src/jalview/io/vamsas/Dbref.java

   1 package jalview.io.vamsas;
   2
   3 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import uk.ac.vamsas.objects.core.DbRef;
   6 import uk.ac.vamsas.objects.core.Map;
   7 import uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence;
   8 import jalview.io.VamsasAppDatastore;
   9
  10 public class Dbref extends Rangetype
  11 {
  12   jalview.datamodel.SequenceI sq = null;
  13   uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence = null;
  14   DbRef dbref = null;
  15   DBRefEntry dbentry=null;
  16   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DBRefEntry dbentry, jalview.datamodel.SequenceI sq2, uk.ac.vamsas.objects.core.Sequence sequence2)
  17   {
  18     super(datastore);
  19     dbref = (DbRef) getjv2vObj(dbentry);
  20     sq = sq2;
  21     sequence = sequence2;
  22     this.dbentry = dbentry;
  23     if (dbref==null)
  24     {
  25       add();
  26     } else {
  27       if (dbref.isUpdated())
  28       {
  29         conflict();
  30       } else {
  31         update();
  32       }
  33
  34     }
  35
  36   }
  37
  38   public Dbref(VamsasAppDatastore datastore, DbRef ref, Sequence vdseq, SequenceI dsseq)
  39   {
  40     super(datastore);
  41     dbref = ref;
  42     sequence = vdseq;
  43     sq = dsseq;
  44     dbentry = (jalview.datamodel.DBRefEntry) getvObj2jv(dbref);
  45     if (dbentry == null)
  46     {
  47       addFromDocument();
  48     } else {
  49       if (dbref.isUpdated())
  50       {
  51         update();
  52       }
  53     }
  54   }
  55
  56   private void update()
  57   {
  58     // TODO: verify and update dbrefs in vamsas document
  59     // there will be trouble when a dataset sequence is modified to
  60     // contain more residues than were originally referenced - we must
  61     // then make a number of dataset sequence entries - this info is already stored
  62     jalview.bin.Cache.log.debug("TODO verify update of dataset sequence database references.");
  63   }
  64
  65   private void conflict()
  66   {
  67     jalview.bin.Cache.log.debug("Conflict in dbentry update for "+dbref.getAccessionId()+dbref.getSource()+" "+dbref.getVorbaId());
  68     // TODO Auto-generated method stub
  69
  70   }
  71   private void addFromDocument()
  72   {
  73     // add new dbref
  74     sq.addDBRef(dbentry = new jalview.datamodel.DBRefEntry
  75             (
  76                     dbref.getSource().toString(),
  77                  dbref.getVersion().toString(),
  78                  dbref.getAccessionId().toString()));
  79     if (dbref.getMapCount()>0)
  80     {
  81       // TODO: Jalview ignores all the other maps
  82       if (dbref.getMapCount()>1)
  83       {
  84         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring additional mappings on DbRef: "+dbentry.getSource()+":"+dbentry.getAccessionId());
  85       }
  86       jalview.datamodel.Mapping mp = new jalview.datamodel.Mapping(parsemapType(dbref.getMap(0)));
  87       dbentry.setMap(mp);
  88     }
  89     // TODO: jalview ignores links and properties because it doesn't know what to do with them.
  90
  91     bindjvvobj(dbentry, dbref);
  92   }
  93   private void add()
  94   {
  95     DbRef dbref = new DbRef();
  96     bindjvvobj(dbentry, dbref);
  97     dbref.setAccessionId(dbentry.getAccessionId());
  98     dbref.setSource(dbentry.getSource());
  99     dbref.setVersion(dbentry.getVersion());
 100     if (dbentry.getMap()!=null)
 101     {
 102       jalview.datamodel.Mapping mp = dbentry.getMap();
 103       if (mp.getMap()!=null)
 104       {
 105         Map vMap = new Map();
 106         initMapType(vMap, mp.getMap(), true);
 107         dbref.addMap(vMap);
 108       } else {
 109         jalview.bin.Cache.log.debug("Ignoring mapless DbRef.Map "+dbentry.getSrcAccString());
 110       }
 111     }
 112     sequence.addDbRef(dbref);
 113   }
 114
 115 }