src/jalview/io/xdb/genbank/GenBankReference.java

   1 package jalview.io.xdb.genbank;
   2
   3 public class GenBankReference
   4 {
   5   private int order;
   6
   7   private int begin;
   8
   9   private int end;
  10
  11   private String descriptor;
  12
  13   private String authors;
  14
  15   private String title;
  16
  17   private String journal;
  18
  19   private String pubmed;
  20
  21   private String medline;
  22
  23   private String consortia;
  24
  25   private String remark;
  26
  27   public GenBankReference()
  28   {
  29     super();
  30   }
  31
  32   public String getDescriptor()
  33   {
  34     return descriptor;
  35   }
  36
  37   public void setDescriptor(String descriptor)
  38   {
  39     this.descriptor = descriptor;
  40   }
  41
  42   public String getAuthors()
  43   {
  44     return authors;
  45   }
  46
  47   public void setAuthors(String authors)
  48   {
  49     this.authors = authors;
  50   }
  51
  52   public String getTitle()
  53   {
  54     return title;
  55   }
  56
  57   public void setTitle(String title)
  58   {
  59     this.title = title;
  60   }
  61
  62   public String getJournal()
  63   {
  64     return journal;
  65   }
  66
  67   public void setJournal(String journal)
  68   {
  69     this.journal = journal;
  70   }
  71
  72   public String getPubmed()
  73   {
  74     return pubmed;
  75   }
  76
  77   public void setPubmed(String pubmed)
  78   {
  79     this.pubmed = pubmed;
  80   }
  81
  82   public int getOrder()
  83   {
  84     return order;
  85   }
  86
  87   public void setOrder(int order)
  88   {
  89     this.order = order;
  90   }
  91
  92   public int getBegin()
  93   {
  94     return begin;
  95   }
  96
  97   public void setBegin(int begin)
  98   {
  99     this.begin = begin;
 100   }
 101
 102   public int getEnd()
 103   {
 104     return end;
 105   }
 106
 107   public void setEnd(int end)
 108   {
 109     this.end = end;
 110   }
 111
 112   public String getMedline()
 113   {
 114     return medline;
 115   }
 116
 117   public void setMedline(String medline)
 118   {
 119     this.medline = medline;
 120   }
 121
 122   public String getConsortia()
 123   {
 124     return consortia;
 125   }
 126
 127   public void setConsortia(String consortia)
 128   {
 129     this.consortia = consortia;
 130   }
 131
 132   public String getRemark()
 133   {
 134     return remark;
 135   }
 136
 137   public void setRemark(String remark)
 138   {
 139     this.remark = remark;
 140   }
 141
 142   public String toString()
 143   {
 144     // References has the following format
 145     // REFERENCE 1 (bases 1 to 1976)
 146     // AUTHORS Spritz,R.A., DeRiel,J.K., Forget,B.G. and Weissman,S.M.
 147     // TITLE Complete nucleotide sequence of the human delta-globin gene
 148     // JOURNAL Cell 21 (3), 639-646 (1980)
 149     // PUBMED 7438204
 150
 151     StringBuffer buf = new StringBuffer();
 152     buf.append("REFERENCE   ").append(this.getOrder()).append("  (bases ")
 153             .append(this.getBegin()).append(" to ").append(this.getEnd())
 154             .append(")\n");
 155     if (this.getAuthors() != null)
 156       buf.append("  AUTHORS   ").append(this.getAuthors()).append("\n");
 157     if (this.getTitle() != null)
 158       buf.append("  TITLE     ").append(this.getTitle()).append("\n");
 159     if (this.getJournal() != null)
 160       buf.append("  JOURNAL   ").append(this.getJournal()).append("\n");
 161     if (this.getPubmed() != null)
 162       buf.append("  PUBMED   ").append(this.getPubmed()).append("\n");
 163     ;
 164     if (this.getMedline() != null)
 165       buf.append("  MEDLINE   ").append(this.getMedline()).append("\n");
 166     ;
 167     if (this.getRemark() != null)
 168       buf.append("  REMARK   ").append(this.getRemark()).append("\n");
 169     ;
 170     if (this.getConsortia() != null)
 171       buf.append("  CONSRTM   ").append(this.getConsortia()).append("\n");
 172     ;
 173     return buf.toString();
 174   }
 175
 176 }