src/jalview/io/xdb/genbank/GenBankSequence.java

   1 package jalview.io.xdb.genbank;
   2
   3 import java.util.Vector;
   4
   5 /**
   6  * A line like the following: 1 aatgaaggtt catttttcat tctcacaaac taatgaaacc
   7  * ctgcttatct taaaccaacc will be mapped as: id: 1 sequences: {"aatgaaggtt",
   8  * "catttttcat", "tctcacaaac", "taatgaaacc", "ctgcttatct", "taaaccaacc"} Each
   9  * sequence has 8 nucleotides long
  10  *
  11  * @author darolmar
  12  *
  13  */
  14 public class GenBankSequence
  15 {
  16   // Initial position
  17   private int id;
  18
  19   // Sequences in that line
  20   private Vector<String> sequences;
  21
  22   public GenBankSequence()
  23   {
  24     super();
  25     sequences = new Vector<String>();
  26   }
  27
  28   public int getId()
  29   {
  30     return id;
  31   }
  32
  33   public void setId(int id)
  34   {
  35     this.id = id;
  36   }
  37
  38   public Vector<String> getSequences()
  39   {
  40     return sequences;
  41   }
  42
  43   public void setSequences(Vector<String> sequences)
  44   {
  45     this.sequences = sequences;
  46   }
  47
  48   public String getSequencesAsString()
  49   {
  50     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  51     for (String seq : sequences)
  52       sb.append(seq).append(" ");
  53     return sb.toString();
  54   }
  55
  56   public String toString()
  57   {
  58     StringBuffer sb = new StringBuffer().append("        ").append(this.id);
  59     for (String seq : sequences)
  60       sb.append(" ").append(seq);
  61     sb.append("\n");
  62     return sb.toString();
  63   }
  64
  65 }