src/jalview/io/gff/InterProScanHelper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.StringUtils;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 /**
  33  * A handler to parse GFF in the format generated by InterProScan
  34  */
  35 public class InterProScanHelper extends Gff3Helper
  36 {
  37   private static final String INTER_PRO_SCAN = "InterProScan";
  38
  39   private static final String SIGNATURE_DESC = "signature_desc";
  40
  41   /**
  42    * Process one GFF feature line (as modelled by SequenceFeature)
  43    *
  44    * @param seq
  45    *          the sequence with which this feature is associated
  46    * @param gff
  47    *          the gff column data
  48    * @param align
  49    *          the alignment we are adding GFF to
  50    * @param newseqs
  51    *          any new sequences referenced by the GFF
  52    * @param relaxedIdMatching
  53    *          if true, match word tokens in sequence names
  54    * @return a sequence feature if one should be added to the sequence, else
  55    *         null (i.e. it has been processed in another way e.g. to generate a
  56    *         mapping)
  57    * @throws IOException
  58    */
  59   @Override
  60   public SequenceFeature processGff(SequenceI seq, String[] gff,
  61           AlignmentI align, List<SequenceI> newseqs,
  62           boolean relaxedIdMatching) throws IOException
  63   {
  64     /*
  65      * ignore the 'polypeptide' match of the whole sequence
  66      */
  67     if (".".equals(gff[SOURCE_COL]))
  68     {
  69       return null;
  70     }
  71
  72     return super.processGff(seq, gff, align, newseqs, relaxedIdMatching);
  73   }
  74
  75   /**
  76    * An override that
  77    * <ul>
  78    * <li>uses Source (column 2) as feature type instead of the default column 3</li>
  79    * <li>sets "InterProScan" as the feature group</li>
  80    * <li>extracts "signature_desc" attribute as the feature description</li>
  81    * </ul>
  82    */
  83   @Override
  84   protected SequenceFeature buildSequenceFeature(String[] gff,
  85           Map<String, List<String>> attributes)
  86   {
  87     SequenceFeature sf = super.buildSequenceFeature(gff, SOURCE_COL,
  88             INTER_PRO_SCAN, attributes);
  89
  90     /*
  91      * signature_desc is a more informative source of description
  92      */
  93     List<String> desc = attributes.get(SIGNATURE_DESC);
  94     String description = StringUtils.listToDelimitedString(desc, ", ");
  95     if (description.length() > 0)
  96     {
  97       sf.setDescription(description);
  98     }
  99
 100     return sf;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Tests whether the GFF data looks like it was generated by InterProScan
 105    *
 106    * @param columns
 107    * @return
 108    */
 109   public static boolean recognises(String[] columns)
 110   {
 111     SequenceOntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
 112     String type = columns[TYPE_COL];
 113     if (so.isA(type, SequenceOntologyI.PROTEIN_MATCH)
 114             || (".".equals(columns[SOURCE_COL])
 115                     && so.isA(type, SequenceOntologyI.POLYPEPTIDE)))
 116     {
 117       return true;
 118     }
 119     return false;
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Overriden method, because InterProScan GFF has the target sequence id in
 124    * GFF field 'ID' rather than the usual 'Target' :-O
 125    */
 126   @Override
 127   protected String findTargetId(String target,
 128           Map<String, List<String>> set)
 129   {
 130     List<String> ids = set.get(ID);
 131     if (ids == null || ids.size() != 1)
 132     {
 133       return null;
 134     }
 135     return ids.get(0);
 136   }
 137
 138 }