src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io.vamsas;
  20
  21 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23 import uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef;
  24 import uk.ac.vamsas.objects.core.Map;
  25 import uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence;
  26 import jalview.io.VamsasAppDatastore;
  27
  28 public class Dbref extends Rangetype
  29 {
  30   jalview.datamodel.SequenceI sq = null;
  31   uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence = null;
  32   DbRef dbref = null;
  33   DBRefEntry dbentry=null;
  34   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DBRefEntry dbentry, jalview.datamodel.SequenceI sq2, uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence2)
  35   {
  36     super(datastore);
  37     dbref = (DbRef) getjv2vObj(dbentry);
  38     sq = sq2;
  39     sequence = sequence2;
  40     this.dbentry = dbentry;
  41     if (dbref==null)
  42     {
  43       add();
  44     } else {
  45       if (dbref.isUpdated())
  46       {
  47         conflict();
  48       } else {
  49         update();
  50       }
  51
  52     }
  53
  54   }
  55
  56   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DbRef ref, Sequence vdseq, SequenceI dsseq)
  57   {
  58     super(datastore);
  59     dbref = ref;
  60     sequence = vdseq;
  61     sq = dsseq;
  62     dbentry = (jalview.datamodel.DBRefEntry) getvObj2jv(dbref);
  63     if (dbentry == null)
  64     {
  65       addFromDocument();
  66     } else {
  67       if (dbref.isUpdated())
  68       {
  69         update();
  70       }
  71     }
  72   }
  73
  74   private void update()
  75   {
  76     // TODO: verify and update dbrefs in vamsas document
  77     // there will be trouble when a dataset sequence is modified to
  78     // contain more residues than were originally referenced - we must
  79     // then make a number of dataset sequence entries - this info is already stored
  80     jalview.bin.Cache.log.debug("TODO verify update of dataset sequence database references.");
  81   }
  82
  83   private void conflict()
  84   {
  85     jalview.bin.Cache.log.debug("Conflict in dbentry update for "+dbref.getAccessionId()+dbref.getSource()+" "+dbref.getVorbaId());
  86     // TODO Auto-generated method stub
  87
  88   }
  89   private void addFromDocument()
  90   {
  91     // add new dbref
  92     sq.addDBRef(dbentry = new jalview.datamodel.DBRefEntry
  93             (
  94                     dbref.getSource().toString(),
  95                  dbref.getVersion().toString(),
  96                  dbref.getAccessionId().toString()));
  97     if (dbref.getMapCount()>0)
  98     {
  99       // TODO: Jalview ignores all the other maps
 100       if (dbref.getMapCount()>1)
 101       {
 102         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "+dbentry.getSource()+":"+dbentry.getAccessionId());
 103       }
 104       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(parsemapType(dbref.getMap(0)));
 105       dbentry.setMap(mp);
 106     }
 107     // TODO: jalview ignores links and properties because it doesn't know what to do with them.
 108
 109     bindjvvobj(dbentry, dbref);
 110   }
 111   private void add()
 112   {
 113     DbRef dbref = new DbRef();
 114     bindjvvobj(dbentry, dbref);
 115     dbref.setAccessionId(dbentry.getAccessionId());
 116     dbref.setSource(dbentry.getSource());
 117     dbref.setVersion(dbentry.getVersion());
 118     if (dbentry.getMap()!=null)
 119     {
 120       jalview.datamodel.Mapping mp = dbentry.getMap();
 121       if (mp.getMap()!=null)
 122       {
 123         Map vMap = new Map();
 124         initMapType(vMap, mp.getMap(), true);
 125         dbref.addMap(vMap);
 126       } else {
 127         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring mapless DbRef.Map "+dbentry.getSrcAccString());
 128       }
 129     }
 130     sequence.addDbRef(dbref);
 131   }
 132
 133 }