src/jalview/io/gff/Gff2Helper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class Gff2Helper extends GffHelperBase
  32 {
  33   /**
  34    * GFF2 uses space character to delimit name/value pairs on column 9
  35    *
  36    * @param text
  37    * @return
  38    */
  39   public static Map<String, List<String>> parseNameValuePairs(String text)
  40   {
  41     // TODO: can a value include a comma? if so it will be broken by this
  42     return parseNameValuePairs(text, ";", ' ', ",");
  43   }
  44
  45   /**
  46    * Return ' ' as the name-value separator used in column 9 attributes.
  47    */
  48   @Override
  49   protected char getNameValueSeparator()
  50   {
  51     return ' ';
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Default processing if not overridden is just to construct a sequence
  56    * feature
  57    */
  58   @Override
  59   public SequenceFeature processGff(SequenceI seq, String[] gff,
  60           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs,
  61           boolean relaxedIdMatching) throws IOException
  62   {
  63     Map<String, List<String>> attributes = null;
  64     if (gff.length > ATTRIBUTES_COL)
  65     {
  66       attributes = parseNameValuePairs(gff[ATTRIBUTES_COL]);
  67     }
  68     return buildSequenceFeature(gff, attributes);
  69   }
  70
  71 }