src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.io;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import javax.swing.*;
  23
  24 import jalview.analysis.*;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.gui.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import uk.ac.ebi.www.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class WSWUBlastClient
  37 {
  38   AlignmentPanel ap;
  39
  40   AlignmentI al;
  41
  42   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();
  43
  44   int jobsRunning = 0;
  45
  46   Vector suggestedIds = new Vector();
  47
  48   /**
  49    * Creates a new WSWUBlastClient object.
  50    *
  51    * @param al
  52    *          DOCUMENT ME!
  53    * @param ids
  54    *          DOCUMENT ME!
  55    */
  56   public WSWUBlastClient(AlignmentPanel ap, AlignmentI al, ArrayList ids)
  57   {
  58     this.ap = ap;
  59     this.al = al;
  60     output.setText(MessageManager.getString("label.wswublast_client_credits"));
  61
  62     Desktop.addInternalFrame(output,
  63             MessageManager.getString("label.blasting_for_unidentified_sequence"), 800, 300);
  64
  65     for (int i = 0; i < ids.size(); i++)
  66     {
  67       Sequence sequence = (Sequence) ids.get(i);
  68       System.out.println(sequence.getName());
  69
  70       BlastThread thread = new BlastThread(sequence);
  71       thread.start();
  72       jobsRunning++;
  73     }
  74
  75     ImageTwirler thread = new ImageTwirler();
  76     thread.start();
  77   }
  78
  79   /**
  80    * DOCUMENT ME!
  81    *
  82    * @param id1
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    * @param res
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    */
  87   void parseResult(Sequence seq, String res)
  88   {
  89     StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");
  90     String data;
  91     String id2;
  92     int maxFound = 90;
  93     StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n" + seq.getName() + " :");
  94
  95     while (st.hasMoreTokens())
  96     {
  97       data = st.nextToken();
  98
  99       if (data.indexOf(">UNIPROT") > -1)
 100       {
 101         int index = data.indexOf(">UNIPROT") + 9;
 102         id2 = data.substring(index, data.indexOf(" ", index));
 103
 104         boolean identitiesFound = false;
 105         while (!identitiesFound)
 106         {
 107           data = st.nextToken();
 108
 109           if (data.indexOf("Identities") > -1)
 110           {
 111             identitiesFound = true;
 112
 113             int value = Integer.parseInt(data.substring(
 114                     data.indexOf("(") + 1, data.indexOf("%")));
 115
 116             if (value >= maxFound)
 117             {
 118               maxFound = value;
 119               buffer.append(" " + id2 + " " + value + "%; ");
 120               suggestedIds.addElement(new Object[]
 121               { seq, id2 });
 122             }
 123           }
 124         }
 125       }
 126     }
 127
 128     output.appendText(buffer.toString());
 129   }
 130
 131   void updateIds()
 132   {
 133     // This must be outside the run() body as java 1.5
 134     // will not return any value from the OptionPane to the expired thread.
 135     int reply = JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
 136             "Automatically update suggested ids?",
 137             "Auto replace sequence ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 138
 139     if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)
 140     {
 141       Enumeration keys = suggestedIds.elements();
 142       while (keys.hasMoreElements())
 143       {
 144         Object[] object = (Object[]) keys.nextElement();
 145
 146         Sequence oldseq = (Sequence) object[0];
 147
 148         oldseq.setName(object[1].toString());
 149
 150         // Oldseq is actually in the dataset, we must find the
 151         // Visible seq and change its name also.
 152         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 153         {
 154           if (al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence() == oldseq)
 155           {
 156             al.getSequenceAt(i).setName(oldseq.getName());
 157             break;
 158           }
 159         }
 160
 161         DBRefEntry[] entries = oldseq.getDBRef();
 162         if (entries != null)
 163         {
 164           oldseq.addDBRef(new jalview.datamodel.DBRefEntry(
 165                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT, "0", entries[0]
 166                           .getAccessionId()));
 167         }
 168       }
 169     }
 170     ap.paintAlignment(true);
 171
 172   }
 173
 174   class ImageTwirler extends Thread
 175   {
 176     ImageIcon[] imageIcon;
 177
 178     int imageIndex = 0;
 179
 180     public ImageTwirler()
 181     {
 182       imageIcon = new ImageIcon[9];
 183
 184       for (int i = 0; i < 9; i++)
 185       {
 186         java.net.URL url = getClass().getResource(
 187                 "/images/dna" + (i + 1) + ".gif");
 188
 189         if (url != null)
 190         {
 191           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);
 192         }
 193       }
 194     }
 195
 196     public void run()
 197     {
 198       while (jobsRunning > 0)
 199       {
 200         try
 201         {
 202           Thread.sleep(100);
 203           imageIndex++;
 204           imageIndex %= 9;
 205           output.setFrameIcon(imageIcon[imageIndex]);
 206           output.setTitle("BLASTing for unidentified sequences - "
 207                   + jobsRunning + " jobs running.");
 208         } catch (Exception ex)
 209         {
 210         }
 211       }
 212
 213       if (jobsRunning == 0)
 214       {
 215         updateIds();
 216       }
 217     }
 218   }
 219
 220   class BlastThread extends Thread
 221   {
 222     Sequence sequence;
 223
 224     String jobid;
 225
 226     boolean jobComplete = false;
 227
 228     BlastThread(Sequence sequence)
 229     {
 230       System.out.println("blasting for: " + sequence.getName());
 231       this.sequence = sequence;
 232     }
 233
 234     public void run()
 235     {
 236       StartJob();
 237
 238       while (!jobComplete)
 239       {
 240         try
 241         {
 242           WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 243           WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 244           WSFile[] results = wublast.getResults(jobid);
 245
 246           if (results != null)
 247           {
 248             String result = new String(wublast.poll(jobid, "tooloutput"));
 249             parseResult(sequence, result);
 250             jobComplete = true;
 251             jobsRunning--;
 252           }
 253           else
 254           {
 255             Thread.sleep(10000);
 256             System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "
 257                     + sequence.getName() + " " + jobid); // log.debug
 258           }
 259         } catch (Exception ex)
 260         {
 261         }
 262       }
 263     }
 264
 265     void StartJob()
 266     {
 267       InputParams params = new InputParams();
 268
 269       params.setProgram("blastp");
 270       params.setDatabase("uniprot");
 271       params.setMatrix("pam10");
 272
 273       params.setNumal(5);
 274       params.setSensitivity("low");
 275       params.setSort("totalscore");
 276       params.setOutformat("txt");
 277       params.setAsync(true);
 278
 279       try
 280       {
 281         Data inputs[] = new Data[1];
 282         Data input = new Data();
 283         input.setType("sequence");
 284         input.setContent(AlignSeq.extractGaps("-. ",
 285                 sequence.getSequenceAsString()));
 286         inputs[0] = input;
 287
 288         WSWUBlastService service = new WSWUBlastServiceLocator();
 289         WSWUBlast wublast = service.getWSWUBlast();
 290         jobid = wublast.runWUBlast(params, inputs);
 291       } catch (Exception exp)
 292       {
 293         jobComplete = true;
 294         jobsRunning--;
 295         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());
 296         exp.printStackTrace();
 297       }
 298     }
 299   }
 300 }