src/jalview/io/xdb/genbank/GenBankLocations.java

   1 package jalview.io.xdb.genbank;
   2
   3 /**
   4  *
   5  * @author Dieval Guizelini
   6  */
   7 public class GenBankLocations extends GenBankLocation
   8 {
   9   public static final int NONE = 1; // default
  10
  11   public static final int COMPLEMENT = 2;
  12
  13   public static final int JOIN = 3;
  14
  15   public static final int ORDER = 4; // conj com ordem desconhecida
  16
  17   private int operator = NONE;
  18
  19   private java.util.List<GenBankLocation> units;
  20
  21   public GenBankLocations()
  22   {
  23     units = new java.util.ArrayList<GenBankLocation>();
  24   }
  25
  26   @Override
  27   public void setComplement(boolean complement)
  28   {
  29     super.setComplement(complement);
  30     this.operator = COMPLEMENT;
  31     if (units != null)
  32     {
  33       for (GenBankLocation o : units)
  34       {
  35         o.setComplement(complement);
  36       }
  37     }
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public String toString()
  42   {
  43     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  44     if (getOperator() == COMPLEMENT)
  45     {
  46       sb.append("complement(");
  47     }
  48     else if (getOperator() == JOIN)
  49     {
  50       sb.append("join(");
  51     }
  52     else if (getOperator() == ORDER)
  53     {
  54       sb.append("order(");
  55     }
  56     if (units.size() > 0)
  57     {
  58       sb.append(units.get(0).toString());
  59       for (int i = 1; i < units.size(); i++)
  60       {
  61         sb.append(",");
  62         sb.append(units.get(i).toString());
  63       }
  64     }
  65     if (getOperator() != NONE)
  66     {
  67       sb.append(")");
  68     }
  69     return sb.toString();
  70   }
  71
  72   /**
  73    * @return the units
  74    */
  75   public java.util.List<GenBankLocation> getUnits()
  76   {
  77     return units;
  78   }
  79
  80   /**
  81    * @param units
  82    *          the units to set
  83    */
  84   public void setUnits(java.util.List<GenBankLocation> units)
  85   {
  86     this.units = units;
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public int getMinor()
  91   {
  92     if (units.size() > 0)
  93     {
  94       return units.get(0).getMinor();
  95     }
  96     return 0;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public int getMajor()
 101   {
 102     int ind = units.size();
 103     if (ind > 0)
 104     {
 105       return units.get(ind - 1).getMajor();
 106     }
 107     return 0;
 108   }
 109
 110   /**
 111    * @return the operator
 112    */
 113   public int getOperator()
 114   {
 115     return operator;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * @param operator
 120    *          the operator to set
 121    */
 122   public void setOperator(int operator)
 123   {
 124     this.operator = operator;
 125   }
 126
 127 }