src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.CutAndPasteTransfer;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Enumeration;
  35 import java.util.StringTokenizer;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.ImageIcon;
  39
  40 import uk.ac.ebi.www.Data;
  41 import uk.ac.ebi.www.InputParams;
  42 import uk.ac.ebi.www.WSFile;
  43 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlast;
  44 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastService;
  45 import uk.ac.ebi.www.WSWUBlastServiceLocator;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class WSWUBlastClient
  54 {
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   AlignmentI al;
  58
  59   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  60
  61   int jobsRunning = 0;
  62
  63   Vector suggestedIds = new Vector();
  64
  65   /**
  66    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  67    *
  68    * @param al
  69    *          DOCUMENT ME!
  70    * @param ids
  71    *          DOCUMENT ME!
  72    */
  73   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  74   {
  75     this.ap = ap;
  76     this.al = al;
  77     output.setText(
  78             MessageManager.getString("label.wswublast_client_credits"));
  79
  80     Desktop.addInternalFrame(output, MessageManager.getString(
  81             "label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800, 300);
  82
  83     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  84     {
  85       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  86       System.out.println(sequence.getName());
  87
  88       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  89       thread.start();
  90       jobsRunning++;
  91     }
  92
  93     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  94     thread.start();
  95   }
  96
  97   /**
  98    * DOCUMENT ME!
  99    *
 100    * @param id1
 101    *          DOCUMENT ME!
 102    * @param res
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    */
 105   void parseResult(Sequence seq, String res)
 106   {
 107     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
 108     String data;
 109     String id2;
 110     int maxFound = 90;
 111     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
 112
 113     while (st.hasMoreTokens())
 114     {
 115       data = st.nextToken();
 116
 117       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 118       {
 119         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 120         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 121
 122         boolean identitiesFound = false;
 123         while (!identitiesFound)
 124         {
 125           data = st.nextToken();
 126
 127           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 128           {
 129             identitiesFound = true;
 130
 131             int value = Integer.parseInt(data
 132                     .substring(data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 133
 134             if (value >= maxFound)
 135             {
 136               maxFound = value;
 137               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 138               suggestedIds.addElement(new Object[] { seq, id2 });
 139             }
 140           }
 141         }
 142       }
 143     }
 144
 145     output.appendText(buffer.toString());
 146   }
 147
 148   void updateIds()
 149   {
 150     // This must be outside the run() body as java 1.5
 151     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 152     int reply = JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 153             "Automatically update suggested ids?",
 154             "Auto replace sequence ids", JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 155
 156     if (reply == JvOptionPane.YES_OPTION)
 157     {
 158       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 159       while (keys.hasMoreElements())
 160       {
 161         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 162
 163         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 164
 165         oldseq.setName(object[1].toString());
 166
 167         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 168         // Visible seq and change its name also.
 169         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 170         {
 171           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 172           {
 173             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 174             break;
 175           }
 176         }
 177
 178         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRefs();
 179         if (entries != null)
 180         {
 181           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 182                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0",
 183                   entries[0].getAccessionId()));
 184         }
 185       }
 186     }
 187     ap.paintAlignment(true, false);
 188
 189   }
 190
 191   class ImageTwirler extends Thread
 192   {
 193     ImageIcon[] imageIcon;
 194
 195     int imageIndex = 0;
 196
 197     public ImageTwirler()
 198     {
 199       imageIcon = new ImageIcon[9];
 200
 201       for (int i = 0; i < 9; i++)
 202       {
 203         java.net.URL url = getClass()
 204                 .getResource("/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 205
 206         if (url != null)
 207         {
 208           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 209         }
 210       }
 211     }
 212
 213     @Override
 214     public void run()
 215     {
 216       while (jobsRunning > 0)
 217       {
 218         try
 219         {
 220           Thread.sleep(100);
 221           imageIndex++;
 222           imageIndex %= 9;
 223           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 224           output.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 225                   "label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running",
 226                   new String[]
 227                   { Integer.valueOf(jobsRunning).toString() }));
 228         } catch (Exception ex)
 229         {
 230         }
 231       }
 232
 233       if (jobsRunning == 0)
 234       {
 235         updateIds();
 236       }
 237     }
 238   }
 239
 240   class BlastThread extends Thread
 241   {
 242     Sequence sequence;
 243
 244     String jobid;
 245
 246     boolean jobComplete = false;
 247
 248     BlastThread(Sequence sequence)
 249     {
 250       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 251       this.sequence = sequence;
 252     }
 253
 254     @Override
 255     public void run()
 256     {
 257       StartJob();
 258
 259       while (!jobComplete)
 260       {
 261         try
 262         {
 263           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 264           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 265           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 266
 267           if (results != null)
 268           {
 269             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 270             parseResult(sequence, result);
 271             jobComplete = true;
 272             jobsRunning--;
 273           }
 274           else
 275           {
 276             Thread.sleep(10000);
 277             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 278                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 279           }
 280         } catch (Exception ex)
 281         {
 282         }
 283       }
 284     }
 285
 286     void StartJob()
 287     {
 288       InputParams params = new InputParams();
 289
 290       params.setProgram("blastp");
 291       params.setDatabase("uniprot");
 292       params.setMatrix("pam10");
 293
 294       params.setNumal(5);
 295       params.setSensitivity("low");
 296       params.setSort("totalscore");
 297       params.setOutformat("txt");
 298       params.setAsync(true);
 299
 300       try
 301       {
 302         Data inputs[] = new Data[1];
 303         Data input = new Data();
 304         input.setType("sequence");
 305         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 306                 sequence.getSequenceAsString()));
 307         inputs[0] = input;
 308
 309         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 310         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 311         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 312       } catch (Exception exp)
 313       {
 314         jobComplete = true;
 315         jobsRunning--;
 316         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 317         exp.printStackTrace();
 318       }
 319     }
 320   }
 321 }