src/jalview/io/packed/ParsePackedSet.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.packed;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.api.FeatureColourI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.io.IdentifyFile;
  32 import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
  33
  34 import java.io.BufferedReader;
  35 import java.io.IOException;
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.HashMap;
  38 import java.util.List;
  39
  40 public class ParsePackedSet
  41 {
  42
  43   /**
  44    * return results as a series of jalview.datamodel objects suitable for
  45    * display
  46    *
  47    * @param context
  48    *          - context which is updated with new data
  49    * @param files
  50    *          - source data
  51    * @return list of data objects added to context
  52    * @throws Exception
  53    */
  54   public Object[] getAlignment(JalviewDataset context,
  55           Iterable<DataProvider> files) throws Exception
  56   {
  57     List<Object> rslt = new ArrayList<>();
  58     if (context == null)
  59     {
  60       context = new JalviewDataset();
  61     }
  62     boolean deuniquify = false;
  63     for (DataProvider dta : files)
  64     {
  65       Exception exerror = null;
  66       String errmsg = null;
  67       FileParse src = dta.getDataSource();
  68       if (dta.getType().equals(DataProvider.JvDataType.ALIGNMENT))
  69       {
  70         FileFormatI fmt = null;
  71         try
  72         {
  73           fmt = new IdentifyFile().identify(src, false);
  74         } catch (Exception ex)
  75         {
  76           exerror = ex;
  77           errmsg = "Couldn't identify alignment format.";
  78         }
  79
  80         if (fmt != null)
  81         {
  82           // parse the alignment
  83           AlignmentI al = null;
  84           try
  85           {
  86             al = new FormatAdapter().readFromFile(src, fmt);
  87           } catch (Exception e)
  88           {
  89             errmsg = "Failed to parse alignment from result set";
  90             exerror = e;
  91           }
  92           if (al != null)
  93           {
  94             // deuniquify and construct/merge additional dataset entries if
  95             // necessary.
  96             context.addAlignment(al);
  97             context.updateSetModified(true);
  98             rslt.add(al);
  99             deuniquify = true;
 100           }
 101         }
 102       }
 103       if (dta.getType().equals(JvDataType.ANNOTATION))
 104       {
 105         if (!context.hasAlignments())
 106         {
 107           errmsg = "No alignment or sequence dataset to associate annotation with.";
 108           // could duplicate the dataset reference here as default behaviour for
 109           // sequence associated annotation ?
 110         }
 111         try
 112         {
 113           BufferedReader br;
 114           if (src.getReader() instanceof BufferedReader)
 115           {
 116             br = (BufferedReader) src.getReader();
 117           }
 118           else
 119           {
 120             br = new BufferedReader(src.getReader());
 121           }
 122           // TODO: add columnSelection to context
 123           if (new jalview.io.AnnotationFile().parseAnnotationFrom(
 124                   context.getLastAlignment(), null, br))
 125           {
 126             context.updateSetModified(true);
 127           }
 128           else
 129           {
 130             errmsg = "Annotation file contained no data.";
 131           }
 132
 133         } catch (Exception e)
 134         {
 135           errmsg = ((errmsg == null) ? "" : errmsg)
 136                   + "Failed to parse the annotation file associated with the alignment.";
 137           exerror = e;
 138         }
 139       }
 140       if (dta.getType().equals(JvDataType.SEQASSOCATED))
 141       {
 142         if (!context.hasSequenceAssoc())
 143         {
 144           errmsg = "No sequence to associate data with.";
 145
 146         }
 147         errmsg = "parsing of sequence associated data is not implemented";
 148         exerror = new Exception(errmsg);
 149       }
 150       if (dta.getType().equals(JvDataType.FEATURES))
 151       {
 152         // check the context has a place to store feature rendering definitions,
 153         // if not, create one.
 154         if (context.featureColours == null)
 155         {
 156           context.featureColours = new HashMap<>();
 157         }
 158         try
 159         {
 160           jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(src);
 161           context.updateSetModified(ff.parse(context.getLastAlignment(),
 162                   context.featureColours, false,
 163                   context.relaxedIdMatching));
 164         } catch (Exception e)
 165         {
 166           errmsg = ("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");
 167           exerror = e;
 168         }
 169       }
 170       if (dta.getType().equals(JvDataType.TREE))
 171       {
 172         try
 173         {
 174           jalview.io.NewickFile nf = new jalview.io.NewickFile(src);
 175           if (!nf.isValid())
 176           {
 177             nf.close();
 178             nf = null;
 179           }
 180           else
 181           {
 182             // do association to current alignment.
