src/jalview/io/vamsas/DatastoreItem.java

   1 package jalview.io.vamsas;\r
   2 \r
   3 import jalview.bin.Cache;\r
   4 import jalview.gui.TreePanel;\r
   5 import jalview.io.VamsasAppDatastore;\r
   6 \r
   7 import java.util.Enumeration;\r
   8 import java.util.Hashtable;\r
   9 import java.util.IdentityHashMap;\r
  10 import java.util.Vector;\r
  11 \r
  12 import uk.ac.vamsas.client.IClientDocument;\r
  13 import uk.ac.vamsas.client.Vobject;\r
  14 import uk.ac.vamsas.client.VorbaId;\r
  15 import uk.ac.vamsas.objects.core.Entry;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Holds all the common machinery for binding objects to vamsas objects\r
  19  * @author JimP\r
  20  *\r
  21  */\r
  22 public class DatastoreItem\r
  23 {\r
  24   /**\r
  25    * \r
  26    */\r
  27   Entry provEntry = null;\r
  28 \r
  29   IClientDocument cdoc;\r
  30 \r
  31   Hashtable vobj2jv;\r
  32 \r
  33   IdentityHashMap jv2vobj;\r
  34   /**\r
  35    * @return the Vobject bound to Jalview datamodel object\r
  36    */\r
  37   protected Vobject getjv2vObj(Object jvobj)\r
  38   {\r
  39     if (jv2vobj.containsKey(jvobj))\r
  40     {\r
  41       return cdoc.getObject( (VorbaId) jv2vobj.get(jvobj));\r
  42     }\r
  43     if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
  44     {\r
  45       Cache.log.debug("Returning null VorbaID binding for jalview object "+jvobj);\r
  46     }\r
  47     return null;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    *\r
  52    * @param vobj\r
  53    * @return Jalview datamodel object bound to the vamsas document object\r
  54    */\r
  55   protected Object getvObj2jv(uk.ac.vamsas.client.Vobject vobj)\r
  56   {\r
  57     VorbaId id = vobj.getVorbaId();\r
  58     if (id == null)\r
  59     {\r
  60       id = cdoc.registerObject(vobj);\r
  61       Cache.log\r
  62           .debug("Registering new object and returning null for getvObj2jv");\r
  63       return null;\r
  64     }\r
  65     if (vobj2jv.containsKey(vobj.getVorbaId()))\r
  66     {\r
  67       return vobj2jv.get(vobj.getVorbaId());\r
  68     }\r
  69     return null;\r
  70   }\r
  71 \r
  72   protected void bindjvvobj(Object jvobj, uk.ac.vamsas.client.Vobject vobj)\r
  73   {\r
  74     VorbaId id = vobj.getVorbaId();\r
  75     if (id == null)\r
  76     {\r
  77       id = cdoc.registerObject(vobj);\r
  78       if (id == null || vobj.getVorbaId() == null || cdoc.getObject(id)!=vobj)\r
  79       {\r
  80         Cache.log.error("Failed to get id for " +\r
  81                         (vobj.isRegisterable() ? "registerable" :\r
  82                          "unregisterable") + " object " + vobj);\r
  83       }\r
  84     }\r
  85 \r
  86     if (vobj2jv.containsKey(vobj.getVorbaId()) &&\r
  87         ! ( (VorbaId) vobj2jv.get(vobj.getVorbaId())).equals(jvobj))\r
  88     {\r
  89       Cache.log.debug("Warning? Overwriting existing vamsas id binding for " +\r
  90                       vobj.getVorbaId(),\r
  91                       new Exception("Overwriting vamsas id binding."));\r
  92     }\r
  93     else if (jv2vobj.containsKey(jvobj) &&\r
  94              ! ( (VorbaId) jv2vobj.get(jvobj)).equals(vobj.getVorbaId()))\r
  95     {\r
  96       Cache.log.debug(\r
  97           "Warning? Overwriting existing jalview object binding for " + jvobj,\r
  98           new Exception("Overwriting jalview object binding."));\r
  99     }\r
 100     /* Cache.log.error("Attempt to make conflicting object binding! "+vobj+" id " +vobj.getVorbaId()+" already bound to "+getvObj2jv(vobj)+" and "+jvobj+" already bound to "+getjv2vObj(jvobj),new Exception("Excessive call to bindjvvobj"));\r
 101          }*/\r
 102     // we just update the hash's regardless!\r
 103     Cache.log.debug("Binding "+vobj.getVorbaId()+" to "+jvobj);\r
 104     vobj2jv.put(vobj.getVorbaId(), jvobj);\r
 105     // JBPNote - better implementing a hybrid invertible hash.\r
 106     jv2vobj.put(jvobj, vobj.getVorbaId());\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public DatastoreItem() {\r
 110     super();\r
 111   }\r
 112   public DatastoreItem(VamsasAppDatastore datastore)\r
 113   {\r
 114     this();\r
 115     initDatastoreItem(datastore);\r
 116     // TODO Auto-generated constructor stub\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void initDatastoreItem(VamsasAppDatastore ds)\r
 120   {\r
 121     initDatastoreItem(ds.getProvEntry(), ds.getClientDocument(), ds.getVamsasObjectBinding(), ds.getJvObjectBinding());\r
 122   }\r
 123   public void initDatastoreItem(Entry provEntry, IClientDocument cdoc, Hashtable vobj2jv, IdentityHashMap jv2vobj)\r
 124   {\r
 125     this.provEntry = provEntry;\r
 126     this.cdoc = cdoc;\r
 127     this.vobj2jv = vobj2jv;\r
 128     this.jv2vobj = jv2vobj;\r
 129   }\r
 130 \r
 131   protected boolean isModifiable(String modifiable)\r
 132   {\r
 133     return modifiable==null; // TODO: USE VAMSAS LIBRARY OBJECT LOCK METHODS)\r
 134   }\r
 135 \r
 136   protected Vector getjv2vObjs(Vector alsq)\r
 137   {\r
 138     Vector vObjs = new Vector();\r
 139     Enumeration elm = alsq.elements();\r
 140     while (elm.hasMoreElements())\r
 141     {\r
 142       vObjs.addElement(getjv2vObj(elm.nextElement()));\r
 143     }\r
 144     return vObjs;\r
 145   }\r
 146 }\r