src/jalview/io/xdb/genbank/GenBankSource.java

   1 package jalview.io.xdb.genbank;
   2
   3 /**
   4  * <p>Free-format information including an abbreviated form of the organism
   5  * name, sometimes followed by a molecule type. (See section 3.4.10 of the
   6  * GenBank release notes for more info.)</p>
   7  * <p>Entrez Search Field: Organism [ORGN] </p>
   8  * <p>Search Tip: For some organisms that have well-established common names,
   9  * such as baker's yeast, mouse, and human, a search for the common name will
  10  * yield the same results as a search for the scientific name, e.g., a search
  11  * for "baker's yeast" in the organism field retrieves the same number of
  12  * documents as "Saccharomyces cerevisiae". This is true because the Organism
  13  * field is connected to the NCBI Taxonomy Database, which contains
  14  * cross-references between common names, scientific names, and synonyms for
  15  * organisms represented in the Sequence databases.</p>
  16  * <h1>Organism</h1>
  17  * <p>The formal scientific name for the source organism (genus and species,
  18  * where appropriate) and its lineage, based on the phylogenetic classification
  19  * scheme used in the NCBI Taxonomy Database. If the complete lineage of an
  20  * organism is very long, an abbreviated lineage will be shown in the GenBank
  21  * record and the complete lineage will be available in the Taxonomy Database.
  22  * (See also the /db_xref=taxon:nnnn Feature qualifer, below.)</p>
  23  * <p>Entrez Search Field: Organism [ORGN] </p>
  24  * <p>Search Tip: You can search the Organism field by any node in the taxonomic
  25  * hierarchy, e.g., you can search for the term "Saccharomyces cerevisiae",
  26  * "Saccharomycetales", "Ascomycota", etc. to retrieve all the sequences from
  27  * organisms in a particular taxon. </p>
  28  *
  29  */
  30 public class GenBankSource {
  31     private String source="";
  32     private String organism="";
  33     private String taxonomic="";
  34
  35     public GenBankSource() {
  36     }
  37
  38     @Override
  39     public String toString() {
  40         return String.format("%s\n\t%s\n\t%s", getSource(), getOrganism(), getTaxonomic());
  41     }
  42
  43     /**
  44      * @return the source
  45      */
  46     public String getSource() {
  47         return source;
  48     }
  49
  50     /**
  51      * @param source the source to set
  52      */
  53     public void setSource(String source) {
  54         this.source = source;
  55     }
  56
  57     /**
  58      * @return the organism
  59      */
  60     public String getOrganism() {
  61         return organism;
  62     }
  63
  64     /**
  65      * @param organism the organism to set
  66      */
  67     public void setOrganism(String organism) {
  68         this.organism = organism;
  69     }
  70
  71     /**
  72      * @return the taxonomic
  73      */
  74     public String getTaxonomic() {
  75         return taxonomic;
  76     }
  77
  78     /**
  79      * @param taxonomic the taxonomic to set
  80      */
  81     public void setTaxonomic(String taxonomic) {
  82         this.taxonomic = taxonomic;
  83     }
  84
  85 }