPdbEntries);\r
 304       e = entry.getFeature().elements();\r
 305       while(e.hasMoreElements())\r
 306       {\r
 307           sequence.addSequenceFeature((SequenceFeature)e.nextElement());\r
 308       }\r
 309       sequence.setStart(absStart);\r
 310       sequence.setEnd(absEnd);\r
 311 \r
 312 \r
 313       int n = 0;\r
 314       SequenceI seq2;\r
 315       while (n < align.getHeight())\r
 316       {\r
 317         //This loop enables multiple sequences with the same\r
 318         //id to have features added and seq limits updated\r
 319         seq2 = align.getSequenceAt(n);\r
 320         if (seq2.getName().equals(idmatch))\r
 321         {\r
 322 \r
 323           nonGapped = AlignSeq.extractGaps("-. ", seq2.getSequence());\r
 324 \r
 325           absStart = sequence.getSequence().indexOf(nonGapped);\r
 326           absEnd = absStart + nonGapped.toString().length() - 1;\r
 327 \r
 328           // This is the Viewd alignment sequences\r
 329           // No need to tell the user of the dataset updates\r
 330           if ( (seq2.getStart() != absStart+sequence.getStart())\r
 331              || (seq2.getEnd() != absEnd+sequence.getStart()))\r
 332           {\r
 333             sbuffer.append("Updated: " + seq2.getName() + " " +\r
 334                            seq2.getStart() + "/" + seq2.getEnd() +\r
 335                            "  to  " + (absStart + sequence.getStart()) + "/" +\r
 336                            (absEnd + sequence.getStart()) + "\n");\r
 337 \r
 338             seq2.setStart(absStart + sequence.getStart());\r
 339             seq2.setEnd(absEnd + sequence.getStart());\r
 340           }\r
 341         }\r
 342 \r
 343         n++;\r
 344       }\r
 345     }\r
 346   }\r
 347 }\r
 348 \r
 349 \r