src/jalview/io/gff/Gff2Helper.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 public class Gff2Helper extends GffHelperBase
  12 {
  13   /**
  14    * GFF2 uses space character to delimit name/value pairs on column 9
  15    *
  16    * @param text
  17    * @return
  18    */
  19   public static Map<String, List<String>> parseNameValuePairs(String text)
  20   {
  21     // TODO: can a value include a comma? if so it will be broken by this
  22     return parseNameValuePairs(text, ";", ' ', ",");
  23   }
  24
  25   /**
  26    * Return ' ' as the name-value separator used in column 9 attributes.
  27    */
  28   @Override
  29   protected char getNameValueSeparator()
  30   {
  31     return ' ';
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Default processing if not overridden is just to construct a sequence
  36    * feature
  37    */
  38   @Override
  39   public SequenceFeature processGff(SequenceI seq, String[] gff,
  40           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs,
  41           boolean relaxedIdMatching) throws IOException
  42   {
  43     Map<String, List<String>> attributes = null;
  44     if (gff.length > ATTRIBUTES_COL)
  45     {
  46       attributes = parseNameValuePairs(gff[ATTRIBUTES_COL]);
  47     }
  48     return buildSequenceFeature(gff, attributes);
  49   }
  50
  51 }