 183
 184             context.addTreeFromFile(nf);
 185             rslt.add(nf);
 186             context.updateSetModified(true);
 187           }
 188         } catch (Exception e)
 189         {
 190           errmsg = ("Failed to parse the treeFile associated with the result.");
 191           exerror = e;
 192         }
 193
 194       }
 195       if (exerror != null)
 196       {
 197         if (errmsg != null && errmsg.length() > 0)
 198         {
 199           throw new IOException(errmsg, exerror);
 200         }
 201         else
 202         {
 203           throw new IOException(errmsg, exerror);
 204         }
 205       }
 206       else
 207       {
 208         if (errmsg != null && errmsg.length() > 0)
 209         {
 210           throw new IOException(errmsg);
 211         }
 212       }
 213     }
 214     if (deuniquify)
 215     {
 216       context.getLastAlignmentSet().deuniquifyAlignment();
 217     }
 218     return rslt.toArray();
 219   }
 220
 221   /**
 222    * simple command line test. Arguments should be one or more pairs of
 223    * <DataProvider.JvDataType> <Filename> arguments. The routine will attempt to
 224    * read each source in turn, and report what kind of Jalview datamodel objects
 225    * would be created.
 226    *
 227    * @param args
 228    * @j2sIgnore
 229    */
 230   public static void main(String args[])
 231   {
 232     // make data providers from the set of keys/files
 233     int i = 0;
 234     List<DataProvider> dp = new ArrayList<>();
 235     while ((i + 1) < args.length)
 236     {
 237       String type = args[i++];
 238       final String file = args[i++];
 239       final JvDataType jtype = DataProvider.JvDataType
 240               .valueOf(type.toUpperCase(Locale.ROOT));
 241       if (jtype != null)
 242       {
 243         final FileParse fp;
 244         try
 245         {
 246           fp = new FileParse(file, AppletFormatAdapter.checkProtocol(file));
 247         } catch (Exception e)
 248         {
 249           jalview.bin.Console.errPrintln("Couldn't handle datasource of type " + jtype
 250                   + " using URI " + file);
 251           e.printStackTrace();
 252           return;
 253         }
 254         dp.add(new SimpleDataProvider(jtype, fp, null));
 255       }
 256       else
 257       {
 258         jalview.bin.Console.outPrintln("Couldn't parse source type token '"
 259                 + type.toUpperCase(Locale.ROOT) + "'");
 260       }
 261     }
 262     if (i < args.length)
 263     {
 264       System.out.print("** WARNING\nIgnoring unused arguments:\n");
 265       while (i < args.length)
 266       {
 267         System.out.print(" " + args[i]);
 268       }
 269       System.out.print("\n");
 270
 271     }
 272     jalview.bin.Console.outPrintln("Now trying to parse set:");
 273     JalviewDataset context;
 274     Object[] newdm;
 275     ParsePackedSet pps;
 276     try
 277     {
 278       newdm = (pps = new ParsePackedSet())
 279               .getAlignment(context = new JalviewDataset(), dp);
 280     } catch (Exception e)
 281     {
 282       jalview.bin.Console.outPrintln("Test failed for these arguments.\n");
 283       e.printStackTrace(System.out);
 284       return;
 285     }
 286     if (newdm != null)
 287     {
 288       for (Object o : newdm)
 289       {
 290         jalview.bin.Console.outPrintln("Will need to create an " + o.getClass());
 291       }
 292
 293       // now test uniquify/deuniquify stuff
 294       // uniquify alignment and write alignment, annotation, features, and trees
 295       // to buffers.
 296       // import with deuniquify info, and compare results to input.
 297
 298     }
 299     else
 300     {
 301       if (context.getLastAlignmentSet().isModified())
 302       {
 303         jalview.bin.Console.errPrintln(
 304                 "Initial alignment set was modified and any associated views should be updated.");
 305       }
 306     }
 307   }
 308 }