src/jalview/io/WSWUBlastClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import org.apache.axis.client.*;\r
  23 import javax.xml.namespace.QName;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.*;\r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 public class WSWUBlastClient\r
  32 {\r
  33   CutAndPasteTransfer output = new CutAndPasteTransfer();\r
  34   int jobsRunning = 0;\r
  35 \r
  36   public WSWUBlastClient(AlignmentI al, ArrayList ids)\r
  37   {\r
  38     output.setText("To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered."\r
  39                 +"\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.");\r
  40     Desktop.addInternalFrame(output, "BLASTing for unidentified sequences ", 800,300);\r
  41 \r
  42     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
  43     {\r
  44      SequenceI sequence =  al.findName( ids.get(i).toString() );\r
  45      StringBuffer nonGapped = new StringBuffer();\r
  46       for (int n = 0; n < sequence.getSequence().length(); n++)\r
  47       {\r
  48         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(n)))\r
  49           nonGapped.append(sequence.getCharAt(n));\r
  50       }\r
  51 \r
  52      BlastThread thread = new BlastThread(ids.get(i).toString(),  nonGapped.toString());\r
  53      thread.start();\r
  54      jobsRunning ++;\r
  55      }\r
  56      ImageTwirler thread = new ImageTwirler();\r
  57      thread.start();\r
  58   }\r
  59 \r
  60   class ImageTwirler extends Thread\r
  61   {\r
  62     ImageIcon [] imageIcon;\r
  63     int imageIndex = 0;\r
  64     public ImageTwirler()\r
  65     {\r
  66       imageIcon = new ImageIcon[9];\r
  67       for(int i=0; i<9; i++)\r
  68       {\r
  69         java.net.URL url = getClass().getResource("/images/dna" + (i+1) + ".gif");\r
  70         if (url != null)\r
  71           imageIcon[i] = new ImageIcon(url);\r
  72       }\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public void run()\r
  76     {\r
  77       while(jobsRunning>0)\r
  78       {\r
  79         try{\r
  80           Thread.sleep(100);\r
  81           imageIndex++;\r
  82           imageIndex %=9;\r
  83           output.setFrameIcon( imageIcon[imageIndex]);\r
  84           output.setTitle("BLASTing for unidentified sequences - "+jobsRunning+" jobs running.");\r
  85 \r
  86         }catch(Exception ex){}\r
  87 \r
  88       }\r
  89     }\r
  90   }\r
  91 \r
  92 \r
  93 \r
  94 \r
  95   class BlastThread extends Thread\r
  96   {\r
  97     String sequence;\r
  98     String seqid;\r
  99     String jobid;\r
 100     boolean jobComplete = false;\r
 101 \r
 102     BlastThread(String id, String sequence)\r
 103     {\r
 104       this.sequence = sequence;\r
 105       seqid = id;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     public void run()\r
 109     {\r
 110       StartJob();\r
 111 \r
 112       while (!jobComplete)\r
 113       {\r
 114         try\r
 115         {\r
 116           Call call = (Call)new Service().createCall();\r
 117           call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
 118               "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast"));\r
 119           call.setOperationName(new QName("WSWUBlast", "polljob"));\r
 120           String result = (String) call.invoke(new Object[]\r
 121                                                {jobid, "xml"});\r
 122           if(result.indexOf("JOB PENDING")==-1 && result.indexOf("JOB RUNNING")==-1)\r
 123           {\r
 124                 parseResult(seqid, result);\r
 125                 jobComplete = true;\r
 126                 jobsRunning --;\r
 127           }\r
 128           Thread.sleep(5000);\r
 129           // System.out.println("WSWuBlastClient: I'm alive "+seqid+" "+jobid); // log.debug\r
 130         }\r
 131         catch (Exception ex)\r
 132         {}\r
 133       }\r
 134     }\r
 135 \r
 136     void StartJob()\r
 137     {\r
 138       HashMap params = new HashMap();\r
 139       params.put("database", "uniprot");\r
 140       params.put("sensitivity", "low");\r
 141       params.put("sort", "totalscore");\r
 142       params.put("matrix", "pam10");\r
 143       params.put("program", "blastp");\r
 144       params.put("alignments", "5");\r
 145       params.put("outformat", "xml");\r
 146       params.put("searchtype", "1");\r
 147       byte[] seqbytes = sequence.getBytes();\r
 148 \r
 149       try\r
 150       {\r
 151         Call call = (Call)new Service().createCall();\r
 152         call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
 153             "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast"));\r
 154         call.setOperationName(new QName("WSWUBlast", "doWUBlast"));\r
 155         String result = (String) call.invoke(new Object[]\r
 156                                              {params, seqbytes});\r
 157         jobid = result;\r
 158         System.out.println("http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/webservices/WSWUBlast JobId '"+jobid+"'");\r
 159 \r
 160       }\r
 161       catch (Exception exp)\r
 162       {\r
 163         System.err.println("WSWUBlastClient error:\n" + exp.toString());\r
 164         exp.printStackTrace();\r
 165       }\r
 166     }\r
 167   }\r
 168 \r
 169     void parseResult(String id1, String res)\r
 170     {\r
 171       StringTokenizer st = new StringTokenizer(res, "\n");\r
 172       String data;\r
 173       String id2;\r
 174       int maxFound = 90;\r
 175       StringBuffer buffer = new StringBuffer("\n\n"+id1+" :");\r
 176 \r
 177       while( st.hasMoreTokens() )\r
 178       {\r
 179         data = st.nextToken();\r
 180 \r
 181         if(data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")>-1)\r
 182         {\r
 183           int index =  data.indexOf("database=\"uniprot\" id=")+ 23;\r
 184           id2 = data.substring( index, data.indexOf("\"", index) );\r
 185           while( data.indexOf("</alignment>")==-1)\r
 186           {\r
 187             data = st.nextToken();\r
 188             if(data.indexOf("<identity>")>-1)\r
 189             {\r
 190               int value = Integer.parseInt( data.substring(data.indexOf("<identity>")+10, data.indexOf("</identity>")));\r
 191               if(value>=maxFound)\r
 192               {\r
 193                 maxFound = value;\r
 194                 buffer.append(" "+ id2 + " " + value+"%; ");\r
 195               }\r
 196             }\r
 197           }\r
 198 \r
 199         }\r
 200 \r
 201 \r
 202       }\r
 203 \r
 204       output.setText(output.getText()+buffer.toString());\r
 205     }\r
 206 \r
 207 }\r