output now takes alignment, not just sequences
[jalview.git] / src / jalview / io / VamsasDatastore.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19
20 package jalview.io;
21
22 import jalview.bin.Cache;
23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.gui.*;
30
31 import java.util.HashMap;
32 import java.util.HashSet;
33 import java.util.Hashtable;
34 import java.util.IdentityHashMap;
35 import java.util.Vector;
36 import java.util.jar.*;
37 import org.exolab.castor.xml.*;
38 import org.exolab.castor.mapping.Mapping;
39
40 /*
41  *
42  * static {
43  * org.exolab.castor.util.LocalConfiguration.getInstance().getProperties().setProperty(
44  * "org.exolab.castor.serializer", "org.apache.xml.serialize.XMLSerilazizer"); }
45  *
46  */
47
48 public class VamsasDatastore {
49
50 }