reverting FileFormat; moving BSMLFile and related FileFormat to unused
[jalview.git] / src / jalview / io / gff / Gff2Helper.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io.gff;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26
27 import java.io.IOException;
28 import java.util.List;
29 import java.util.Map;
30
31 public class Gff2Helper extends GffHelperBase
32 {
33   /**
34    * GFF2 uses space character to delimit name/value pairs on column 9
35    * 
36    * @param text
37    * @return
38    */
39   public static Map<String, List<String>> parseNameValuePairs(String text)
40   {
41     // TODO: can a value include a comma? if so it will be broken by this
42     return parseNameValuePairs(text, ";", ' ', ",");
43   }
44
45   /**
46    * Return ' ' as the name-value separator used in column 9 attributes.
47    */
48   @Override
49   protected char getNameValueSeparator()
50   {
51     return ' ';
52   }
53
54   /**
55    * Default processing if not overridden is just to construct a sequence
56    * feature
57    */
58   @Override
59   public SequenceFeature processGff(SequenceI seq, String[] gff,
60           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs,
61           boolean relaxedIdMatching) throws IOException
62   {
63     Map<String, List<String>> attributes = null;
64     if (gff.length > ATTRIBUTES_COL)
65     {
66       attributes = parseNameValuePairs(gff[ATTRIBUTES_COL]);
67     }
68     return buildSequenceFeature(gff, attributes);
69   }
70
71 }